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- PDB-5wbg: Crystal Structure of human Cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wbg
タイトルCrystal Structure of human Cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in complex with an analog of a drug Efavirenz
要素Cytochrome P450 2B6
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Fatty acids / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / ketone metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity ...testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Fatty acids / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / ketone metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9ZJ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 5-cyclohexylpentan-1-ol / Cytochrome P450 2B6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Shah, M.B. / Halpert, J.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES003619 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of CYP2B6 in Complex with an Efavirenz Analog.
著者: Shah, M.B. / Zhang, Q. / Halpert, J.R.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B6
B: Cytochrome P450 2B6
C: Cytochrome P450 2B6
D: Cytochrome P450 2B6
E: Cytochrome P450 2B6
F: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,11224
ポリマ－327,8766
非ポリマー8,23618
水2,792155
1
A: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7494
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,1023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0734
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,4273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0734
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,4273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0734
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,4273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0734
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,4273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0734
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,4273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.293, 197.786, 119.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYSERSERAA28 - 2779 - 258
21GLYGLYSERSERBB28 - 2779 - 258
31GLYGLYSERSERCC28 - 2779 - 258
41GLYGLYSERSERDD28 - 2779 - 258
51GLYGLYSERSEREE28 - 2779 - 258
61GLYGLYSERSERFF28 - 2779 - 258
12ALAALAARGARGAA279 - 491260 - 472
22ALAALAARGARGBB279 - 491260 - 472
32ALAALAARGARGCC279 - 491260 - 472
42ALAALAARGARGDD279 - 491260 - 472
52ALAALAARGARGEE279 - 491260 - 472
62ALAALAARGARGFF279 - 491260 - 472

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2B6 / 1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / CYPIIB6 / Cytochrome P450 IIB1


分子量: 54646.004 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 30-491 / 変異: Y226H, K262R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2B6 / プラスミド: pKKdH
詳細 (発現宿主): N-terminally truncated and engineered construct with His-tag at the C-terminus
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P20813, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P20813, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 5種, 173分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-9ZJ / (2R,4S)-6-chloro-4-(cyclopropylethynyl)-2-methyl-4-(trifluoromethyl)-1,4-dihydro-2H-3,1-benzoxazine


分子量: 315.718 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13ClF3NO
#4: 化合物 ChemComp-ZAZ / 5-cyclohexylpentan-1-ol


分子量: 170.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O
#5: 化合物
ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5


分子量: 494.573 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.8M Sodium Formate 0.1 M Tris pH 7.5 8% w/v PEG 20000 8% v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 89926 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I91

4i91


解像度: 2.99→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 20.491 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.699 / ESU R Free: 0.4 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 4745 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 89926 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å20 Å23.2 Å2
2---2.59 Å20 Å2
3---6.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21849 0 566 155 22570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02223090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6592.01531457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45952770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23222.9871021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.02153543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.53615145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.23438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1852tight positional0.050.05
2B1852tight positional0.060.05
3C1852tight positional0.050.05
4D1852tight positional0.050.05
5E1852tight positional0.040.05
6F1852tight positional0.040.05
1A1760medium positional0.060.5
2B1760medium positional0.070.5
3C1760medium positional0.060.5
4D1760medium positional0.060.5
5E1760medium positional0.060.5
6F1760medium positional0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 364 -
Rwork0.331 6642 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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