+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kmz | |||||||||
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Title | Human folate receptor beta (FOLR2) in complex with the folate | |||||||||
Components | Folate receptor beta | |||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Folate Receptor Beta / FOLR2 / folate receptor / Folic acid / folates / 5-methyltetrahydrofolate / antifolates / folate-conjugates / GPI-anchored protein on eukaryotic membrane / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / cell adhesion / inflammatory response ...folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Wibowo, A.S. / Dann III, C.E. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Structures of human folate receptors reveal biological trafficking states and diversity in folate and antifolate recognition. Authors: Wibowo, A.S. / Singh, M. / Reeder, K.M. / Carter, J.J. / Kovach, A.R. / Meng, W. / Ratnam, M. / Zhang, F. / Dann, C.E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kmz.cif.gz | 100 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kmz.ent.gz | 75.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kmz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kmz_validation.pdf.gz | 980.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kmz_full_validation.pdf.gz | 981.8 KB | Display | |
Data in XML | 4kmz_validation.xml.gz | 10.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4kmz_validation.cif.gz | 13.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4km6C 4km7C 4kmxSC 4kmyC 4kn0C 4kn1C 4kn2C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A
#1: Protein | Mass: 24021.988 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 24-228 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FOLR2 / Plasmid: pSGHV0 / Cell line (production host): CHO / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) / References: UniProt: P14207 |
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#2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 4 types, 53 molecules
#3: Chemical | ChemComp-FOL / |
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#4: Chemical | ChemComp-K / |
#5: Chemical | ChemComp-CL / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 2.4 M Ammonium phosphate diabasic, 0.1 M Hepes pH 7.5, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2010 Details: The NOIR-1 detector was built by E. Westbrook; 180 cm lens focused CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 12052 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 7.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4KMX Resolution: 2.3→48.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.769 / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.832 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 145.37 Å2 / Biso mean: 42.784 Å2 / Biso min: 25.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→48.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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