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万見
- PDB-4r8t: Structure of JEV protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r8t
タイトルStructure of JEV protease
要素
  • NS3
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードHYDROLASE / Serine protease / Protease / NS2b
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular region / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C ...Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Core protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.133 Å
データ登録者Nair, D.T. / Weinert, T. / Wang, M. / Olieric, V.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination.
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / Bargsten, K. / Prota, A.E. / Surana, P. / Kottur, J. / Nair, D.T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Boland, A. / Weichenrieder, O. / Wang, B.C. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references / Experimental preparation
改定 1.22015年1月14日Group: Structure summary
改定 1.32015年8月12日Group: Database references
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6873
ポリマ－17,6522
非ポリマー351
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.260, 88.260, 36.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Serine protease subunit NS2B


分子量: 2501.765 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1352-1368 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
株: Nakayama / 遺伝子: NS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: P14403
#2: タンパク質 NS3


分子量: 15150.038 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1522-1662 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
遺伝子: NS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O90417
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 25% PEG 1000, 0.1M Citrate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月18日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.133→44.13 Å / Num. all: 9029 / Num. obs: 9129 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.133→2.2453 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.133→44.13 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 912 10.1 %random
Rwork0.1642 ---
obs0.1697 9029 98.31 %-
all-9029 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.133→44.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 1 104 1335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7081712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.129441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002221
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1329-2.24530.21961130.1645102388
2.2453-2.3860.23421310.171184100
2.386-2.57020.23781290.17571163100
2.5702-2.82880.24781310.18051161100
2.8288-3.23810.23911310.17861184100
3.2381-4.07920.20041380.15211178100
4.0792-44.13940.19171390.15171224100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15710.30591.09312.96670.14812.34920.0391-0.04750.51660.1047-0.0701-0.2258-0.2330.126-0.02010.143-0.01870.0020.09720.02480.0507-13.3192-12.2758.4197
26.54753.0132.19665.80654.94294.2662-0.13320.74470.6933-0.2466-0.44410.7629-0.42480.2203-0.13070.30070.0122-0.10060.27030.05180.5421-34.733-14.3954-2.3485
31.6643-0.6578-0.81492.212-0.8412.5125-0.0316-0.28010.56550.00310.0343-0.2687-0.15730.3116-0.22470.1042-0.0036-0.05420.1424-0.01330.1681-10.9023-12.79148.0393
42.6285-0.08770.36261.9027-0.97542.6744-0.05440.03710.0210.0852-0.00730.0522-0.06540.08890.00250.1109-0.0007-0.01620.08090.00040.0992-14.0558-18.747711.7936
54.63860.88650.32640.9811-0.35866.10860.18310.21651.02350.23860.0037-0.2643-0.91890.28150.34560.2386-0.0726-0.0160.16790.01830.2873-6.8831-13.956216.9728
63.2109-0.8775-0.49742.25810.38853.72450.0253-0.1003-0.45950.36460.20750.15760.5459-0.07190.03370.1678-0.0252-0.02050.12790.02720.1274-14.1238-26.540718.6185
72.73460.4012.98352.4571.51884.06160.1349-0.4202-0.28330.0134-0.08160.55570.1628-0.59-0.22540.1523-0.0356-0.01560.20.07510.1747-29.0827-25.417913.9332
83.39360.69720.09412.1881-0.53350.87070.01070.26220.0842-0.08120.0421-0.04060.18260.0026-0.04420.10620.0171-0.0340.14310.00470.0918-21.3245-17.1459-0.2986
90.5326-0.3363-0.07064.1343-1.10990.36440.15690.2998-0.2-0.3190.24390.1010.7083-0.26320.29910.4065-0.0856-0.17350.14620.01420.2189-29.1879-27.52811.1043
101.5804-0.1199-0.9831.8174-1.80962.4679-0.24070.082-0.2533-0.69650.13240.50520.3349-0.2622-0.4980.3936-0.0205-0.10920.1184-0.02760.2172-22.9721-32.67933.9104
113.3183-2.464-0.54552.3634-0.52465.01740.26630.1670.0819-0.07460.0143-0.5890.52840.6634-0.08920.14730.0182-0.03480.1549-0.05430.1976-14.4786-21.95632.8825
122.4743-0.65990.33154.47820.58172.48580.1085-0.2432-0.28560.05-0.02610.51030.0769-0.3909-0.05590.1453-0.0181-0.04080.15240.02880.1895-28.0602-25.16099.7684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 48 THROUGH 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 63 THROUGH 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 18 THROUGH 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 32 THROUGH 53 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 54 THROUGH 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 67 THROUGH 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 80 THROUGH 94 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 95 THROUGH 106 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 107 THROUGH 117 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 118 THROUGH 131 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 132 THROUGH 137 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 138 THROUGH 158 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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