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- PDB-4y28: The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y28
タイトルThe structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution.
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 7
  • Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • Putative uncharacterized protein
  • Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
  • photosystem I reaction center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light harvesting / antenna / reaction center
機能・相同性
機能・相同性情報


response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II ...response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI ...Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZEX / Photosystem I reaction center subunit VI / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mazor, Y. / Brovikov, A. / Nelson, N.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution.
著者: Mazor, Y. / Borovikova, A. / Nelson, N.
履歴
登録2015年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / entity ...database_PDB_caveat / entity / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description
改定 1.32018年9月19日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
改定 1.42019年4月24日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_caveat / entity_src_nat ...database_PDB_caveat / entity_src_nat / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_chiral
Item: _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: photosystem I reaction center
L: Putative uncharacterized protein
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
H: Photosystem I reaction center subunit VI
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
2: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
1: Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)554,633225
ポリマ－384,49916
非ポリマー170,134209
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90030 Å2
ΔGint-658 kcal/mol
Surface area172670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.000, 201.900, 213.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 84328.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-758 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05310, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82503.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-733 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05311, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 7種, 7分子 IJFDEHK

#3: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3296.041 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-32 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#4: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4733.593 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-42 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAL3
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / Uncharacterized protein


分子量: 17256.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL12*PLUS
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 16419.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K8*PLUS
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic / PSI-E A


分子量: 7509.449 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-64 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6*PLUS
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI / Uncharacterized protein


分子量: 9692.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL10*PLUS
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK


分子量: 13320.767 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-80 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL11*PLUS

-
タンパク質 , 5種, 5分子 GLC21

#6: タンパク質 photosystem I reaction center


分子量: 10439.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL13*PLUS
#7: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 17781.295 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-161 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L1*PLUS
#8: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8991.474 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-81 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, photosystem I
#13: タンパク質 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I


分子量: 28911.773 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 59-264 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038
#15: タンパク質 Light-harvesting complex I chlorophyll A/B-binding protein / Uncharacterized protein


分子量: 22383.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L2*PLUS

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 43

#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / LHCI type III CAB-P4


分子量: 27297.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / LHCII type III CAB-3


分子量: 29634.801 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 58-272 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904

-
糖 , 2種, 3分子

#25: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#26: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 11種, 206分子

#17: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#18: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#19: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#20: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#21: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#22: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#23: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#24: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#27: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#28: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#29: 化合物 ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.75
詳細: 30mM Tris-Hcl pH8.75, 50mM KH2PO4, 0.03% Octyl Glucose Neopentyl Glycol, 14% PEG400, 2mM glutathione
PH範囲: 8-8.75

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.74 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→74.1 Å / Num. all: 200218 / Num. obs: 200218 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 74.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 33.4 % / Rmerge(I) obs: 1.035 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.646 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 32.33 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2678 3929 1.98 %random
Rwork0.2588 194047 --
obs0.259 197976 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 584.44 Å2 / Biso mean: 98.1935 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24722 0 10847 0 35569
Biso mean--97.36 --
残基数----3173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00437623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.00653597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.144653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.90314774
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-2.83420.46591490.424268547003
2.8342-2.870.42111550.405969007055
2.87-2.90780.43361210.39768466967
2.9078-2.94760.37531320.376268887020
2.9476-2.98970.3441530.366668557008
2.9897-3.03430.3821440.358168416985
3.0343-3.08170.34061270.346969037030
3.0817-3.13230.36961460.332868787024
3.1323-3.18630.31681570.318368537010
3.1863-3.24420.30861230.312868967019
3.2442-3.30660.31071420.304668887030
3.3066-3.3740.33071340.297168947028
3.374-3.44740.3271200.287169057025
3.4474-3.52760.26191370.270468937030
3.5276-3.61580.28211320.258969227054
3.6158-3.71350.26731450.261468797024
3.7135-3.82270.23941360.252969207056
3.8227-3.9460.26211400.245669487088
3.946-4.0870.28011310.237969127043
4.087-4.25060.2871310.23169217052
4.2506-4.44390.24031290.223169637092
4.4439-4.6780.20581350.216869537088
4.678-4.97080.24971420.217969667108
4.9708-5.35420.22541450.22369717116
5.3542-5.89220.26541320.242570287160
5.8922-6.74290.24561920.236369717163
6.7429-8.48790.21971390.216370957234
8.4879-48.65330.23041600.255373047464
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9211 Å / Origin y: 7.8237 Å / Origin z: 64.3676 Å
111213212223313233
T0.5384 Å20.0947 Å2-0.1488 Å2-0.4526 Å20.0541 Å2--0.5249 Å2
L0.7307 °2-0.0096 °20.0138 °2-1.3439 °2-0.0386 °2--0.9482 °2
S-0.0394 Å °-0.1202 Å °0.1239 Å °-0.0382 Å °0.0628 Å °0.2445 Å °-0.067 Å °0.0067 Å °0.1233 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL and not water

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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