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万見
- PDB-4msw: Y78 ester mutant of KcsA in high K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4msw
タイトルY78 ester mutant of KcsA in high K+
要素
  • ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
  • Monoclonal 11D8 anti-human butyrylcholinesterase (BChE) light chain
  • pH-gated potassium channel KcsA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / Channel / Ester / Unnatural amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIACYL GLYCEROL / : / Monoclonal 11D8 anti-human butyrylcholinesterase (BChE) light chain / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Matulef, K. / Valiyaveetil, F.I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Using protein backbone mutagenesis to dissect the link between ion occupancy and C-type inactivation in K+ channels.
著者: Matulef, K. / Komarov, A.G. / Costantino, C.A. / Valiyaveetil, F.I.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02025年3月26日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: Monoclonal 11D8 anti-human butyrylcholinesterase (BChE) light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,69610
ポリマ－57,8373
非ポリマー8607
水4,666259
1
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: Monoclonal 11D8 anti-human butyrylcholinesterase (BChE) light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8472
ポリマ－46,8472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
2
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,39732
ポリマ－43,9594
非ポリマー3,43828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area10750 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.530, 154.530, 75.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1002-

K

21C-1003-

K

31C-1004-

K

41C-1005-

K

51C-1006-

K

61C-1007-

K

71C-1127-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1


分子量: 10989.736 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 22-124,UNP residues 22-124 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#2: 抗体 Monoclonal 11D8 anti-human butyrylcholinesterase (BChE) light chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A0M4KEQ7

-
非ポリマー , 3種, 266分子

#4: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THERE IS AN ESTER LINKAGE BETWEEN RESIDUES 77 AND 78 OF CHAIN C RATHER THAN A PEPTIDE BACKBONE LINKAGE.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG400, Magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
PH範囲: 5.75-6.0

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→42 Å / Num. obs: 54941 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.06-2.14.70.56626651.057197.2
2.1-2.135.30.47726611.04199.3
2.13-2.176.10.47227640.996199.9
2.17-2.226.60.4527291.0191100
2.22-2.2770.49727431.0741100
2.27-2.327.30.38427490.981100
2.32-2.387.50.34827281.0641100
2.38-2.447.60.31627461.081100
2.44-2.517.60.25427601.0331100
2.51-2.67.60.2227271.041100
2.6-2.697.60.17827641.021100
2.69-2.87.60.14327221.0011100
2.8-2.927.60.11627611.0261100
2.92-3.087.60.09327441.0561100
3.08-3.277.60.08127560.9721100
3.27-3.527.60.06527851.0191100
3.52-3.887.60.05427521.0121100
3.88-4.447.60.04727680.9641100
4.44-5.597.60.04927801.042199.9
5.59-427.40.03928371.089199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→36.423 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8294 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 5253 10.02 %
Rwork0.1961 --
obs0.1994 52404 95.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.66 Å2 / Biso mean: 37.6849 Å2 / Biso min: 10.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→36.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4057 0 37 259 4353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.055678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4351455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.06-2.08610.33751710.3031281145282
2.0861-2.11060.29491580.25671383154183
2.1106-2.13640.29151500.24951416156687
2.1364-2.16340.29731620.23161494165689
2.1634-2.19190.31181520.24171483163590
2.1919-2.22190.23631430.22931536167992
2.2219-2.25360.28781690.22611499166890
2.2536-2.28730.27731570.21661489164691
2.2873-2.3230.24771700.20481543171393
2.323-2.36110.22671590.20671580173995
2.3611-2.40180.24591800.20471522170295
2.4018-2.44540.25371710.21021560173194
2.4454-2.49250.26291800.19111567174796
2.4925-2.54330.24771760.21011598177497
2.5433-2.59860.25071920.19851554174696
2.5986-2.6590.23281740.20371597177197
2.659-2.72550.25651860.20191604179097
2.7255-2.79920.2381840.20971597178198
2.7992-2.88150.23921860.20761630181698
2.8815-2.97450.27551770.21761653183099
2.9745-3.08070.23311850.21071600178599
3.0807-3.2040.26361690.1991673184299
3.204-3.34980.21711850.198716311816100
3.3498-3.52620.21741820.189716691851100
3.5262-3.74690.20812070.188916241831100
3.7469-4.03590.20051590.182816761835100
4.0359-4.44140.19752070.171316411848100
4.4414-5.08260.2021740.164416871861100
5.0826-6.39790.21421980.185416691867100
6.3979-36.42870.20881900.19251695188599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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