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万見
- PDB-5xib: Crystal Structure of HasAp with Fe-5,15-Diphenylporphyrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xib
タイトルCrystal Structure of HasAp with Fe-5,15-Diphenylporphyrin
要素Heme acquisition protein HasAp
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEME ACQUISITION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,15-Diphenylporphyrin containing FE / Heme acquisition protein HasAp
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shoji, O. / Uehara, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Structures of the Heme Acquisition Protein HasA with Iron(III)-5,15-Diphenylporphyrin and Derivatives Thereof as an Artificial Prosthetic Group
著者: Uehara, H. / Shisaka, Y. / Nishimura, T. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Miyake, Y. / Shinokubo, H. / Watanabe, Y. / Shoji, O.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme acquisition protein HasAp
B: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8364
ポリマ－37,8032
非ポリマー1,0332
水2,018112
1
A: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4182
ポリマ－18,9021
非ポリマー5161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4182
ポリマ－18,9021
非ポリマー5161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.551, 154.551, 36.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Heme acquisition protein HasAp


分子量: 18901.535 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[PREP4] / 参照: UniProt: G3XD33
#2: 化合物 ChemComp-WUP / 5,15-Diphenylporphyrin containing FE


分子量: 516.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H20FeN4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 % / Mosaicity: 1.288 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM MES (pH6.0), 50mM KPi buffer (pH7.0), 500mM Potassium sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20401 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 113803
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.384.60.34819910.9090.1740.3910.89289.8
2.38-2.484.50.28320120.9290.1430.3190.90788.1
2.48-2.594.60.22819670.9510.1130.2560.89188.3
2.59-2.734.60.17119690.9730.0840.1920.96287.3
2.73-2.94.50.12719220.9850.0620.1421.00185.6
2.9-3.124.50.0919180.9920.0450.1011.02584.8
3.12-3.444.50.06319270.9960.0320.0711.06684.4
3.44-3.934.90.06220130.9950.0290.0691.08888.8
3.93-4.957.40.0522790.9980.0190.0541.18598.6
4.95-5010.40.029240310.0090.031.118100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W8O

3w8o


解像度: 2.3→19.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2097 / WRfactor Rwork: 0.1743 / FOM work R set: 0.8488 / SU B: 5.593 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.2596 / SU Rfree: 0.2094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1029 5.1 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1799 19318 89.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.48 Å2 / Biso mean: 28.839 Å2 / Biso min: 16.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2668 0 74 112 2854
Biso mean--25.91 32.56 -
残基数----368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.9623842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89335546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.245366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8225.091110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20515368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.157154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02602
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.362 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 84 -
Rwork0.211 1355 -
all-1439 -
obs--89.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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