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- PDB-6otj: Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonor... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6otj | ||||||
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Title | Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae with bound L-Tyr | ||||||
![]() | Tyrosine--tRNA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / SSGCID / aminoacylation / tRNA binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae with bound L-Tyr Authors: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 352.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 287 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 393.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 393 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4oudS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 48267.543 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NCCP11945 / Gene: tyrS, NGK_0091 / Plasmid: NegoA.01032.a.B1 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: NegoA.01032.a.B1.PW37921 at 26 mg/ml was incubated with 4 mM L-Tyr, then was mixed 1:1 with NegoTyrRSv1(d3): 270 mM HEPES free acid/ NaOH, pH = 7.6, 1700 mM ammonium sulfate, cryo: 20% ...Details: NegoA.01032.a.B1.PW37921 at 26 mg/ml was incubated with 4 mM L-Tyr, then was mixed 1:1 with NegoTyrRSv1(d3): 270 mM HEPES free acid/ NaOH, pH = 7.6, 1700 mM ammonium sulfate, cryo: 20% ethylene glycol. Tray: 301932d3, puck: nky3-3 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jul 5, 2018 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.85→47.879 Å / Num. obs: 52573 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.183 % / Biso Wilson estimate: 63.489 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 15.99 / Num. measured all: 219900 / Scaling rejects: 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4OUD Resolution: 2.85→47.879 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 203.93 Å2 / Biso mean: 78.9373 Å2 / Biso min: 22.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.85→47.879 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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