PDB-5yuv: DNA polymerase IV - DNA ternary complex 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yuv

タイトル

DNA polymerase IV - DNA ternary complex 5

要素

DNA polymerase IV
DTN1
DTN2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Kottur, J. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yuv.cif.gz	371.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yuv.ent.gz	297 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yurC 5yusC 5yutC 5yuuC 5yuwC 5yuxC 5yuyC 5yuzC 5yv0C 5yv1C 5yv2C 5yv3C 5yydC 5yyeC 5zlvC 6ig1C 4ir1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yux-1 3e3m-d 6otj-d 5miu-d 3t8x-d 5eco-1 4iho-d 3h03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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トランスポザーゼ (Transposase)
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類似性 (1)

登録構造単位

F: DNA polymerase IV

A: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

B: DTN1

C: DTN1

ヘテロ分子

103 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase IV

B: DTN1

C: DTN1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.660, 56.940, 109.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FA

#1: タンパク質	DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GBCH

#2: DNA鎖	DTN1 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: DNA鎖	DTN2 分子量: 5796.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 489分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP 分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	Authors state that, for the chain H or C, the 873DC and 901TTP represent an intermediate form ...Authors state that, for the chain H or C, the 873DC and 901TTP represent an intermediate form during DNA synthesis and the bond between them has been stretched and will not be seen in a simple linkage between DC and TTP.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→70.83 Å / Num. obs: 66012 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.06→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1

解像度: 2.06→44.48 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 27.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	3297	5.01 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.19	65803	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→44.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5374	1400	62	483	7319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7206
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	10060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.639	4187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.064-2.0875	0.3126	188	0.2805	3831	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0875-2.112	0.3305	184	0.2987	4087	X-RAY DIFFRACTION	97
2.112-2.1378	0.3336	190	0.2849	3988	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1378-2.1648	0.3214	218	0.2693	4082	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1648-2.1933	0.3011	190	0.2696	3983	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1933-2.2234	0.4061	204	0.264	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2234-2.2551	0.3094	227	0.2696	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2551-2.2888	0.3616	214	0.2595	4051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2888-2.3245	0.2865	255	0.2464	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3245-2.3627	0.3442	222	0.2489	4165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3627-2.4034	0.3039	209	0.2424	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4034-2.4471	0.286	199	0.2354	4027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4471-2.4942	0.2664	207	0.2351	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4942-2.5451	0.3146	233	0.2298	4039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5451-2.6004	0.2529	231	0.2257	4139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6004-2.6609	0.2551	215	0.2207	3997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6609-2.7274	0.279	235	0.2117	4062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7274-2.8011	0.2656	254	0.2137	4070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8011-2.8836	0.2499	199	0.2066	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8836-2.9766	0.2415	200	0.2009	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9766-3.083	0.2833	217	0.1946	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.083-3.2064	0.2672	199	0.1949	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2064-3.3523	0.2405	188	0.1793	4131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3523-3.5289	0.1963	201	0.1653	4032	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5289-3.7499	0.2125	219	0.1611	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7499-4.0393	0.2092	233	0.155	4008	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0393-4.4454	0.188	179	0.1372	4097	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4454-5.0879	0.1866	232	0.1381	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0879-6.4072	0.1823	221	0.1592	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4072-44.4857	0.1466	241	0.1429	3982	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0898	0.0592	0.2658	1.5162	-0.0174	1.7088	-0.0393	0.212	-0.1427	-0.2515	0.0104	-0.4512	0.1131	0.0969	0.033	0.1829	-0.0006	0.0477	0.2149	-0.0239	0.3538	5.098	-14.494	-69.8835
2	1.084	-0.2203	0.4492	1.7566	0.361	0.9713	-0.0112	0.2048	0.5309	-0.2825	-0.2284	0.053	-0.3068	-0.1932	0.1739	0.3056	0.0313	-0.0888	0.2529	-0.0038	0.4098	-12.3403	2.7227	-69.0531
3	1.5973	-0.4839	0.1862	1.6621	0.014	1.0411	-0.2283	-0.1696	-0.0055	0.5404	0.0703	-0.2004	-0.1392	-0.072	0.1474	0.3029	0.0529	-0.0697	0.23	-0.0483	0.3835	1.6648	-15.0875	-44.1913
4	1.2822	0.245	-0.1528	1.597	-0.3391	1.2423	-0.1206	-0.294	0.0991	-0.1244	0.0526	0.2519	0.2083	-0.5026	0.0679	0.1212	-0.0659	0.0367	0.4887	-0.1739	0.3162	-30.421	-19.4256	-63.7888
5	1.3148	0.0916	0.1833	1.4177	0.19	1.1002	0.0006	-0.1244	-0.0685	0.2477	0.0787	-0.2249	0.2118	0.2032	-0.0567	0.4503	0.0544	-0.0787	0.3297	-0.0003	0.276	-28.1658	-8.8096	3.4566
6	0.7541	0.0554	-0.271	1.3896	0.2343	1.3737	0.0407	0.0998	0.2447	-0.0918	0.0203	-0.1119	-0.6332	0.3558	-0.0792	0.5133	-0.0693	0.0046	0.2796	-0.0045	0.2851	-25.7042	8.1741	-14.2488
7	0.8478	-0.0191	-0.1063	1.2848	-0.2184	1.155	0.039	-0.0021	0.0505	0.0095	-0.0124	0.2162	0.109	-0.1848	-0.0273	0.4206	-0.0031	0.0032	0.2705	0.0037	0.2344	-52.8807	-9.4774	-4.7061
8	1.247	-0.1216	0.0116	1.7595	0.1057	1.7298	-0.062	0.0056	-0.0704	0.1677	-0.061	-0.0544	0.2669	0.2501	0.1246	0.3624	0.0792	0.0353	0.3656	0.0301	0.228	-27.6015	-15.3496	-32.2495
9	1.2635	0.3918	0.5976	1.8856	-1.1463	1.3389	-0.0083	-0.259	-0.2182	0.0736	-0.1629	0.017	0.1052	-0.1382	0.1371	0.1962	-0.0093	0.0973	0.3093	-0.0305	0.32	-17.7648	-24.3847	-52.0058
10	0.8926	0.8611	0.5813	1.302	0.6885	0.404	0.1995	-0.1524	-0.0714	0.0659	-0.2493	0.0092	0.069	-0.2651	0.0218	0.4462	-0.0582	-0.0112	0.332	-0.0206	0.2352	-41.8086	-19.3755	-22.9771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN F AND ( RESID 0:10 OR RESID 76:164 ) )	F	0 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN F AND ( RESID 0:10 OR RESID 76:164 ) )	F	76 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN F AND RESID 11:75 )	F	11 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN F AND RESID 165:229 )	F	165 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN F AND RESID 241:341 )	F	241 - 341
6	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND ( RESID 0:10 OR RESID 76:164 ) )	A	0 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND ( RESID 0:10 OR RESID 76:164 ) )	A	76 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 11:75 )	A	11 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 165:229 )	A	165 - 229
10	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 241:341 )	A	241 - 341
11	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 858:873 ) OR ( CHAIN G AND RESID 837:854 ) OR ( CHAIN F AND RESID 901:902 )	H	858 - 873
12	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 858:873 ) OR ( CHAIN G AND RESID 837:854 ) OR ( CHAIN F AND RESID 901:902 )	G	837 - 854
13	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 858:873 ) OR ( CHAIN G AND RESID 837:854 ) OR ( CHAIN F AND RESID 901:902 )	F	901 - 902
14	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 901:902 ) OR ( CHAIN C AND RESID 857:873 ) OR ( CHAIN B AND RESID 837:854 )	A	901 - 902
15	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 901:902 ) OR ( CHAIN C AND RESID 857:873 ) OR ( CHAIN B AND RESID 837:854 )	C	857 - 873
16	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 901:902 ) OR ( CHAIN C AND RESID 857:873 ) OR ( CHAIN B AND RESID 837:854 )	B	837 - 854

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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