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- PDB-4wab: Crystal structure of mPGES1 solved by native-SAD phasing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wab
タイトルCrystal structure of mPGES1 solved by native-SAD phasing
要素Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase
キーワードISOMERASE / native-SAD / CANCER / DRUG TARGET / IN MESO CRYSTALLIZATION / INFLAMMATION / INHIBITOR / LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE / LIPID METABOLISM / MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEINS IN EICOSANOID AND GLUTATHIONE METABOLISM / MAPAG / MEMBRANE PROTEIN / MPGES1 / PAIN / MICROCRYSTAL / ANOMALOUS DISPERSION / SULFUR-SAD / S-SAD
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / regulation of fever generation / prostaglandin-D synthase activity / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process ...prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / regulation of fever generation / prostaglandin-D synthase activity / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / nuclear envelope lumen / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / sensory perception of pain / regulation of inflammatory response / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / : / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-LVJ / Leukotriene C4 synthase / Prostaglandin E synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Weinert, T. / Li, D. / Howe, N. / Caffrey, M. / Wang, M.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination.
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / Bargsten, K. / Prota, A.E. / Surana, P. / Kottur, J. / Nair, D.T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Boland, A. / Weichenrieder, O. / Wang, B.C. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2873
ポリマ－20,3611
非ポリマー9262
水34219
1
A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8609
ポリマ－61,0833
非ポリマー2,7776
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.720, 86.720, 180.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin E synthase,Leukotriene C4 synthase / Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / ...Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / MPGES-1 / p53-induced gene 12 protein


分子量: 20360.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGES, MGST1L1, MPGES1, PGES, PIG12, LTC4S / プラスミド: PFB1-6H-MPGES (10-152)-F-LTC4S / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14684, UniProt: B5MCC3, prostaglandin-E synthase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-LVJ / 2-[[2,6-bis(chloranyl)-3-[(2,2-dimethylpropanoylamino)methyl]phenyl]amino]-1-methyl-6-(2-methyl-2-oxidanyl-propoxy)-N-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]benzimidazole-5-carboxamide


分子量: 618.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32Cl2F3N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7
詳細: 8 %(V/V) 2-METHYL-2,4, -PENTANEDIOL (MPD), 0.4 M POTASSIUM NITRATE, 0.1 M POTASSIUM CITRATE, 0.1 M N-(CARBAMOYLMETHYL)IMINODIACETIC ACID (ADA) SODIUM PH 6.7. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO ...詳細: 8 %(V/V) 2-METHYL-2,4, -PENTANEDIOL (MPD), 0.4 M POTASSIUM NITRATE, 0.1 M POTASSIUM CITRATE, 0.1 M N-(CARBAMOYLMETHYL)IMINODIACETIC ACID (ADA) SODIUM PH 6.7. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE, LCP) METHOD AT 4 DEGREES CELCIUS WITH THE 8.8 MONOACYLGLYCEROL (8.8 MAG) DOPED WITH 2 MOL% OF DIOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE (DOPC) AS THE HOSTING LIPID.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.0664 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 27480 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 58.2 % / Net I/σ(I): 31.07
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / Num. unique all: 1855 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.704→43.36 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 678 4.92 %
Rwork0.1777 --
obs0.1808 13774 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→43.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1278 0 61 19 1358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1021878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.164524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7044-2.91310.26011430.20772539X-RAY DIFFRACTION98
2.9131-3.20620.24141460.17442637X-RAY DIFFRACTION100
3.2062-3.670.21961350.16382616X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.62290.2481160.18112664X-RAY DIFFRACTION100
4.6229-43.36560.2391380.17622640X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.80980.7261-2.89931.1527-0.34889.2591-0.08780.0820.022-0.12370.1978-0.05210.2254-0.2843-0.23680.38420.0193-0.01980.42460.00060.50243.172637.024967.8429
21.0017-0.6077-0.00551.0446-0.39914.11940.0854-0.268-0.14350.17370.12430.1546-0.01650.0196-0.23390.48840.0011-0.01890.47750.00430.4454-0.273142.065478.481
31.2240.9527-0.84963.5574-1.17755.62050.16980.0530.24190.07280.0291-0.1470.18830.4142-0.38950.32450.05370.02340.3972-0.00590.536115.74740.863966.3778
42.2379-1.00350.86833.9456-2.09772.5859-0.04010.1041-0.0636-0.17160.27790.2573-0.18770.0417-0.2820.3581-0.08360.03290.5538-0.01510.391615.892953.393461.8892
57.3227-6.1683-5.81855.52365.33638.2596-0.73810.9445-1.01211.388-0.08970.27020.7736-0.42870.85340.5718-0.18490.04360.57550.15060.467918.520868.560842.7954
63.456-1.71592.15852.69932.20997.08140.02491.0259-0.2555-1.777-0.32751.2728-0.999-0.97960.29070.58310.0616-0.12310.78560.14260.637721.664974.863530.6111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 125 through 152 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 153 through 162 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 163 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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