PDB-4l1e: Crystal structure of C-Phycocyanin from Leptolyngbya sp. N62DM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l1e

タイトル

Crystal structure of C-Phycocyanin from Leptolyngbya sp. N62DM

要素

Phycocyanin alpha chain
Phycocyanin beta chain

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / alpha-beta dimer / light harvesting protein / thylakoid membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptolyngbya sp. N62DM (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Singh, N.K. / Raj, I. / Gourinath, S. / Madamwar, D.

引用

ジャーナル: CNS Neurol Disord Drug Targets / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure and Interaction of Phycocyanin with beta-Secretase: A Putative Therapy for Alzheimer's Disease.
著者: Singh, N.K. / Hasan, S.S. / Kumar, J. / Raj, I. / Pathan, A.A. / Parmar, A. / Shakil, S. / Gourinath, S. / Madamwar, D.

履歴

登録	2013年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月28日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l1e.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l1e.ent.gz	924.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/4l1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/4l1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uumS 1gh0 3kvs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h0m-2 6jpr-d 1i7y-1 5uvk-1 5mjm-1 4ziz-1 1ha7-2 5o7m-1 5mjq-1 2uun-1 2uun-2 5tou-d 2uul-2 3l0f-1 1ktp-2 1gh0-2 1jbo-1 1gh0-1 1ha7-1 3brp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanin alpha chain

B: Phycocyanin beta chain

C: Phycocyanin alpha chain

D: Phycocyanin beta chain

E: Phycocyanin alpha chain

F: Phycocyanin beta chain

G: Phycocyanin alpha chain

H: Phycocyanin beta chain

I: Phycocyanin alpha chain

J: Phycocyanin beta chain

K: Phycocyanin alpha chain

L: Phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.467, 107.107, 111.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.270, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:162 ) AND (NOT ELEMENT H)
2	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:162 ) AND (NOT ELEMENT H)
1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 1:172 ) AND (NOT ELEMENT H)
2	2	CHAIN D AND (RESSEQ 1:172 ) AND (NOT ELEMENT H)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 1:162 ) AND (NOT ELEMENT H)	A
2	1	1	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 1:162 ) AND (NOT ELEMENT H)	C
1	1	2	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 1:172 ) AND (NOT ELEMENT H)	B
2	1	2	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 1:172 ) AND (NOT ELEMENT H)	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Phycocyanin alpha chain 分子量: 17602.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. N62DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A067XG68*PLUS
#2: タンパク質	Phycocyanin beta chain 分子量: 18080.496 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. N62DM (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A067XG69*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 2000, MgCl2.6H2O,Tris-Cl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月10日
放射	モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 61840 / % possible obs: 12.91 % / Observed criterion σ(F): 8.19 / Observed criterion σ(I): 11.08 / B_iso Wilson estimate: 30.57 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
AUTOMAR		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2UUM

2uum

解像度: 2.61→24.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2807	3141	5.08 %
R_work	0.2393	-	-
obs	0.2414	61840	95.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.8 Å² / B_iso mean: 33.1012 Å² / B_iso min: 18.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→24.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14946	0	774	244	15964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	15996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	21768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2802
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.876	5934

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1233	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	2	C	1233	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
2	1	B	1258	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
2	2	D	1258	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.61-2.6504	0.3195	92	0.2882	2061	2153	73
2.6504-2.6938	0.3421	146	0.2757	2505	2651	92
2.6938-2.7402	0.3329	133	0.2837	2570	2703	91
2.7402-2.79	0.2912	141	0.2724	2583	2724	93
2.79-2.8436	0.3236	146	0.2755	2606	2752	94
2.8436-2.9015	0.3439	133	0.2739	2663	2796	95
2.9015-2.9645	0.3441	123	0.2749	2706	2829	96
2.9645-3.0334	0.3186	120	0.2696	2695	2815	96
3.0334-3.1091	0.3462	134	0.2838	2675	2809	97
3.1091-3.193	0.3414	154	0.2729	2687	2841	97
3.193-3.2867	0.3237	137	0.2702	2728	2865	97
3.2867-3.3926	0.2805	142	0.2581	2706	2848	97
3.3926-3.5135	0.3001	156	0.2633	2735	2891	98
3.5135-3.6538	0.3171	168	0.2405	2717	2885	98
3.6538-3.8195	0.2684	160	0.2282	2730	2890	98
3.8195-4.0201	0.2618	154	0.219	2728	2882	99
4.0201-4.2708	0.2229	168	0.205	2758	2926	98
4.2708-4.5987	0.2467	178	0.2114	2685	2863	98
4.5987-5.058	0.256	134	0.2076	2781	2915	98
5.058-5.782	0.2844	143	0.2308	2771	2914	99
5.782-7.255	0.2271	142	0.2307	2790	2932	99
7.255-24.978	0.2069	137	0.1805	2819	2956	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -36.9678 Å / Origin y: 24.8881 Å / Origin z: -27.5028 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2404 Å²	-0.0123 Å²	0.0026 Å²	-	0.2178 Å²	-0.0149 Å²	-	-	0.2277 Å²
L	0.2299 °²	0.0253 °²	-0.0156 °²	-	0.0607 °²	-0.0067 °²	-	-	0.0575 °²
S	-0.0128 Å °	0.0213 Å °	-0.0189 Å °	-0.0152 Å °	0.0117 Å °	-0.0261 Å °	0.0007 Å °	-0.0027 Å °	0.0007 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 1084
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	1 - 1153
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	1 - 1084
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	1 - 1153
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	1 - 1084
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	1 - 1153
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	G	1 - 1084
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	H	1 - 1153
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	I	1 - 1084
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	J	1 - 1153
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	K	1 - 1084
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	L	1 - 1153
13	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	H - E	1 - 324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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