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- PDB-4kmx: Human folate receptor alpha (FOLR1) at acidic pH, hexagonal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmx
タイトルHuman folate receptor alpha (FOLR1) at acidic pH, hexagonal form
要素Folate receptor alphaFolate receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Folate Receptor Alpha / FOLR1 / folate receptor / Folic acid (葉酸) / folates / 5-methyltetrahydrofolate (5-メチルテトラヒドロ葉酸) / antifolates / folate-conjugates / GPI-anchored protein on eukaryotic membrane / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure ...cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure / Cargo concentration in the ER / regulation of canonical Wnt signaling pathway / COPII-mediated vesicle transport / クラスリン / axon regeneration / folic acid binding / heart looping / folic acid metabolic process / COPI-mediated anterograde transport / 小胞 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis / brush border membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / 細胞接着 / エンドソーム / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Folate receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wibowo, A.S. / Dann III, C.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of human folate receptors reveal biological trafficking states and diversity in folate and antifolate recognition.
著者: Wibowo, A.S. / Singh, M. / Reeder, K.M. / Carter, J.J. / Kovach, A.R. / Meng, W. / Ratnam, M. / Zhang, F. / Dann, C.E.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2155
ポリマ－24,3481
非ポリマー8664
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.193, 99.193, 56.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Folate receptor alpha / Folate receptor 1 / FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB ...FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB cells FBP / Ovarian tumor-associated antigen MOv18


分子量: 24348.438 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLR1 / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15328

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 197分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Citrate, pH 4.5, 0.1 M LiCl, 17.5 % PEG 8000, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: APS-1/SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 1996年3月1日
詳細: THE APS-1/SBC-1 AND THE SBC-2 WERE TWO DIFFERENT DETECTORS WITH THE SBC-2 BEING A NEWER VERSION
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 15749 / % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.240.574190.4
2.24-2.280.541194.2
2.28-2.320.506197.7
2.32-2.370.487197.2
2.37-2.420.4391100
2.42-2.480.398197.2
2.48-2.540.324199.7
2.54-2.610.274197.4
2.61-2.680.237198.4
2.68-2.770.205198.4
2.77-2.870.184196.7
2.87-2.990.155197.1
2.99-3.120.131197.4
3.12-3.290.091197
3.29-3.490.074196.3
3.49-3.760.06195.4
3.76-4.140.048195.9
4.14-4.730.045193.8
4.73-5.960.042195.2
5.96-300.038192.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→28.635 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.83 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 20.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 791 5.02 %
Rwork0.1659 --
obs0.168 15747 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.201 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.788 Å20 Å20 Å2
2---4.788 Å2-0 Å2
3---9.5761 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1627 0 54 195 1876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8522365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.142624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.33790.2771340.23372397X-RAY DIFFRACTION95
2.3379-2.51830.26061490.20592515X-RAY DIFFRACTION99
2.5183-2.77160.24911340.17152526X-RAY DIFFRACTION98
2.7716-3.17220.20911200.15162520X-RAY DIFFRACTION97
3.1722-3.99490.17071270.13612491X-RAY DIFFRACTION96
3.9949-28.6370.18561270.16962507X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8465-0.8755-0.64081.81050.95221.70270.0658-0.07810.35160.15620.1428-0.42290.19760.034-0.16930.239-0.0084-0.01020.2883-0.07940.201531.629567.0841-1.3423
21.7429-1.5461-0.47131.73440.63521.8009-0.5162-0.48830.56940.38640.5924-0.72740.15830.4152-0.15290.23640.0353-0.05860.2656-0.02880.38626.470277.27636.3797
32.5684-1.3994-0.84261.33270.85110.5746-0.2926-0.8413-0.35950.53910.3539-0.2576-0.26040.20.04230.29180.10270.04930.26420.03460.266617.617973.990613.9153
43.03950.1922-0.51721.453-0.93761.4253-0.2112-0.3655-0.65640.710.05140.07710.478-0.05520.28670.36240.05470.10590.23820.06930.34498.096470.643512.0385
53.47970.7401-1.32175.6417-1.59232.9440.0955-0.7975-1.13850.49250.31680.23530.30860.10280.06450.30060.0810.01830.30340.12180.38216.526270.155713.7509
62.9006-0.2934-1.48162.3604-0.15140.76030.0959-0.7998-0.06030.061-0.1622-0.1253-0.11630.19180.03680.2576-0.00120.02030.3355-0.00650.16848.580485.821510.8942
72.6314-0.50541.92513.10.64542.821-0.1379-0.4453-0.30860.1558-0.15850.54010.0905-0.58190.1590.2310.0360.06310.2201-0.01870.2147-3.46686.52333.8875
84.8896-1.00061.22710.4999-0.25750.61450.1507-0.3325-0.67830.24980.02560.24860.1314-0.1077-0.10650.23470.01080.01590.17180.02440.27945.050376.9624.3016
90.4561-0.1505-0.19362.73940.09621.21990.00070.0256-0.08520.0326-0.0536-0.4453-0.17450.1539-0.0070.22350.01250.00020.2244-0.03790.255920.683580.21260.7139
100.87520.5510.65610.9729-0.30052.7931-0.0020.5232-0.68280.21640.1214-0.1302-0.16120.2176-0.30510.22020.03590.02540.2866-0.12050.278915.912377.0148-4.8115
110.3359-0.74410.02871.98020.45141.2680.2660.4316-1.2465-0.27360.06040.5970.3402-0.22410.13790.2869-0.0153-0.06790.2317-0.13710.47230.599673.2552-7.0505
122.1997-0.94930.55661.46880.67711.15790.00790.06030.0229-0.1295-0.060.1075-0.1436-0.00370.0620.22790.0175-0.03080.1705-0.00260.14721.577489.239-3.7244
131.5258-0.06150.16532.5014-0.44350.1185-0.05020.1898-0.2162-0.5078-0.06250.2091-0.43140.4457-0.03350.29210.0073-0.01150.299-0.0220.123311.210578.9208-7.8073
142.5855-1.31980.42440.84950.30170.5712-0.0258-0.0793-1.6340.01120.06660.21880.135-0.1170.19070.236-0.0066-0.02480.128-0.09540.52119.904765.5788-3.4599
151.7344-1.0510.06691.2175-0.14933.37260.1399-0.1827-0.6616-0.2950.38690.53190.39420.43020.58730.29090.0962-0.03350.2482-0.02890.502318.152363.974-2.0245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 28:33)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 34:43)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 44:54)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 55:60)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 61:68)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 76:85)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 86:93)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 94:109)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 110:126)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 127:135)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 136:145)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resseq 146:191)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resseq 192:201)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resseq 202:215)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resseq 216:233)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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