PDB-4qhk: UCA (unbound) from CH103 Lineage

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qhk

タイトル

UCA (unbound) from CH103 Lineage

要素

UCA heavy chain
UCA light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab fragment / HIV-1 / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.487 Å

データ登録者

Fera, D. / Harrison, S.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Affinity maturation in an HIV broadly neutralizing B-cell lineage through reorientation of variable domains.
著者: Fera, D. / Schmidt, A.G. / Haynes, B.F. / Gao, F. / Liao, H.X. / Kepler, T.B. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2014年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月16日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qhk.cif.gz	622.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qhk.ent.gz	520.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qhk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qhk_validation.pdf.gz	495.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qhk_full_validation.pdf.gz	531.5 KB	表示
XML形式データ	4qhk_validation.xml.gz	60.4 KB	表示
CIF形式データ	4qhk_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qhk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qhlC 4qhmC 4qhnC 4janS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6y1m-d 5wca-d 7kqy-2 5kg9-2 4ktd-d 4yo0-1 6x1u-2 5ggu-2 6p3b-d 4trp-d 6p60-4 3qg7-d 5cd3-2 4yx2-2 3r06-3 2orb-2 1r24-3 3mme-3 6nfn-4 1ngx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

M: UCA heavy chain

I: UCA heavy chain

O: UCA heavy chain

K: UCA heavy chain

N: UCA light chain

J: UCA light chain

L: UCA light chain

P: UCA light chain

191 kDa, 8 ポリマー
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1

M: UCA heavy chain

N: UCA light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
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2

I: UCA heavy chain

J: UCA light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
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3

O: UCA heavy chain

P: UCA light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
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4

K: UCA heavy chain

L: UCA light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.691, 71.148, 184.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain I
2	1	chain K
3	1	chain M
4	1	chain O
1	2	chain J
2	2	chain L
3	2	chain N
4	2	chain P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	SER	SER	chain I	I	B	2 - 215	2 - 223
2	1	VAL	VAL	SER	SER	chain K	K	D	2 - 215	2 - 223
3	1	VAL	VAL	LYS	LYS	chain M	M	A	2 - 214	2 - 222
4	1	VAL	VAL	LYS	LYS	chain O	O	C	2 - 214	2 - 222
1	2	TYR	TYR	THR	THR	chain J	J	F	2 - 209	2 - 210
2	2	TYR	TYR	THR	THR	chain L	L	G	2 - 209	2 - 210
3	2	TYR	TYR	THR	THR	chain N	N	E	2 - 209	2 - 210
4	2	TYR	TYR	THR	THR	chain P	P	H	2 - 209	2 - 210

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	UCA heavy chain 分子量: 24887.803 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6*PLUS
#2: 抗体	UCA light chain 分子量: 22784.156 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月27日

放射

モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.487→50 Å / Num. obs: 25281 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 43.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / Χ²: 0.907 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.487-3.56	3	0.373	1269	0.905	1	95.1
3.56-3.63	2.9	0.346	1233	0.982	1	97
3.63-3.69	2.9	0.304	1260	1.022	1	97.8
3.69-3.77	3	0.265	1243	0.885	1	94.4
3.77-3.85	2.9	0.278	1257	0.927	1	99.1
3.85-3.94	3	0.242	1267	0.904	1	95
3.94-4.04	2.9	0.19	1253	0.856	1	99.3
4.04-4.15	3	0.188	1256	0.909	1	95.6
4.15-4.27	3	0.162	1283	0.877	1	99.3
4.27-4.41	3	0.148	1274	0.89	1	95.7
4.41-4.57	3	0.142	1239	0.832	1	98.1
4.57-4.75	3.1	0.121	1285	0.968	1	97.2
4.75-4.97	3	0.123	1242	0.904	1	96
4.97-5.23	3	0.118	1276	0.871	1	96.9
5.23-5.55	3	0.115	1267	0.844	1	97.2
5.55-5.98	2.9	0.113	1271	1.009	1	95.9
5.98-6.58	3	0.102	1259	0.911	1	95.6
6.58-7.53	3.1	0.086	1268	0.942	1	97.2
7.53-9.48	3.1	0.063	1282	0.896	1	95.5
9.48-50	3.1	0.054	1297	0.826	1	93.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.49 Å	46.85 Å
Translation	3.49 Å	46.85 Å

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 23851

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
12.99-100	59.3	0.322	508
10.28-12.99	62	0.669	506
8.97-10.28	58.2	0.676	509
8.1-8.97	60.6	0.703	536
7.45-8.1	64	0.688	601
6.93-7.45	66.5	0.695	635
6.51-6.93	69.3	0.656	677
6.15-6.51	68.1	0.666	714
5.85-6.15	65.7	0.672	753
5.59-5.85	67.2	0.659	791
5.36-5.59	64.2	0.702	845
5.16-5.36	60.6	0.722	861
4.97-5.16	59.2	0.686	908
4.81-4.97	60.3	0.71	878
4.66-4.81	58.7	0.723	977
4.53-4.66	58.7	0.707	982
4.4-4.53	59.9	0.678	971
4.29-4.4	58	0.688	1006
4.18-4.29	62.4	0.685	1008
4.08-4.18	64.6	0.662	1064
3.99-4.08	66.1	0.667	1076
3.9-3.99	72.4	0.649	1064
3.82-3.9	69.9	0.616	1089
3.75-3.82	69	0.63	1044
3.68-3.75	66.3	0.585	1044
3.61-3.68	73	0.543	1043
3.49-3.61	72.4	0.523	1761

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
直接法	6.3	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JAN

4jan

解像度: 3.487→46.846 Å / FOM work R set: 0.7345 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2849	1207	5.08 %
R_work	0.2687	-	-
obs	0.2696	23782	90.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.68 Å² / B_iso mean: 66.91 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.487→46.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12800	0	0	0	12800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	13280
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	18140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.174	4684

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	I	3868	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL
1	2	K	3868	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL
1	3	M	3868	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL
1	4	O	3868	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL
2	1	J	3688	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL
2	2	L	3688	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL
2	3	N	3688	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL
2	4	P	3688	X-RAY DIFFRACTION	13.93	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.487-3.6269	0.3182	91	0.3212	1937	2028	70
3.6269-3.7919	0.3441	132	0.3115	2316	2448	84
3.7919-3.9918	0.3737	110	0.3019	2463	2573	90
3.9918-4.2417	0.2621	141	0.2809	2584	2725	93
4.2417-4.569	0.298	143	0.2486	2564	2707	93
4.569-5.0283	0.2595	140	0.2359	2676	2816	96
5.0283-5.7547	0.259	156	0.2489	2665	2821	96
5.7547-7.246	0.2982	141	0.274	2692	2833	96
7.246-46.8505	0.2347	153	0.2447	2678	2831	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.8125 Å / Origin y: -24.2999 Å / Origin z: 53.5362 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3935 Å²	0.0013 Å²	0.0218 Å²	-	0.4799 Å²	0.0024 Å²	-	-	0.444 Å²
L	-0.0138 °²	0.0061 °²	0.0371 °²	-	0.0043 °²	-0.056 °²	-	-	0.1355 °²
S	0.0169 Å °	-0.0759 Å °	0.0012 Å °	0.1375 Å °	-0.0074 Å °	0.0089 Å °	-0.0025 Å °	-0.0181 Å °	-0.0071 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	2 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	2 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	O	2 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	2 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	N	2 - 209
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	2 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	2 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	P	2 - 209

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