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- PDB-6qnv: Fibrinogen-like globe domain of Human Tenascin-C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qnv
タイトルFibrinogen-like globe domain of Human Tenascin-C
要素Tenascin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fibrinogen-related protein (FReP) / pro-inflammatory / damage-associated molecular pattern (DAMP) / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / extracellular matrix of synaptic cleft / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor ...perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / extracellular matrix of synaptic cleft / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / neuromuscular junction development / odontogenesis of dentin-containing tooth / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / response to mechanical stimulus / cellular response to retinoic acid / regulation of cell migration / morphogenesis of an epithelium / Post-translational protein phosphorylation / regulation of cell growth / response to wounding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / osteoblast differentiation / integrin binding / regulation of inflammatory response / : / response to ethanol / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / glutamatergic synapse / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Teneurin-like EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain ...Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Teneurin-like EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Coker, J.A. / Bezerra, G.A. / Bradshaw, W.J. / Zhang, M. / Yosaatmadja, Y. / Fernandez-Cid, A. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. ...Coker, J.A. / Bezerra, G.A. / Bradshaw, W.J. / Zhang, M. / Yosaatmadja, Y. / Fernandez-Cid, A. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Midwood, K.S. / Yue, W.W. / Marsden, B.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115766 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fibrinogen-like globe domain of Human Tenascin-C
著者: Coker, J.A. / Bezerra, G.A. / Bradshaw, W.J. / Zhang, M. / Yosaatmadja, Y. / Fernandez-Cid, A. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Midwood, K.S. ...著者: Coker, J.A. / Bezerra, G.A. / Bradshaw, W.J. / Zhang, M. / Yosaatmadja, Y. / Fernandez-Cid, A. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Midwood, K.S. / Yue, W.W. / Marsden, B.D.
履歴
登録2019年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tenascin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1841
ポリマ－25,1841
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Native mass spectrometry confirms folded monomer, in agreement with size-exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.829, 77.829, 71.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Tenascin / TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion ...TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion / JI / Myotendinous antigen / Neuronectin / Tenascin-C / TN-C


分子量: 25183.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNC, HXB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CyDisCo / 参照: UniProt: P24821
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus 0.09M NPS, 0.1M Buffer System 3 pH = 8.5, 50% v/v Precipitant Mix 1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→71.93 Å / Num. obs: 69462 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.4 % / Biso Wilson estimate: 13.127 Å2 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.2-1.2213.1133910.7692.80799.2
3.26-72.0623.771.237860.0080.038100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FID

1fid


解像度: 1.4→55.04 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: Truncated to 1.4 angstroms (from 1.2A) during refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 2141 4.9 %Random selection
Rwork0.164 ---
obs-41929 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 84.41 Å2 / Biso mean: 21.6135 Å2 / Biso min: 9.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→55.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1677 0 0 175 1852

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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