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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vwi | ||||||
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Title | High resolution crystal structure of FraC in the monomeric form | ||||||
![]() | Fragaceatoxin C | ||||||
![]() | TOXIN / beta-sandwich / amphipathic alpha-helix / actinoporin / pore-forming toxin / citolysin / Membrane lipids / secreted protein / LIPID RAFT | ||||||
Function / homology | ![]() nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / channel activity / pore complex / monoatomic cation transport / toxin activity / lipid binding / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tanaka, K. / Morante, K. / Caaveiro, J.M.M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Tsumoto, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for self-assembly of a cytolytic pore lined by protein and lipid Authors: Tanaka, K. / Caaveiro, J.M.M. / Morante, K. / Gonzalez-Manas, J.M. / Tsumoto, K. #1: ![]() Title: Structural insights into the oligomerization and architecture of eukaryotic membrane pore-forming toxins Authors: Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Gil-Carton, D. / Morante, K. / Valle, M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 302.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 246.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 472 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 477.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 52.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3w9pC ![]() 4tslC ![]() 4tsnC ![]() 4tsoC ![]() 4tspC ![]() 4tsqC ![]() 4tsyC ![]() 3limS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 19877.498 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 736 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.05 % / Mosaicity: 0.6 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 20% Jeffamine, 0.1M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2012 Details: Collimating and focusing mirrors: Rhodium coated silicon single crystals | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→114.573 Å / Num. all: 80105 / Num. obs: 80105 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3LIM Resolution: 1.7→114.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1959 / WRfactor Rwork: 0.1564 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8962 / SU B: 3.604 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / SU Rfree: 0.0989 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.099 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 60.27 Å2 / Biso mean: 19.4017 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→114.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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