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- PDB-2p85: Structure of Human Lung Cytochrome P450 2A13 with indole bound in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p85
タイトルStructure of Human Lung Cytochrome P450 2A13 with indole bound in two alternate conformations
要素Cytochrome P450 2A13
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2A13 / P450 2A13 / P450 / monooxygenase / nicotine oxidase / coumarine 7-hydroxylase / NNK oxidase / 4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone oxidase / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


coumarin 7-hydroxylase activity / Fatty acids / coumarin metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / aflatoxin metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen ...coumarin 7-hydroxylase activity / Fatty acids / coumarin metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / aflatoxin metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / INDOLE / Cytochrome P450 2A13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Scott, E.E. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure of the human lung cytochrome P450 2A13.
著者: Smith, B.D. / Sanders, J.L. / Porubsky, P.R. / Lushington, G.H. / Stout, C.D. / Scott, E.E.
履歴
登録2007年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2A13
B: Cytochrome P450 2A13
C: Cytochrome P450 2A13
D: Cytochrome P450 2A13
E: Cytochrome P450 2A13
F: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,93324
ポリマ－328,8296
非ポリマー5,10518
水10,755597
1
A: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6564
ポリマ－54,8051
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6564
ポリマ－54,8051
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6564
ポリマ－54,8051
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6564
ポリマ－54,8051
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6564
ポリマ－54,8051
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6564
ポリマ－54,8051
非ポリマー8513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.320, 110.280, 142.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.28, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-874-

HOH

21A-935-

HOH

31E-1189-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2A13 / CYPIIA13


分子量: 54804.758 Da / 分子数: 6 / 断片: catalytic domain (Residues 29-494) / 変異: V23M, W24A, R25K, Q26K, R27T, K28S, R30K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2A13 / プラスミド: pKK2A13dH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: Q16696, unspecific monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル


分子量: 117.148 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ammonium Sulfate, Hepes, PEG 2000 monomethyl ether , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月22日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.35 Å / Num. obs: 142896 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル最高解像度: 2.35 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SUO

1suo


解像度: 2.35→29.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1849573.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 14034 9.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 141889 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.6015 Å2 / ksol: 0.353435 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å20 Å24.05 Å2
2---3.88 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22578 0 366 597 23541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.782.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.564
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.715
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 2332 9.9 %
Rwork0.293 21262 -
obs--97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3xdict_heme.parxdict_heme.top
X-RAY DIFFRACTION4indole.parindole.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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