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- PDB-1yd7: Conserved hypothetical protein Pfu-1647980-001 from Pyrococcus fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yd7
タイトルConserved hypothetical protein Pfu-1647980-001 from Pyrococcus furiosus
要素2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / Protein Structure Initiative / PSI / conserved hypothetical protein / Pyrococcus furiosus / hyperthermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid metabolic process / sulfur compound biosynthetic process / response to oxidative stress / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAS / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Horanyi, P. / Florence, Q. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Habel, J. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. ...Horanyi, P. / Florence, Q. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Habel, J. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein Pfu-1647980-001 from Pyrococcus furiosus
著者: Horanyi, P. / Florence, Q. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Habel, J. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Jenney ...著者: Horanyi, P. / Florence, Q. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Habel, J. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
履歴
登録2004年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6597
ポリマ－44,6591
非ポリマー06
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.448, 61.448, 129.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 2-keto acid:ferredoxin oxidoreductase subunit alpha


分子量: 44659.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U046
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 8.9
詳細: 0.1M TRIS-HCl/NaOH, 0.5M ammonium sulfate, pH 8.9, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 17709 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obs% possible all
1.9-1.970.47719.4
1.97-2.050.5234.5
2.05-2.140.44256.5
2.14-2.250.35982.6
2.25-2.390.31597
2.39-2.580.23799.9
2.58-2.840.15399.8
2.84-3.250.096100
3.25-4.090.065100
4.09-300.058100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.6 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.39 / 反射: 8669
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.81-200.43477
5.75-8.810.48733
4.55-5.750.46942
3.88-4.550.471082
3.44-3.880.431222
3.12-3.440.391323
2.88-3.120.311417
2.68-2.880.261473
Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.66 / 反射: 11169 / Reflection acentric: 10141 / Reflection centric: 1028
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.9-19.9460.930.930.81496387109
4.3-6.90.890.90.7715191321198
3.4-4.30.860.870.8118601683177
3-3.40.720.720.6619021732170
2.6-30.50.490.6533253090235
2.4-2.60.220.220.2420671928139

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: SAS / 解像度: 2.3→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 5.577 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24274 630 5 %RANDOM
Rwork0.20586 ---
obs0.20764 12041 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 6 25 1310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.9671778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88932824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.785166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.13624.15153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34415202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.657157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.21188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0432919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7082338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.05931370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4822497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5593408
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 47 -
Rwork0.257 873 -
obs--98.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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