PDB-5yuz: DNA polymerase IV - DNA ternary complex 11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yuz

タイトル

DNA polymerase IV - DNA ternary complex 11

要素

DNA polymerase IV
DTN1
DTN2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Kottur, J. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction.
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yuz.cif.gz	373.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yuz.ent.gz	298.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yuz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yuz_validation.pdf.gz	883.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yuz_full_validation.pdf.gz	896.9 KB	表示
XML形式データ	5yuz_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	5yuz_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yuz	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)

登録構造単位

F: DNA polymerase IV

A: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

B: DTN1

C: DTN2

ヘテロ分子

103 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase IV

B: DTN1

C: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.090, 57.130, 110.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FA

#1: タンパク質	DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GBHC

#2: DNA鎖	DTN1 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: DNA鎖	DTN2 分子量: 5796.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 650分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂
#6: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP 分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.72 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→57.13 Å / Num. obs: 94643 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.83→1.93 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1

解像度: 1.83→44.8 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 28.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	9124	4.96 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.2	94254	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→44.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5390	1362	51	643	7446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.248	9867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.839	4087
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1099
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1033

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.8508	0.3343	315	0.3323	5808	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8508-1.8726	0.3399	300	0.3218	5806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8726-1.8954	0.328	268	0.3114	5909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8954-1.9194	0.3356	321	0.3024	5832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9194-1.9447	0.2973	301	0.291	5802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9447-1.9713	0.318	281	0.2865	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9713-1.9995	0.3201	324	0.2814	5811	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9995-2.0293	0.3026	293	0.2715	5876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0293-2.061	0.2767	288	0.2664	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.0948	0.2625	272	0.255	5876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0948-2.1309	0.2934	285	0.2462	5852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1309-2.1697	0.2578	293	0.2254	5876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1697-2.2114	0.2762	302	0.2246	5880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2114-2.2566	0.292	319	0.2222	5850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2566-2.3056	0.2783	336	0.2175	5808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3056-2.3592	0.2781	317	0.2263	5822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3592-2.4182	0.266	285	0.2302	5853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4182-2.4836	0.2662	303	0.224	5903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4836-2.5567	0.256	333	0.2174	5798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5567-2.6392	0.2418	326	0.225	5882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6392-2.7335	0.263	331	0.2138	5803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7335-2.843	0.2369	346	0.2091	5799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.843-2.9723	0.2188	269	0.2059	5885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9723-3.129	0.2351	316	0.2043	5853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.325	0.2186	270	0.1749	5904	X-RAY DIFFRACTION	100
3.325-3.5816	0.1925	284	0.168	5883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5816-3.9418	0.2157	357	0.1632	5762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9418-4.5118	0.1902	260	0.1497	5900	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5118-5.6825	0.2085	332	0.1651	5836	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6825-44.8086	0.1893	297	0.1791	5189	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0556	-0.1411	1.195	1.8256	-0.3106	2.2228	-0.0639	0.2389	0.0918	-0.2943	-0.0293	-0.7749	0.0517	0.1798	0.0839	0.2277	-0.0229	0.0864	0.2039	0.0037	0.5219	4.5003	-14.0872	-70.1227
2	1.0304	-0.1285	0.8289	2.9161	0.2765	1.4413	-0.098	0.1386	0.7943	-0.3162	-0.2108	0.1832	-0.3453	-0.1655	0.238	0.2901	0.0118	-0.1059	0.2385	0.0213	0.6297	-12.9141	3.3093	-69.2864
3	2.2622	-0.4552	0.238	1.9138	-0.0888	1.6378	-0.3072	-0.2653	0.191	0.5192	0.0162	-0.3204	-0.1044	-0.0081	0.2206	0.3202	0.0452	-0.1379	0.2152	-0.0849	0.5692	1.1287	-14.7158	-44.4372
4	2.9422	0.2582	0.5231	2.6272	-0.4397	2.4447	-0.157	-0.336	0.536	-0.1679	0.1256	0.1369	0.2318	-0.5347	0.0037	0.1622	-0.0656	0.0171	0.4303	-0.1541	0.2883	-30.9252	-19.0441	-64.1834
5	2.2656	0.0242	-0.0695	1.5646	0.068	1.9471	0.0638	-0.2607	-0.1859	0.3883	-0.016	-0.2594	0.343	0.4642	-0.0163	0.6811	0.0912	-0.0976	0.4711	0.0182	0.3467	-27.9176	-8.2334	3.2594
6	2.2099	0.1258	-0.8164	2.9024	0.2517	2.4595	0.2625	-0.1193	0.2909	0.0895	-0.0132	-0.2479	-0.7636	0.538	-0.2255	0.7003	-0.0808	0.0058	0.4008	-0.0486	0.315	-25.7254	8.7201	-14.7115
7	1.774	0.2555	0.4901	2.1654	-0.4787	1.7121	0.0893	-0.1055	0.0712	0.0576	-0.0882	0.356	0.2327	-0.3355	-0.0317	0.658	-0.0155	0.0438	0.4167	0.0101	0.2821	-52.7285	-8.9043	-4.432
8	2.7013	-0.3737	-0.6355	3.0102	0.4832	3.6863	-0.1842	-0.0078	-0.309	0.2641	-0.0198	-0.1656	0.4532	0.3759	0.173	0.4596	0.1419	-0.0056	0.415	-0.0164	0.2395	-27.8385	-14.9522	-32.5355
9	3.6367	0.9868	0.0354	2.2889	-1.1729	1.9025	-0.0749	-0.5374	-0.4109	0.0702	-0.1378	-0.1571	0.1381	-0.2505	0.1645	0.1823	-0.018	0.0689	0.3146	-0.0445	0.3365	-18.7547	-24.2713	-52.9436
10	1.4835	1.6499	0.5551	2.9858	1.2259	0.5171	0.1325	-0.0477	-0.0383	0.1413	-0.1693	0.0844	0.0758	-0.243	0.024	0.5913	-0.0065	-0.0271	0.4336	-0.0143	0.2506	-41.9589	-19.4652	-23.137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'F' AND (RESID 0 THROUGH 10 OR RESID 76 THROUGH 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'F' AND (RESID 11 THROUGH 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'F' AND (RESID 165 THROUGH 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'F' AND (RESID 241 THROUGH 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 10 OR RESID 76 THROUGH 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 11 THROUGH 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 165 THROUGH 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 241 THROUGH 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'H' AND (RESID 860 THROUGH 874 ) OR CHAIN 'G' AND (RESID 838 THROUGH 854) OR CHAIN 'F' AND (RESID 901 THROUGH 903)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 838 THROUGH 854 ) OR CHAIN 'C' AND (RESID 857 THROUGH 874) OR CHAIN 'A' AND (RESID 901 THROUGH 903)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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