PDB-5wbg: Crystal Structure of human Cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wbg

タイトル

Crystal Structure of human Cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in complex with an analog of a drug Efavirenz

要素

Cytochrome P450 2B6

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity /

脂肪酸 /

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / cellular ketone metabolic process / arachidonic acid epoxygenase activity / CYP2E1 reactions / epoxygenase P450 pathway / estrogen 2-hydroxylase activity / anandamide 8,9 epoxidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Shah, M.B. / Halpert, J.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of CYP2B6 in Complex with an Efavirenz Analog.
著者: Shah, M.B. / Zhang, Q. / Halpert, J.R.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wbg.cif.gz	558.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wbg.ent.gz	458 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wbg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i91S 3ua5 5uap 5uda 5uec S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uap-2 2q6n-3 4h1n-d 3e6i-1 3lc4-2 3r1a-1 3e4e-1 3t3r-2 2q6n-2 3gph-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 2B6

B: Cytochrome P450 2B6

C: Cytochrome P450 2B6

D: Cytochrome P450 2B6

E: Cytochrome P450 2B6

F: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

336 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.293, 197.786, 119.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	SER	SER	A	A	28 - 277	9 - 258
2	1	GLY	GLY	SER	SER	B	B	28 - 277	9 - 258
3	1	GLY	GLY	SER	SER	C	C	28 - 277	9 - 258
4	1	GLY	GLY	SER	SER	D	D	28 - 277	9 - 258
5	1	GLY	GLY	SER	SER	E	E	28 - 277	9 - 258
6	1	GLY	GLY	SER	SER	F	F	28 - 277	9 - 258
1	2	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	279 - 491	260 - 472
2	2	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	279 - 491	260 - 472
3	2	ALA	ALA	ARG	ARG	C	C	279 - 491	260 - 472
4	2	ALA	ALA	ARG	ARG	D	D	279 - 491	260 - 472
5	2	ALA	ALA	ARG	ARG	E	E	279 - 491	260 - 472
6	2	ALA	ALA	ARG	ARG	F	F	279 - 491	260 - 472

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Cytochrome P450 2B6 / 1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / CYPIIB6 / Cytochrome P450 IIB1 分子量: 54646.004 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 30-491 / 変異: Y226H, K262R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2B6 / プラスミド: pKKdH 詳細 (発現宿主): N-terminally truncated and engineered construct with His-tag at the C-terminus 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P20813, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P20813, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

#1: タンパク質

Cytochrome P450 2B6 / 1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / CYPIIB6 / Cytochrome P450 IIB1

分子量: 54646.004 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 30-491 / 変異: Y226H, K262R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2B6 / プラスミド: pKKdH
詳細 (発現宿主): N-terminally truncated and engineered construct with His-tag at the C-terminus
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P20813, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...

-
非ポリマー , 5種, 173分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-9ZJ / (2R,4S)-6-chloro-4-(cyclopropylethynyl)-2-methyl-4-(trifluoromethyl)-1,4-dihydro-2H-3,1-benzoxazine 分子量: 315.718 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₃ClF₃NO
#4: 化合物	ChemComp-ZAZ / 5-cyclohexylpentan-1-ol 分子量: 170.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₂O
#5: 化合物	ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド分子量: 494.573 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.8M Sodium Formate 0.1 M Tris pH 7.5 8% w/v PEG 20000 8% v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月8日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 89926 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.99→3.07 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I91

4i91

解像度: 2.99→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 20.491 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.699 / ESU R Free: 0.4 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	4745	5 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.229	89926	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.57 Å²	0 Å²	3.2 Å²
2-	-	-2.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21849	0	566	155	22570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	23090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.659	2.015	31457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.459	5	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.232	22.987	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.02	15	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.536	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	17631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1852	tight positional	0.05	0.05
2	B	1852	tight positional	0.06	0.05
3	C	1852	tight positional	0.05	0.05
4	D	1852	tight positional	0.05	0.05
5	E	1852	tight positional	0.04	0.05
6	F	1852	tight positional	0.04	0.05
1	A	1760	medium positional	0.06	0.5
2	B	1760	medium positional	0.07	0.5
3	C	1760	medium positional	0.06	0.5
4	D	1760	medium positional	0.06	0.5
5	E	1760	medium positional	0.06	0.5
6	F	1760	medium positional	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	364	-
R_work	0.331	6642	-
obs	-	-	99.73 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 173分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-非ポリマー , 5種, 173分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 173分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)