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- PDB-4r8u: S-SAD structure of DINB-DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r8u
タイトルS-SAD structure of DINB-DNA Complex
要素
  • (DNA polymerase ...) x 2
  • (DNA) x 3
キーワードTRANSFERASE/DNA / nucleotidyl transferase / DNA Polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase-iota, thumb domain / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain ...: / DNA polymerase-iota, thumb domain / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1FZ / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kottur, J. / Nair, D.T. / Weinert, T. / Oligeric, V. / Wang, M.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / Bargsten, K. / Prota, A.E. / Surana, P. / Kottur, J. / Nair, D.T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Boland, A. / Weichenrieder, O. / Wang, B.C. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
V: DNA
W: DNA
C: DNA
D: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,11210
ポリマ－97,1016
非ポリマー1,0114
水1,13563
1
A: DNA polymerase IV
V: DNA
W: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4535
ポリマ－48,9473
非ポリマー5052
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase IV
C: DNA
D: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6595
ポリマ－48,1543
非ポリマー5052
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.950, 57.210, 110.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA polymerase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 38266.316 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0231, dinB, dinP, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 38066.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0231, dinB, dinP, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 4分子 VCWD

#3: DNA鎖 DNA


分子量: 5188.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA


分子量: 5492.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA


分子量: 4899.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 67分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-1FZ / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine


分子量: 481.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N3O13P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 18% MPD, 0.1M Citrate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月18日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.329 Å / Num. all: 93883 / Num. obs: 93883 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.3261 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.23 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 4705 5.01 %RANDOM
Rwork0.1808 ---
obs0.1828 93883 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5329 1389 60 63 6841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3619810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9642774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071024
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.32610.39881390.3278267590
2.3261-2.35350.35441530.308295597
2.3535-2.38220.29561520.28292098
2.3822-2.41240.33741540.2632295599
2.4124-2.44410.28631590.26132961100
2.4441-2.47760.30421630.253087100
2.4776-2.5130.3091520.24112878100
2.513-2.55050.26311570.23592985100
2.5505-2.59030.30911540.22833013100
2.5903-2.63280.29331590.24552988100
2.6328-2.67820.34631560.23992970100
2.6782-2.72690.29911590.24313059100
2.7269-2.77930.32351530.24682909100
2.7793-2.83610.2871580.24053028100
2.8361-2.89770.34521580.25253027100
2.8977-2.96510.28191560.23692969100
2.9651-3.03930.28131560.22492973100
3.0393-3.12140.26381600.21982988100
3.1214-3.21320.26571600.20862990100
3.2132-3.31690.22351600.20382975100
3.3169-3.43550.24441580.19832985100
3.4355-3.5730.27431590.19313043100
3.573-3.73550.26161550.18762929100
3.7355-3.93240.18061580.1692975100
3.9324-4.17860.19881600.15573015100
4.1786-4.5010.16711570.13852984100
4.501-4.95360.1621590.13913000100
4.9536-5.66940.19171620.14752978100
5.6694-7.13920.2021580.17092995100
7.1392-48.33940.14311610.1312969100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9281-0.74230.38834.59150.65121.6944-0.26080.21010.5429-0.2654-0.0743-0.0429-0.3115-0.18360.2870.42150.0207-0.11910.3553-0.06360.552624.317133.974240.1577
21.7520.02020.27871.7381-0.96444.291-0.1320.0198-0.19420.06010.0731-0.52510.10.1250.07540.3953-0.0118-0.02590.3438-0.07760.71337.925618.853450.613
34.8021-1.5909-0.45224.2046-0.46423.1608-0.2146-0.68170.1862-0.10820.23150.19270.242-0.98010.01280.3654-0.12480.02780.8363-0.18150.46613.040115.497546.03
41.6599-0.6953-1.1413.87862.64974.12650.26170.40750.3224-0.6328-0.06110.3545-0.4514-0.9281-0.17590.83380.0178-0.00280.75110.08670.5972-18.60798.24319.5849
54.32160.07040.65073.93870.79714.680.20180.18150.40160.02070.04030.2217-0.6162-0.858-0.27330.91980.05740.12190.71890.08410.6101-16.262712.785714.5816
64.0759-0.834-0.43592.2347-0.49321.90740.147-0.039-0.0727-0.6241-0.00140.3250.3454-0.4794-0.11021.0631-0.1569-0.08340.8360.01340.5671-11.7914-2.4011-4.3068
77.78352.2426-0.81793.1107-1.27644.4890.0259-0.73480.4564-0.1956-0.1671-0.0607-0.47270.66140.1690.9351-0.0856-0.00070.8876-0.01120.57279.71191.116710.1257
85.44341.5826-1.75472.2487-1.04971.47740.14940.10190.27860.104-0.1605-0.02020.68330.0608-0.03871.1816-0.01050.090.7248-0.09770.60135.0442-11.06445.9554
92.5868-0.34760.73223.994-0.01055.5314-0.1007-0.0767-0.1537-0.30920.00240.0930.7763-0.5410.11790.7693-0.2590.09870.68020.01460.5807-15.6172-9.133433.2497
103.84351.16470.59233.4428-2.63213.5934-0.0993-0.672-0.43130.3438-0.12820.01090.0732-0.10420.17540.49340.05250.10760.5931-0.06960.616414.06878.762157.5431
112.68981.91960.14034.974-1.43752.3608-0.0479-0.3782-0.4830.04480.0208-0.43240.5099-0.5797-0.01690.5233-0.08070.06530.7191-0.02850.477515.70882.319762.6865
125.3195-5.259-0.27225.33560.80676.41080.2610.0059-0.1749-0.3443-0.4928-0.38290.42940.09420.18730.8769-0.12620.09410.54790.11120.6833-7.9478-3.609220.9461
137.9894-4.3044-1.10417.6398-3.2214.3320.19250.681-0.27610.5482-0.7858-0.2185-0.87490.31510.57871.12770.0372-0.15970.74030.04150.65576.6236-28.284130.7395
141.0982-3.03321.58088.9836-4.51442.50230.39610.3769-0.33180.094-0.43250.8245-0.15640.55950.01260.95840.09470.0590.64750.03570.69270.6352-16.860422.9996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 242 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 243 through 339 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 42 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 83 through 182 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 183 through 202 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 203 through 242 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 243 through 339 )
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'V' and (resid 18 through 34 )) or (chain 'W' and resid 37)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'W' and (resid 38 through 54 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 18 through 27 )
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'C' and (resid 28 through 34 )) or (chain 'D' and (resid 39 through 40))
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 41 through 54 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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