ソフトウェア 名称 バージョン 分類 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング PHASER位相決定 PDB_EXTRACT3.14 データ抽出 Cootモデル構築 PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.6→14.848 Å / SU ML : 0.36 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 0.07 / 位相誤差 : 25.95 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2397 1562 10.01 % Rwork 0.1852 14046 - obs 0.1906 15608 97.23 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 159.22 Å2 / Biso mean : 61.9636 Å2 / Biso min : 22.27 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.6→14.848 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3326 0 5 34 3365 Biso mean - - 69.41 46.34 - 残基数 - - - - 432
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.004 3417 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.739 4645 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.028 518 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.003 586 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d10.621 1212
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 11
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)2.6-2.6747 0.3551 136 0.2689 1186 1322 91 2.6747-2.7697 0.3091 141 0.2511 1253 1394 94 2.7697-2.8798 0.3345 142 0.2323 1263 1405 97 2.8798-3.0099 0.2929 145 0.2248 1262 1407 97 3.0099-3.1671 0.2601 133 0.2294 1274 1407 97 3.1671-3.3634 0.2722 151 0.2078 1309 1460 98 3.3634-3.6196 0.2464 141 0.1946 1288 1429 99 3.6196-3.9775 0.2292 142 0.1817 1307 1449 99 3.9775-4.5386 0.1942 142 0.1564 1297 1439 99 4.5386-5.6648 0.2094 147 0.1462 1308 1455 100 5.6648-14.8483 0.2127 142 0.1642 1299 1441 99
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.6996 -0.1756 -1.3234 2.4186 0.3884 3.911 -0.019 0.0661 0.0073 0.0841 -0.0498 0.3431 0.0084 -0.6956 -0 0.3671 0.0052 -0.0219 0.4463 -0.0321 0.4106 -43.9257 -38.4292 7.3039 2 1.3964 -0.9919 0.1473 2.2621 -0.0507 2.6818 0.1155 -0.1104 0.5585 -0.057 -0.0414 0.3523 -0.4907 -0.0698 0.0003 0.6627 0.0377 -0.0086 0.4943 -0.1141 0.9367 -43.5736 -4.4885 23.5469 3 0.8859 0.0817 0.4232 4.2122 0.4814 2.1912 -0.0994 0.2651 0.1035 -0.5806 0.0883 0.0415 -0.4121 0.0804 -0.0013 0.5135 0.0083 -0.0029 0.3751 0.0418 0.3358 -29.0692 -29.1431 -5.325 4 2.1475 1.2711 -1.4908 2.7365 0.1983 1.7566 0.1492 -0.7203 0.2226 0.2713 0.0189 -0.2781 -0.4285 0.3821 -0.0002 0.7054 0.0323 -0.1066 0.5444 -0.0983 0.6782 -28.0815 -7.3506 19.3546
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain L and resid 1:108L1 - 108 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain L and resid 109:214L109 - 214 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain H and resid 1:114H1 - 114 4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain H and resid 115:212H115 - 212