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- PDB-3t3z: Human Cytochrome P450 2E1 in complex with pilocarpine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t3z
タイトルHuman Cytochrome P450 2E1 in complex with pilocarpine
要素Cytochrome P450 2E1
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2E1 / cytochrome P450 2E1 / P450 2E1 / heme protein / monooxygenase / drug metabolism / xenobiotic metabolism / endoplasmic reticulum / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


: / carbon tetrachloride metabolic process / benzene metabolic process / 4-nitrophenol metabolic process / halogenated hydrocarbon metabolic process / 4-nitrophenol 2-monooxygenase activity / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / long-chain fatty acid metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity ...: / carbon tetrachloride metabolic process / benzene metabolic process / 4-nitrophenol metabolic process / halogenated hydrocarbon metabolic process / 4-nitrophenol 2-monooxygenase activity / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / long-chain fatty acid metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / lipid hydroxylation / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / Xenobiotics / Paracetamol ADME / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / long-chain fatty acid biosynthetic process / Aspirin ADME / steroid metabolic process / Hsp70 protein binding / xenobiotic metabolic process / response to bacterium / Hsp90 protein binding / monooxygenase activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2E-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2E-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Chem-9PL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Meneely, K.M. / DeVore, N.M. / Scott, E.E.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structural comparison of cytochromes P450 2A6, 2A13, and 2E1 with pilocarpine.
著者: DeVore, N.M. / Meneely, K.M. / Bart, A.G. / Stephens, E.S. / Battaile, K.P. / Scott, E.E.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2E1
B: Cytochrome P450 2E1
C: Cytochrome P450 2E1
D: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,90216
ポリマ－220,2344
非ポリマー4,66812
水12,863714
1
A: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2264
ポリマ－55,0581
非ポリマー1,1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2264
ポリマ－55,0581
非ポリマー1,1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2264
ポリマ－55,0581
非ポリマー1,1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2264
ポリマ－55,0581
非ポリマー1,1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4518
ポリマ－110,1172
非ポリマー2,3346
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area38510 Å2
手法PISA
6
B: Cytochrome P450 2E1
D: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4518
ポリマ－110,1172
非ポリマー2,3346
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area38550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.638, 100.638, 259.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2E1 / 4-nitrophenol 2-hydroxylase / CYPIIE1 / Cytochrome P450-J


分子量: 55058.488 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 31-492 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2E, CYP2E1 / プラスミド: pKK2E1dH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3
参照: UniProt: P05181, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P05181, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-9PL / (3S,4R)-3-ethyl-4-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]dihydrofuran-2(3H)-one / PILOCARPINE


分子量: 208.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 8% PEG MME 2000, 12% isopropanol, and 0.1 M NaHEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.98
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
詳細: SAGITALLY FOCUSED SECOND CRYSTAL, VERTICAL FOCUSING VIA A ONE-METER, PT/PD-COATED CYLINDRICALLY FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→37 Å / Num. obs: 102444 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
PHASERMR位相決定
REFMAC6.1.13精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→36.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 8.392 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28051 5103 5 %RANDOM
Rwork0.21735 ---
obs0.22049 97337 95.93 %-
all-97337 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.995 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.321 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→36.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15148 0 324 714 16186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02215953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6292.01721681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13151858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42223.182751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.232152710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.12815116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.22307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8571.59317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.544215178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48536636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7934.56500
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 316 -
Rwork0.289 6193 -
obs--82.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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