+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ksl | ||||||
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Title | Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / OTU domain / deubiquitinase / linear diubiquitin | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein linear deubiquitination / LUBAC complex / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway / sprouting angiogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cysteine-type peptidase activity / Maturation of protein E / Maturation of protein E ...protein linear deubiquitination / LUBAC complex / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway / sprouting angiogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cysteine-type peptidase activity / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Hh mutants are degraded by ERAD / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Degradation of GLI1 by the proteasome / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulation of FGFR2 signaling / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Stabilization of p53 / EGFR downregulation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.83 Å | ||||||
Authors | Juang, Y.-C. / Ceccarelli, D.F. / Sicheri, F. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: The linear ubiquitin-specific deubiquitinase gumby regulates angiogenesis. Authors: Rivkin, E. / Almeida, S.M. / Ceccarelli, D.F. / Juang, Y.C. / MacLean, T.A. / Srikumar, T. / Huang, H. / Dunham, W.H. / Fukumura, R. / Xie, G. / Gondo, Y. / Raught, B. / Gingras, A.C. / ...Authors: Rivkin, E. / Almeida, S.M. / Ceccarelli, D.F. / Juang, Y.C. / MacLean, T.A. / Srikumar, T. / Huang, H. / Dunham, W.H. / Fukumura, R. / Xie, G. / Gondo, Y. / Raught, B. / Gingras, A.C. / Sicheri, F. / Cordes, S.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ksl.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ksl.ent.gz | 1.7 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ksl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ksl_validation.pdf.gz | 541.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ksl_full_validation.pdf.gz | 606.3 KB | Display | |
Data in XML | 4ksl_validation.xml.gz | 93.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4ksl_validation.cif.gz | 142.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/4ksl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/4ksl | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 32041.746 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: OTU domain (unp residues 79-352) / Mutation: C129A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FAM105B / Plasmid: pRoEX / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q96BN8 #2: Protein | Mass: 17452.031 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: linear diubiquitin (unp residues 76-228) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBC / Plasmid: pETm30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0CG48 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 5.5 Details: 100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2013 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.83→50 Å / Num. obs: 173426 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.37 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: GUMBY/FAM105B UBIQUITIN Resolution: 2.83→50 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.37 / Phase error: 29.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.83→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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