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- PDB-5oq9: XFEL structure of the off state of a reversibly photoswitching fl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oq9
タイトルXFEL structure of the off state of a reversibly photoswitching fluorescent protein determined using the droplet on demand injection method
要素Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / XFEL photoswitching
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
機能・相同性情報
生物種Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Hutchison, C.D.M. / Cordon-Preciado, V. / Morgan, R.M.L. / van Thor, J.J.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2017
タイトル: X-ray Free Electron Laser Determination of Crystal Structures of Dark and Light States of a Reversibly Photoswitching Fluorescent Protein at Room Temperature.
著者: Hutchison, C.D.M. / Cordon-Preciado, V. / Morgan, R.M.L. / Nakane, T. / Ferreira, J. / Dorlhiac, G. / Sanchez-Gonzalez, A. / Johnson, A.S. / Fitzpatrick, A. / Fare, C. / Marangos, J.P. / ...著者: Hutchison, C.D.M. / Cordon-Preciado, V. / Morgan, R.M.L. / Nakane, T. / Ferreira, J. / Dorlhiac, G. / Sanchez-Gonzalez, A. / Johnson, A.S. / Fitzpatrick, A. / Fare, C. / Marangos, J.P. / Yoon, C.H. / Hunter, M.S. / DePonte, D.P. / Boutet, S. / Owada, S. / Tanaka, R. / Tono, K. / Iwata, S. / van Thor, J.J.
履歴
登録2017年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / diffrn
Item: _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7241
ポリマ－25,7241
非ポリマー00
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.800, 74.600, 79.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP


分子量: 25724.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, 23-30% PEG 3350,

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.18 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→54.3 Å / Num. obs: 37792 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 6.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→54.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.877 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1471 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.178 28125 78.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→54.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 0 207 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.181.9652490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8635229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25424.09188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.44715318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.79158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.705 1 -
Rwork0.735 44 -
obs--1.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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