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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yut | ||||||
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タイトル | DNA polymerase IV - DNA ternary complex 3 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding ...DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kottur, J. / Nair, D.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018 タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction 著者: Kottur, J. / Nair, D.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yut.cif.gz | 366.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yut.ent.gz | 291.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yut_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yut_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5yut_validation.xml.gz | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yut_validation.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yut | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5yurC 5yusC 5yuuC 5yuvC 5yuwC 5yuxC 5yuyC 5yuzC 5yv0C 5yv1C 5yv2C 5yv3C 5yydC 5yyeC 5zlvC 6ig1C 4ir1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase #2: DNA鎖 | 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→71.04 Å / Num. obs: 58767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8531 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IR1 解像度: 2.15→54.885 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.19 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→54.885 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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