PDB-6otj: Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6otj

タイトル

Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae with bound L-Tyr

要素

Tyrosine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / aminoacylation / tRNA binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae with bound L-Tyr
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6otj.ent.gz	287 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6otj_full_validation.pdf.gz	393 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4oudS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vsq-d 5vt7-d 6hdp-d 5vr7-d 5udk-d 6kdt-2 6kdt-3 2qre-2 3ikj-d 2w5w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-NegoA.01032.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine--tRNA ligase

B: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.730, 121.730, 301.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS 分子量: 48267.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌) 株: NCCP11945 / 遺伝子: tyrS, NGK_0091 / プラスミド: NegoA.01032.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4RP13, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: NegoA.01032.a.B1.PW37921 at 26 mg/ml was incubated with 4 mM L-Tyr, then was mixed 1:1 with NegoTyrRSv1(d3): 270 mM HEPES free acid/ NaOH, pH = 7.6, 1700 mM ammonium sulfate, cryo: 20% ...詳細: NegoA.01032.a.B1.PW37921 at 26 mg/ml was incubated with 4 mM L-Tyr, then was mixed 1:1 with NegoTyrRSv1(d3): 270 mM HEPES free acid/ NaOH, pH = 7.6, 1700 mM ammonium sulfate, cryo: 20% ethylene glycol. Tray: 301932d3, puck: nky3-3

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: NegoA.01032.a.B1.PW37921 at 26 mg/ml was incubated with 4 mM L-Tyr, then was mixed 1:1 with NegoTyrRSv1(d3): 270 mM HEPES free acid/ NaOH, pH = 7.6, 1700 mM ammonium sulfate, cryo: 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月5日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→47.879 Å / Num. obs: 52573 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.183 % / B_iso Wilson estimate: 63.489 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.023 / Net I/σ(I): 15.99 / Num. measured all: 219900 / Scaling rejects: 24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.85-2.92	4.169	0.581	2.41	16340	3930	3919	0.885	0.669	99.7
2.92-3	4.168	0.49	2.85	15785	3800	3787	0.912	0.563	99.7
3-3.09	4.161	0.385	3.55	15401	3709	3701	0.933	0.443	99.8
3.09-3.19	4.163	0.305	4.58	15109	3640	3629	0.951	0.351	99.7
3.19-3.29	4.143	0.208	6.23	14514	3517	3503	0.977	0.239	99.6
3.29-3.41	4.158	0.166	7.72	13974	3375	3361	0.985	0.19	99.6
3.41-3.53	4.164	0.129	9.57	13588	3282	3263	0.992	0.147	99.4
3.53-3.68	4.153	0.095	12.55	13069	3186	3147	0.995	0.108	98.8
3.68-3.84	4.191	0.081	14.99	12530	3030	2990	0.995	0.093	98.7
3.84-4.03	4.175	0.068	17.78	11883	2908	2846	0.997	0.077	97.9
4.03-4.25	4.202	0.05	22.05	11446	2786	2724	0.998	0.057	97.8
4.25-4.51	4.181	0.04	26.39	10815	2658	2587	0.999	0.046	97.3
4.51-4.82	4.204	0.04	28.36	10059	2476	2393	0.999	0.045	96.6
4.82-5.2	4.229	0.04	28.63	9430	2329	2230	0.998	0.045	95.7
5.2-5.7	4.251	0.039	29.32	8673	2157	2040	0.998	0.044	94.6
5.7-6.37	4.261	0.036	31.03	7875	1977	1848	0.999	0.041	93.5
6.37-7.36	4.3	0.031	35.69	6858	1738	1595	0.999	0.036	91.8
7.36-9.01	4.294	0.024	43.86	5849	1513	1362	0.999	0.027	90
9.01-12.75	4.188	0.022	50.72	4423	1197	1056	0.999	0.025	88.2
12.75-47.879	3.85	0.022	49.73	2279	727	592	0.999	0.026	81.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OUD

4oud

解像度: 2.85→47.879 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	1946	3.71 %	RANDOM, 0
R_work	0.1962	-	-	-
obs	0.1973	52488	97.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 203.93 Å² / B_iso mean: 78.9373 Å² / B_iso min: 22.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→47.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6489	0	245	54	6788
B_iso mean	-	-	128.63	59.31	-
残基数	-	-	-	-	858

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.85-2.9213	0.3918	132	0.3594	3617	3749	99
2.9213-3.0003	0.372	141	0.3255	3589	3730	99
3.0003-3.0885	0.2982	124	0.2952	3644	3768	100
3.0885-3.1882	0.2905	135	0.2689	3662	3797	100
3.1882-3.3021	0.2735	149	0.2563	3627	3776	99
3.3021-3.4343	0.2794	159	0.2437	3616	3775	99
3.4343-3.5906	0.2625	141	0.2321	3644	3785	99
3.5906-3.7798	0.2275	130	0.1912	3625	3755	99
3.7798-4.0165	0.2215	152	0.1763	3608	3760	98
4.0165-4.3264	0.1884	136	0.1502	3627	3763	98
4.3264-4.7614	0.1667	146	0.1375	3588	3734	97
4.7614-5.4496	0.1779	125	0.1613	3592	3717	95
5.4496-6.8627	0.2325	133	0.1874	3558	3691	93
6.8627-47.8856	0.1925	143	0.1758	3545	3688	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6708	-0.9151	0.087	0.4573	-0.25	3.5305	-0.2638	-0.0719	0.0361	-0.1217	0.0017	-0.0718	0.2011	0.3586	0.2327	0.5766	0.0645	0.0523	0.2278	0.0405	0.444	-45.6691	-23.3128	-12.7618
2	1.8213	-0.2499	0.4039	0.0981	-0.336	3.6224	-0.2702	-0.0684	0.0051	0.0856	0.0498	-0.0483	0.1678	-0.0228	0.1831	0.6165	0.0174	0.0666	0.2149	0.0276	0.446	-53.1372	-22.1272	-24.0596
3	1.6909	0.4943	0.269	1.2529	-1.0404	4.6197	-0.3234	-0.0662	-0.157	-0.1481	-0.007	-0.143	0.6556	0.3351	0.3306	0.5398	0.0723	0.0535	0.2296	0.0315	0.4389	-48.4248	-27.3921	-13.6988
4	3.3704	-0.7574	-0.2528	1.1959	0.4403	1.4494	-0.1837	-0.6602	-0.0342	0.2466	0.117	-0.0127	0.3076	-0.1546	0.0416	0.611	0.1808	0.0213	0.4374	-0.0024	0.4427	-53.9604	-24.6206	11.6131
5	4.2687	3.7359	-4.1082	3.9407	-2.3379	6.307	-0.5373	-0.1311	-1.2464	0.1337	-0.2096	0.4163	1.0301	-0.5558	0.7549	1.0507	-0.2194	0.2611	0.8481	-0.0154	1.142	-83.5854	-33.2745	21.9065
6	7.2029	1.4525	-2.2488	1.7572	-0.2113	3.4431	0.0067	-0.636	-0.9692	-0.2511	-0.5315	-0.0128	0.6504	-0.0648	0.3683	0.672	0.0402	0.1683	0.7348	-0.0185	0.5937	-78.8198	-24.693	24.4298
7	5.1546	5.8526	1.9998	2	2	1.9998	0.6161	0.1302	0.1556	0.23	-0.1591	-0.0897	-1.0816	-0.11	-0.3362	0.4862	0.1048	0.0066	0.6296	-0.5734	1.4469	-52.3372	-23.873	-18.5117
8	2.4616	-0.6541	0.2132	1.0497	0.0446	3.9199	0.0552	0.311	0.3395	-0.3486	-0.2336	0.0879	-0.9197	-0.5304	0.1355	0.5895	0.209	-0.021	0.7031	-0.0115	0.4053	-87.6066	8.3245	17.6882
9	1.3288	-0.5137	0.2723	0.5855	-0.7154	4.5343	-0.0478	0.0878	0.0488	-0.0344	-0.0963	0.1474	-0.7889	-0.9575	0.1578	0.4556	0.1779	-0.0184	0.7579	-0.0664	0.43	-92.6601	3.3442	27.6173
10	0.9087	-0.2786	-0.7353	1.8097	0.5353	0.9612	0.2292	0.6297	-0.1192	-0.8062	-0.3114	0.2477	-0.6397	-0.9758	0.0472	0.8433	0.3669	-0.0371	1.2345	-0.0335	0.5115	-91.0448	-1.1533	-6.2326
11	1.4487	1.3384	3.2725	8.2821	5.8605	8.7879	-0.5773	0.529	-0.5598	-0.3475	-0.1316	0.7098	2.3142	-1.1963	0.5213	1.3002	-0.5155	0.3197	1.172	-0.1696	0.7462	-87.7102	-32.5263	-14.6583
12	2.7592	1.9191	2.3951	9.489	3.8281	5.0659	-0.2288	0.3713	-0.6781	-0.638	0.0592	0.2743	0.1125	-0.8097	0.3006	0.7417	-0.1048	0.1758	1.1393	-0.2007	0.5822	-82.0282	-24.7606	-18.016
13	1.9999	2.0001	2.0001	2	1.9999	1.9999	-0.6607	4.2577	1.5955	-0.2241	0.609	2.7967	-0.2386	3.5791	0.0626	0.4908	0.1518	0.1395	1.2123	0.4077	1.332	-88.8675	2.8139	23.582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 90 )	A	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 91 through 186 )	A	91 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 187 through 248 )	A	187 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 249 through 349 )	A	249 - 349
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 350 through 376 )	A	350 - 376
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 377 through 431 )	A	377 - 431
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 501 through 501 )	A	501
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -3 through 128 )	B	-3 - 128
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 129 through 248 )	B	129 - 248
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 249 through 349 )	B	249 - 349
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 350 through 376 )	B	350 - 376
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 377 through 431 )	B	377 - 431
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 501 through 501 )	B	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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