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- PDB-4wbx: Conserved hypothetical protein PF1771 from Pyrococcus furiosus so... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wbx
タイトルConserved hypothetical protein PF1771 from Pyrococcus furiosus solved by sulfur SAD using Swiss Light Source data
要素2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / Sulfur SAD / case studies / Swiss Light Source / Southeast Collaboratory for Structural genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid metabolic process / sulfur compound biosynthetic process / response to oxidative stress / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Weinert, T. / Waltersperger, S. / Olieric, V. / Panepucci, E. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, M. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination.
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / Bargsten, K. / Prota, A.E. / Surana, P. / Kottur, J. / Nair, D.T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Boland, A. / Weichenrieder, O. / Wang, B.C. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年1月24日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _audit_author.name / _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0961
ポリマ－44,0961
非ポリマー00
水30617
1
C: 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha

C: 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha

C: 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha

C: 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,3864
ポリマ－176,3864
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y+1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x-1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation14_455-x-1/2,-y+1/2,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area40570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.020, 126.820, 155.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha


分子量: 44096.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U046
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.07 M SODIUM ACETATE BUFFER CONTAINING 0.14 M CACL2 14% (V/V) ISOPROPANOL AND 30% (V/V) GLYCEROL
PH範囲: 6.54.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.066 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.301→50 Å / Num. all: 20104 / Num. obs: 18037 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 62.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 38.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
BUSTER精密化
Cootモデル構築
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.301→19.627 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 36.17 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 3445 9.97 %PHENIX
Rwork0.2334 ---
obs0.2378 34550 89.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→19.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 0 0 19 2258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2653101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.496811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3013-2.33280.51210.5177231X-RAY DIFFRACTION16
2.3328-2.3660.5261650.4899574X-RAY DIFFRACTION41
2.366-2.40130.4977860.4796794X-RAY DIFFRACTION59
2.4013-2.43880.43451090.451981X-RAY DIFFRACTION70
2.4388-2.47870.42511200.44051069X-RAY DIFFRACTION78
2.4787-2.52130.46571410.38631257X-RAY DIFFRACTION90
2.5213-2.56710.38831500.33191368X-RAY DIFFRACTION99
2.5671-2.61630.34031490.30751362X-RAY DIFFRACTION99
2.6163-2.66960.38211540.29421399X-RAY DIFFRACTION100
2.6696-2.72750.29241520.28061371X-RAY DIFFRACTION100
2.7275-2.79080.33841490.27141373X-RAY DIFFRACTION100
2.7908-2.86040.3441550.28331395X-RAY DIFFRACTION100
2.8604-2.93750.34741520.25091388X-RAY DIFFRACTION100
2.9375-3.02360.36291530.25751381X-RAY DIFFRACTION100
3.0236-3.12080.30041540.25421387X-RAY DIFFRACTION99
3.1208-3.23190.32351510.25751372X-RAY DIFFRACTION99
3.2319-3.36070.3311510.26541359X-RAY DIFFRACTION99
3.3607-3.51280.31951570.25031371X-RAY DIFFRACTION99
3.5128-3.69690.26781520.23511370X-RAY DIFFRACTION99
3.6969-3.92670.25341530.22491372X-RAY DIFFRACTION99
3.9267-4.22710.27031530.19691384X-RAY DIFFRACTION100
4.2271-4.64740.23721520.18161382X-RAY DIFFRACTION100
4.6474-5.30820.19171580.17241390X-RAY DIFFRACTION100
5.3082-6.64450.25471550.2251375X-RAY DIFFRACTION100
6.6445-19.62820.21291530.19151400X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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