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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xib | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HasAp with Fe-5,15-Diphenylporphyrin | ||||||
要素 | Heme acquisition protein HasAp | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / HEME ACQUISITION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Shoji, O. / Uehara, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017 タイトル: Structures of the Heme Acquisition Protein HasA with Iron(III)-5,15-Diphenylporphyrin and Derivatives Thereof as an Artificial Prosthetic Group 著者: Uehara, H. / Shisaka, Y. / Nishimura, T. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Miyake, Y. / Shinokubo, H. / Watanabe, Y. / Shoji, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xib.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xib.ent.gz | 62.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xib | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18901.535 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[PREP4] / 参照: UniProt: G3XD33 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 % / Mosaicity: 1.288 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50mM MES (pH6.0), 50mM KPi buffer (pH7.0), 500mM Potassium sodium tartrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20401 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 113803 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3W8O 解像度: 2.3→19.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2097 / WRfactor Rwork: 0.1743 / FOM work R set: 0.8488 / SU B: 5.593 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.2596 / SU Rfree: 0.2094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.48 Å2 / Biso mean: 28.839 Å2 / Biso min: 16.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→19.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.303→2.362 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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