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- PDB-7dkz: Structure of plant photosystem I-light harvesting complex I super... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dkz
タイトルStructure of plant photosystem I-light harvesting complex I supercomplex
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 2
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • Lhca1
  • PSI-F
  • PSI-K
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaG
  • PsaH
  • PsaL
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSI-LHCI high plants
機能・相同性
機能・相同性情報


response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II ...response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / PSI-K / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Wang, J. / Yu, L.J. / Wang, W.
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of plant photosystem I-light harvesting complex I supercomplex at 2.4 angstrom resolution.
著者: Wang, J. / Yu, L.J. / Wang, W. / Yan, Q. / Kuang, T. / Qin, X. / Shen, J.R.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02021年7月21日Group: Data collection / Database references / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / citation / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_volume ..._chem_comp.formula / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Lhca1
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: PsaD
E: PsaE
F: PSI-F
G: PsaG
H: PsaH
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: PsaL
K: PSI-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,371231
ポリマ－372,52716
非ポリマー170,844215
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)225.652, 168.952, 185.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 10種, 10分子 12CDEFGHLK

#1: タンパク質 Lhca1


分子量: 21477.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 組織: leaf / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ)
#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Lhca2


分子量: 28912.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: lhaB / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038
#7: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8991.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaC, frxA / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, photosystem I
#8: タンパク質 PsaD


分子量: 16041.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ)
#9: タンパク質 PsaE


分子量: 7479.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6
#10: タンパク質 PSI-F


分子量: 17238.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL12
#11: タンパク質 PsaG


分子量: 10678.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ)
#12: タンパク質 PsaH


分子量: 9491.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ)
#15: タンパク質 PsaL


分子量: 16564.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ)
#16: タンパク質 PSI-K / PsaK / Photosystem I subunit X


分子量: 7988.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 34

#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Lhca3 / LHCII type III CAB-3


分子量: 29634.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: lhca3 / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / Lhca4 / LHCI type III CAB-P4


分子量: 21994.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: lhcA-P4 / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 84279.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaA / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NFW5, photosystem I
#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82512.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaB / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NGI2, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 2種, 2分子 IJ

#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 4474.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaI / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4767.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaJ / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAL3

-
糖 , 3種, 12分子

#23: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#25: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#26: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 10種, 296分子

#17: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#18: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#19: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#20: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#21: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#22: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#28: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.59 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: sodium chlotide, magnesium chloride, PEG 400 / PH範囲: 8.0-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→44.41 Å / Num. obs: 230250 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 65.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 21565 / CC1/2: 0.708 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XK8

4xk8


解像度: 2.393→44.405 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 11603 5.04 %
Rwork0.189 218420 -
obs0.1909 230023 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 307.68 Å2 / Biso mean: 101.2191 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.393→44.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25009 0 10991 93 36093
Biso mean--102.45 77.66 -
残基数----3200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00838062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.67654040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0764657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.81218206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3932-2.42040.3383300.3065574279
2.4204-2.44890.33713640.31477383100
2.4489-2.47870.36544030.30517318100
2.4787-2.51010.31983810.2877730299
2.5101-2.54310.30874030.27967263100
2.5431-2.5780.29644050.26337364100
2.578-2.61480.30054070.2557322100
2.6148-2.65380.284150.24287303100
2.6538-2.69530.28033960.23547308100
2.6953-2.73950.29594080.23447273100
2.7395-2.78670.25623880.21947378100
2.7867-2.83740.25094240.2127309100
2.8374-2.89190.26383980.2047349100
2.8919-2.95090.25633570.20257370100
2.9509-3.01510.24613840.20567345100
3.0151-3.08520.28773920.21417325100
3.0852-3.16230.25673720.20397313100
3.1623-3.24780.24763850.19777364100
3.2478-3.34340.24333510.19737418100
3.3434-3.45120.2623820.20197331100
3.4512-3.57450.243730.18527326100
3.5745-3.71760.21013800.17937350100
3.7176-3.88670.20793920.17537336100
3.8867-4.09150.19983810.16937366100
4.0915-4.34760.19293780.1681732699
4.3476-4.68290.19063820.1667731099
4.6829-5.15360.20423930.168732999
5.1536-5.89780.22434400.1802732899
5.8978-7.4250.20543630.1705731798
7.425-44.4050.21723760.1853735298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.6643 Å / Origin y: 66.1507 Å / Origin z: 28.6623 Å
111213212223313233
T0.4627 Å20.0825 Å20.0257 Å2-0.5926 Å2-0.0416 Å2--0.4984 Å2
L0.7951 °2-0.0942 °20.1091 °2-0.4892 °20.0325 °2--0.394 °2
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1all135 - 229
2X-RAY DIFFRACTION1all1301 - 404
3X-RAY DIFFRACTION1all252 - 255
4X-RAY DIFFRACTION1all2601 - 704
5X-RAY DIFFRACTION1all350 - 265
6X-RAY DIFFRACTION1all3301 - 403
7X-RAY DIFFRACTION1all453 - 709
8X-RAY DIFFRACTION1allA17 - 758
9X-RAY DIFFRACTION1allA801 - 933
10X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 734
11X-RAY DIFFRACTION1allB801 - 954
12X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 81
13X-RAY DIFFRACTION1allC101 - 103
14X-RAY DIFFRACTION1allD71 - 210
15X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 63
16X-RAY DIFFRACTION1allF77 - 406
17X-RAY DIFFRACTION1allG2 - 96
18X-RAY DIFFRACTION1allG101 - 105
19X-RAY DIFFRACTION1allH56 - 143
20X-RAY DIFFRACTION1allI2 - 31
21X-RAY DIFFRACTION1allI101
22X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 39
23X-RAY DIFFRACTION1allJ3001 - 3004
24X-RAY DIFFRACTION1allL6 - 156
25X-RAY DIFFRACTION1allL201 - 301
26X-RAY DIFFRACTION1allK47 - 125
27X-RAY DIFFRACTION1allK201 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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