PDB-4lqu: 1.60A resolution crystal structure of a superfolder green fluores...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lqu

タイトル

1.60A resolution crystal structure of a superfolder green fluorescent protein (W57G) mutant

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GFP / Chemical biology / allosteric activation / switchable enzyme / chemical rescue / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lovell, S. / Xia, Y. / Vo, B. / Battaile, K.P. / Egan, C. / Karanicolas, J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: The designability of protein switches by chemical rescue of structure: mechanisms of inactivation and reactivation.
著者: Xia, Y. / DiPrimio, N. / Keppel, T.R. / Vo, B. / Fraser, K. / Battaile, K.P. / Egan, C. / Bystroff, C. / Lovell, S. / Weis, D.D. / Anderson, J.C. / Karanicolas, J.

履歴

登録	2013年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lqu.cif.gz	377.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lqu.ent.gz	310.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lqu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lqtC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1bfp-d 1jc0-2 4w6u-1 1ema-d 6ogc-2 6myc-1 2okw-4 5yr3-d 1jc1-3 5oq9-d 5hzu-7 2okw-2 2gx2-6 2yfp-d 2qt2-d 6vio-7 3wck-6 6ofo-2 4kf4-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

B: Green fluorescent protein

C: Green fluorescent protein

D: Green fluorescent protein

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Green fluorescent protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Green fluorescent protein

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3

C: Green fluorescent protein

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4

D: Green fluorescent protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.065, 97.252, 98.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 27684.037 Da / 分子数: 4 変異: S30R, Y39N, W57G, F99S, N105T, Y145F, M153T, V163A, I171V 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.1 M bis-tris, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→69.087 Å / Num. obs: 121582 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.955 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 39027 / Num. unique all: 5958 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.58 Å	48.03 Å
Translation	3.58 Å	48.03 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	dev_1405	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 1.6→29.342 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 16.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1824	6107	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1549	-	-	-
obs	0.1562	121480	99.96 %	-
all	-	121480	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.8 Å² / B_iso mean: 24.4875 Å² / B_iso min: 8.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.342 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7073	0	0	633	7706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7402
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	10068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.479	2714

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2688	206	0.2388	3825	4031	100
1.6182-1.6372	0.2825	194	0.2374	3785	3979	100
1.6372-1.6572	0.2741	191	0.2241	3829	4020	100
1.6572-1.6782	0.246	231	0.2127	3750	3981	100
1.6782-1.7002	0.2636	208	0.1979	3827	4035	100
1.7002-1.7235	0.2357	197	0.1953	3793	3990	100
1.7235-1.7482	0.2198	223	0.1895	3804	4027	100
1.7482-1.7743	0.2157	205	0.1721	3804	4009	100
1.7743-1.802	0.1925	204	0.1621	3815	4019	100
1.802-1.8315	0.1922	196	0.1576	3823	4019	100
1.8315-1.8631	0.2202	210	0.1512	3787	3997	100
1.8631-1.897	0.1937	225	0.1483	3800	4025	100
1.897-1.9335	0.2041	211	0.1576	3804	4015	100
1.9335-1.9729	0.1821	198	0.1432	3845	4043	100
1.9729-2.0158	0.1587	190	0.1307	3830	4020	100
2.0158-2.0627	0.1742	195	0.1388	3823	4018	100
2.0627-2.1143	0.1717	175	0.1389	3867	4042	100
2.1143-2.1715	0.172	203	0.1379	3845	4048	100
2.1715-2.2354	0.1524	180	0.1372	3864	4044	100
2.2354-2.3075	0.1606	196	0.1389	3839	4035	100
2.3075-2.39	0.1733	211	0.1412	3832	4043	100
2.39-2.4857	0.1811	218	0.1377	3835	4053	100
2.4857-2.5988	0.1636	198	0.1487	3878	4076	100
2.5988-2.7358	0.1892	190	0.1488	3867	4057	100
2.7358-2.9071	0.1756	209	0.1558	3870	4079	100
2.9071-3.1315	0.1797	213	0.1561	3867	4080	100
3.1315-3.4466	0.1959	205	0.1513	3893	4098	100
3.4466-3.945	0.1659	203	0.1486	3920	4123	100
3.945-4.9691	0.1355	200	0.1329	3963	4163	100
4.9691-43.0818	0.2077	222	0.1969	4089	4311	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2088	0.1872	-0.0638	0.5581	-0.1844	0.0644	-0.0111	-0.115	-0.0714	0.256	-0.1385	-0.0921	-0.0143	-0.2538	-0.1417	0.2123	0.0346	-0.041	0.216	-0.0634	0.0644	-18.2144	6.5656	-16.5447
2	0.145	0.0853	0.0836	0.2444	-0.0791	0.3341	-0.0843	-0.2132	0.0439	0.2282	0.1297	-0.1643	0.0601	0.2083	-0.0958	0.1888	0.0265	-0.0346	0.205	-0.0678	0.1897	-11.5048	10.5033	-20.3747
3	1.1239	0.0796	-0.1449	0.981	0.1958	0.8583	-0.0002	-0.0208	0.0511	0.0714	0.0177	-0.0573	0.0491	-0.0458	0.0091	0.1035	0.0062	-0.0134	0.0972	-0.0157	0.0759	-21.0561	8.1262	-26.2236
4	0.1036	-0.1453	-0.042	0.3746	0.3219	0.3827	-0.0083	0.0896	0.0152	-0.0273	-0.0278	0.019	-0.0136	-0.1836	-0.0151	0.113	-0.0004	0.0081	0.1524	0.0044	0.1072	-24.8875	11.2587	-33.009
5	0.6825	-0.2393	0.0205	0.4142	0.3934	0.7493	-0.0699	-0.243	0.2878	0.15	0.0762	0.0033	0.0825	0.0627	-0.0202	0.1578	0.0253	0.0085	0.1795	-0.0198	0.1639	-20.7046	13.0153	-21.4342
6	0.0193	0.0451	0.0318	0.1029	0.0768	0.0557	0.1331	0.187	0.0096	-0.0752	-0.1138	0.0693	-0.1009	-0.0108	0	0.1775	0.0186	-0.0164	0.1837	-0.0373	0.2231	-16.85	18.1227	-22.3164
7	0.1877	0.202	0.0935	0.4436	-0.1347	0.2508	-0.0131	-0.0307	0.2017	0.0266	-0.057	-0.2402	-0.082	0.1508	-0.0644	0.11	0.0291	-0.0158	0.1885	0.0066	0.1969	-42.4282	20.1633	-38.7445
8	0.2042	0.2339	0.0444	0.3639	-0.1191	0.2839	-0.0731	-0.162	-0.0325	0.1639	-0.025	-0.135	0.0458	0.0635	-0.0119	0.149	0.0238	-0.0119	0.1677	-0.0082	0.1659	-47.4077	15.0378	-33.177
9	0.7736	0.2399	0.3086	0.6764	0.0026	0.6757	-0.0237	0.0795	0.0807	-0.0608	-0.0098	-0.1272	0.0149	0.0726	-0	0.1179	0.0062	-0.0034	0.1095	0.0087	0.1301	-48.8212	18.1813	-44.587
10	0.0887	0.0609	-0.1974	0.2868	-0.1277	0.4434	-0.1057	-0.0505	0.3327	0.069	-0.0177	-0.0511	-0.178	0.0201	0.0017	0.1304	-0.0033	-0.0464	0.1056	-0.0089	0.1846	-49.0219	25.5669	-38.4315
11	0.3018	0.2558	0.1393	0.2891	0.0043	0.1893	0.011	-0.1045	-0.1953	0.052	-0.0545	0.1042	0.0432	-0.1868	-0	0.1399	0.0008	0.0071	0.1598	0.0056	0.1704	-66.1981	13.2576	-37.5585
12	0.1642	-0.1116	0.0452	0.0712	-0.0391	0.0201	-0.0963	0.388	0.0273	-0.1075	0.1214	0.1075	-0.0343	0.0327	-0	0.1847	-0.0215	0.0045	0.2041	0.0336	0.178	-49.5516	19.6447	-55.5834
13	0.3897	-0.1267	0.2177	0.2228	0.0397	0.2498	-0.0525	0.1913	-0.0441	-0.0768	0.0175	0.0406	0.0123	-0.0411	-0.0162	0.1431	-0.0105	-0.0114	0.1205	0.0112	0.1488	-58.2849	16.2353	-48.0821
14	0.5781	-0.4217	0.1795	0.963	-0.054	0.1489	-0.0151	0.0542	-0.0278	0.0688	-0.0089	-0.1371	0.0743	0.1637	0.005	0.1587	-0.0209	0.0076	0.1871	0.0089	0.1769	-46.8699	14.1896	-42.5353
15	0.0096	-0.0073	0.0012	0.2594	-0.0306	0.0037	0.1761	-0.0126	-0.0967	0.0174	0.0646	-0.088	0.0515	0.0147	0.0047	0.1916	0.0244	0.0396	0.1989	-0.0012	0.2265	-46.4081	8.3723	-44.9531
16	0.0552	0.0697	-0.0728	0.3417	-0.2991	0.2971	-0.0961	0.06	0.166	-0.191	-0.0425	0.0139	-0.1597	-0.0704	-0.0018	0.1847	-0.0101	0.0242	0.1702	0.0218	0.1655	-14.0792	41.4592	-28.7826
17	0.1801	-0.0064	0.0236	0.2293	-0.2207	0.2096	-0.0689	0.1644	-0.0083	0.0363	0.0672	-0.1225	0.1474	0.3498	0.0005	0.12	-0.0181	0.0241	0.1697	0.0129	0.1898	-5.0805	42.7992	-18.9941
18	0.3707	-0.0841	0.0511	0.3826	0.0815	0.8604	-0.0559	0.0389	0.018	-0.0286	-0.0507	0.0734	0.0061	-0.0434	-0.0308	0.1337	0.0005	0.0314	0.1298	0.0332	0.1835	-17.4248	39.8767	-21.0891
19	0.1488	-0.0213	0.0305	0.4495	-0.1494	0.0951	-0.0657	0.0802	0.2036	-0.1252	0.0305	-0.0235	-0.1742	0.2398	-0.0397	0.1881	-0.0156	0.0252	0.1389	0.0558	0.2042	-12.4447	48.1626	-22.0679
20	0.1741	-0.1201	-0.075	0.1761	-0.1146	0.2796	-0.02	-0.1143	0.0399	0.0318	-0.1095	-0.0494	0.0661	0.0128	0	0.2213	0.0147	0.0124	0.1945	0.0211	0.2034	-10.0329	38.3425	-3.4404
21	0.1118	-0.0186	-0.0745	0.1771	0.2173	0.2733	0.0376	0.0388	0.2556	0.0171	-0.1487	-0.1441	0.0495	-0.0781	0.0001	0.2008	0.026	0.0413	0.237	-0.0062	0.3289	-29.85	44.742	-18.9631
22	0.2205	-0.1596	-0.2296	0.0895	0.1279	0.2324	-0.0239	-0.0307	-0.246	0.1933	0.1381	0.316	-0.1167	-0.0722	-0.0001	0.2047	0.0216	0.0307	0.1722	0.0333	0.2189	-19.4861	37.4448	-7.3348
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24	0.6257	0.021	0.1276	0.4012	-0.0149	0.4485	-0.1488	0.1166	-0.2228	0.0793	-0.0814	-0.0879	0.1462	0.145	-0.0693	0.2237	0.0445	0.0569	0.2731	0.0832	0.265	-9.8138	31.8979	-17.4133
25	0.0965	-0.0156	0.032	0.1683	-0.0302	0.095	-0.1279	-0.1274	0.0147	0.1552	-0.0783	-0.0195	0.0604	-0.111	-0.0066	0.231	-0.0136	0.0614	0.2439	0.0075	0.2638	-18.0896	31.7401	-19.6511
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28	0.6385	0.3077	0.2744	0.5372	0.0166	0.7064	0.1687	0.6408	-0.1419	-0.0986	-0.084	-0.0765	-0.0037	0.0489	0.2174	0.1393	0.0281	-0.0065	0.2109	-0.0339	0.1026	0.8849	13.4557	-2.2707
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31	0.368	-0.2328	-0.0977	0.1592	0.0818	0.0618	0.0343	0.4975	0.0537	-0.3311	-0.1352	0.103	0.1132	0.2862	-0.0167	0.205	0.0021	-0.0345	0.3399	0.0258	0.1951	-4.9317	14.4789	-7.6835
32	1.2669	-0.3635	-0.023	0.2072	0.0414	0.0246	0.123	0.2744	-0.3058	-0.0237	-0.0701	0.2124	0.0844	-0.032	0.0672	0.1974	-0.0061	0.011	0.15	-0.0162	0.1717	-15.4799	10.0172	4.3026
33	0.9314	0.2323	-0.9754	0.5322	-0.4024	1.2371	0.1289	0.8795	0.0919	-0.1631	-0.0816	0.067	-0.0736	-0.0772	0.1192	0.1468	0.0298	0.0148	0.3332	0.0766	0.046	-2.5958	17.6594	-4.831
34	1.3394	-0.3012	0.5826	0.8143	-0.0385	0.4847	0.1508	-0.0608	-0.6656	0.2114	0.2106	0.2964	0.2421	-0.0297	0.5716	0.1953	0.0279	-0.0131	0.2005	0.0146	0.222	-2.7947	5.3182	9.5672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 48 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 158 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 159 through 187 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 188 through 216 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 217 through 228 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 24 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 25 through 48 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 49 through 104 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 128 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 129 through 147 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 148 through 158 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 159 through 187 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 188 through 216 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 217 through 231 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 22 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 23 through 36 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 37 through 104 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 105 through 128 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 129 through 147 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 148 through 159 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 160 through 175 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 176 through 198 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 199 through 216 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 217 through 230 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 1 through 22 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 23 through 68 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 69 through 104 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 105 through 128 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 129 through 147 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 148 through 160 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 161 through 175 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 176 through 198 )	D
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 199 through 230 )	D

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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