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万見
- PDB-4qxg: Antigen binding fragment of an anti IFNAR1 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qxg
タイトルAntigen binding fragment of an anti IFNAR1 antibody
要素
  • Fab, heavy chain, IgG1
  • Fab, light chain, IgG1
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgV and IgC type folds / antigen binding / IFNAR1 / interferon alpha receptor 1
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Oganesyan, V.Y. / Dall'Acqua, W.F.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2015
タイトル: Molecular basis for antagonistic activity of anifrolumab, an anti-interferon-alpha receptor 1 antibody.
著者: Peng, L. / Oganesyan, V. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F. / Damschroder, M.M.
履歴
登録2014年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab, heavy chain, IgG1
L: Fab, light chain, IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2445
ポリマ－47,0182
非ポリマー2263
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.456, 57.286, 100.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Fab, heavy chain, IgG1


分子量: 23571.545 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab, heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab, light chain, IgG1


分子量: 23445.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab, light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 192分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM potassium di-hydrogen phosphate, 100 mM MES, pH 6.5 and 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月10日
放射モノクロメーター: VariMax HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→48 Å / Num. all: 22461 / Num. obs: 21383 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 7.015 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24901 985 5.2 %RANDOM
Rwork0.1903 ---
all0.1933 22461 --
obs0.1933 18074 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.87 Å20 Å2-0.32 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 12 189 3487
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.023375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0151.964589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.723.0035565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7915430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80124.077130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.79815544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.9771515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02673
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 75 -
Rwork0.236 1250 -
obs--98.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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