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- PDB-4qt5: Crystal Structure of 3BD10: A Monoclonal Antibody against the TSH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qt5
タイトルCrystal Structure of 3BD10: A Monoclonal Antibody against the TSH Receptor
要素
  • 3BD10 mouse monoclonal antibody, heavy chain
  • 3BD10 mouse monoclonal antibody, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Graves disease / Antibody / TSH receptor / Thyroid
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hubbard, P.A. / Chen, C.R. / McLachlan, S.M. / Rapoport, B. / Murali, R.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of a TSH receptor monoclonal antibody: insight into Graves' disease pathogenesis.
著者: Chen, C.R. / Hubbard, P.A. / Salazar, L.M. / McLachlan, S.M. / Murali, R. / Rapoport, B.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: 3BD10 mouse monoclonal antibody, light chain
H: 3BD10 mouse monoclonal antibody, heavy chain
A: 3BD10 mouse monoclonal antibody, light chain
B: 3BD10 mouse monoclonal antibody, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4944
ポリマ－93,4944
非ポリマー00
水1,892105
1
L: 3BD10 mouse monoclonal antibody, light chain
H: 3BD10 mouse monoclonal antibody, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7472
ポリマ－46,7472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
2
A: 3BD10 mouse monoclonal antibody, light chain
B: 3BD10 mouse monoclonal antibody, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7472
ポリマ－46,7472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.979, 136.979, 149.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21A
12H
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULA1 - 2111 - 216
21GLUGLUAC1 - 2111 - 216
12GLNGLNHB1 - 2131 - 212
22GLNGLNBD1 - 2131 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 3BD10 mouse monoclonal antibody, light chain


分子量: 23768.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SP2/0 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 3BD10 mouse monoclonal antibody, heavy chain


分子量: 22978.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SP2/0 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.4
詳細: 20mM Tris.HCl, 11% PEG4K, pH 7.4, EVAPORATION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月7日
放射モノクロメーター: Confocal Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100.86 Å / Num. obs: 32117 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 32620 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4K23

4k23


解像度: 2.5→100.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.763 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2785 1623 5.1 %RANDOM
Rwork0.23547 ---
all0.23766 30401 --
obs0.23766 30401 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å2-0 Å20 Å2
2---4.83 Å20 Å2
3---5.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→100.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6478 0 0 105 6583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.026622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9578996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.682314122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5845820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18424.16250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.538151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5261528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3713.8253358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3713.8243357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8715.7274152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8715.7284153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48243264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4824.0023265
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0535.8934845
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.42829.7677026
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.42429.7817020
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11L113610.16
12A113610.16
21H109560.13
22B109560.13
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 121 -
Rwork0.382 2224 -
obs-2345 99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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