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- PDB-6vnp: Crystal structure of DPO4 extension past 8-oxoadenine (oxoA) and dT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vnp
タイトルCrystal structure of DPO4 extension past 8-oxoadenine (oxoA) and dT
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / DPO4 / Y-family DNA polymerase / Translesion synthesis / TRANSFERASE / extension / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DZ4 / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Jung, H. / Lee, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DPO4 extension past 8-oxoadenine (oxoA) and dT
著者: Jung, H. / Lee, S.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
A: DNA polymerase IV
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA polymerase IV
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
G: DNA polymerase IV
H: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
J: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,60424
ポリマ－196,44812
非ポリマー2,15512
水6,539363
1
P: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
A: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6516
ポリマ－49,1123
非ポリマー5393
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
2
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6516
ポリマ－49,1123
非ポリマー5393
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
3
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
G: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6516
ポリマ－49,1123
非ポリマー5393
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
4
H: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
J: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6516
ポリマ－49,1123
非ポリマー5393
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.255, 98.984, 102.875
Angle α, β, γ (deg.)90.030, 89.990, 89.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 PBEHTCFI

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4400.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*T*(R5M)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5691.685 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ADGJ

#3: タンパク質
DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 39019.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
遺伝子: dbh, SSOP1_2570, SULA_0242, SULB_0243, SULC_0242, SULG_01230, SULH_01230, SULI_01230, SULM_01230, SULN_01230, SULO_01240, SULZ_01250
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E3K6E9, UniProt: Q97W02*PLUS, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 375分子

#4: 化合物
ChemComp-DZ4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine


分子量: 490.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O11P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris 7.5 20% PEG3350 100 mM Magnesium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 78571 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 1.9 % / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.42→2.47 Å / Num. unique obs: 4003 / CC1/2: 0.644 / Rpim(I) all: 0.454

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JX4

1jx4


解像度: 2.42→47.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 3770 4.82 %
Rwork0.1994 --
obs-78203 97.69 %
原子変位パラメータBiso mean: 47.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10972 2557 128 363 14020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010314107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.271219506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09882231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00692021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.74735817
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.45 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 109 -
Rwork0.2601 2658 -
obs--96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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