[日本語] English
万見
- PDB-4km7: Human folate receptor alpha (FOLR1) at acidic pH, triclinic form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4km7
タイトルHuman folate receptor alpha (FOLR1) at acidic pH, triclinic form
要素Folate receptor alpha
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Folate Receptor Alpha / FOLR1 / folate receptor / Folic acid / folates / 5-methyltetrahydrofolate / antifolates / folate-conjugates / GPI-anchored protein on eukaryotic membrane / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / sperm-egg recognition / folic acid transport / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure ...cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / sperm-egg recognition / folic acid transport / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure / Cargo concentration in the ER / regulation of canonical Wnt signaling pathway / clathrin-coated vesicle / COPII-mediated vesicle transport / axon regeneration / folic acid binding / heart looping / folic acid metabolic process / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis / ER to Golgi transport vesicle membrane / brush border membrane / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / endosome / cell adhesion / apical plasma membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Folate receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Kovach, A.R. / Wibowo, A.S. / Dann III, C.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of human folate receptors reveal biological trafficking states and diversity in folate and antifolate recognition.
著者: Wibowo, A.S. / Singh, M. / Reeder, K.M. / Carter, J.J. / Kovach, A.R. / Meng, W. / Ratnam, M. / Zhang, F. / Dann, C.E.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Folate receptor alpha
B: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6608
ポリマ－48,6972
非ポリマー9636
水7,927440
1
A: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8304
ポリマ－24,3481
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8304
ポリマ－24,3481
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.709, 55.384, 69.504
Angle α, β, γ (deg.)72.230, 86.950, 90.120
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Folate receptor alpha / FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB ...FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB cells FBP / Ovarian tumor-associated antigen MOv18


分子量: 24348.438 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLR1 / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15328
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Citrate, pH 4.5, 0.1 M LiCl, 17.5 % PEG 8000, 40% (v/v) 2,2,2-trifluoroethanol, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日
詳細: ANL-ECT, 210 mm x 210 mm active area 1.8 sec readout
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 43186 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.092 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.833.40.1821591.061199.1
1.83-1.863.40.16922121.083197.8
1.86-1.93.50.16521331.104197.7
1.9-1.943.40.1521521.07198.5
1.94-1.983.40.13922271.08197.6
1.98-2.033.50.13121351.077198.4
2.03-2.083.50.1321491.105198.2
2.08-2.133.50.12422051.118198.8
2.13-2.23.50.12321471.148198.5
2.2-2.273.40.11721771.154198.7
2.27-2.353.50.11822051.207199.1
2.35-2.443.40.11521601.199198.9
2.44-2.553.50.10622171.154199.1
2.55-2.693.50.10921811.183198.9
2.69-2.863.50.10721651.188198.4
2.86-3.083.40.10221971.174198.4
3.08-3.393.50.0921621.007197.3
3.39-3.883.30.09121031.017197.3
3.88-4.882.80.08420550.934192.2
4.88-503.60.07320450.71192.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.801→28.095 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / FOM work R set: 0.7913 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 1980 4.63 %
Rwork0.222 --
obs0.2242 42731 96.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.76 Å2 / Biso mean: 17.7568 Å2 / Biso min: 2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→28.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 58 440 3657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0294521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0681193
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8008-1.84580.27971380.22352804294293
1.8458-1.89570.31021230.23312843296694
1.8957-1.95140.29041520.23352897304996
1.9514-2.01440.29081360.22262896303297
2.0144-2.08640.27321460.22552950309697
2.0864-2.16990.28351480.22812954310298
2.1699-2.26860.30421340.23032953308798
2.2686-2.38820.28111430.23053010315398
2.3882-2.53770.30521420.22582904304698
2.5377-2.73350.27411480.23032994314298
2.7335-3.00830.26231430.2332953309698
3.0083-3.44290.25041440.21942941308598
3.4429-4.33510.22291400.19482897303796
4.3351-28.09840.26821430.22192755289892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0326-0.8354-0.08052.42031.12444.0378-0.05730.20.1216-0.25-0.07640.4442-0.2145-0.5650.12810.1697-0.003-0.02170.21150.01150.15874.107334.7616-16.1897
24.0781-1.2281-0.44494.64352.36662.88950.02340.30520.3085-0.2155-0.1188-0.1155-0.45010.32110.03260.1529-0.0526-0.02270.12760.05530.15713.693537.6023-12.9706
31.8322-0.88520.66441.4266-0.8863.2873-0.0413-0.02090.18680.06860.0065-0.0724-0.14610.01870.04110.1003-0.0315-0.00720.0822-0.00730.121715.784831.1723-0.5598
43.32841.1187-2.67591.70940.08182.88210.04480.07320.2924-0.01950.0590.2634-0.1409-0.0507-0.080.1336-0.0038-0.01160.1131-0.00170.07112.182325.7905-11.7156
52.02770.25231.37230.2217-0.0591.65030.0922-0.2111-0.23510.05990.0555-0.08110.20650.0765-0.15950.10240.01060.00630.09970.01020.188216.560319.4676-7.1736
62.56080.25890.19592.566-0.44153.1446-0.0945-0.1724-0.07920.37460.08770.1685-0.06330.00010.01330.1720.01780.02690.10070.02440.09610.702225.95629.9048
71.4919-0.44521.06960.1343-0.45324.65330.0576-0.06590.00630.0019-0.00030.01530.2745-0.0475-0.05080.1342-0.0121-0.00480.0690.00630.160914.113516.5899-0.7038
84.81630.6854-0.51465.9034-0.83513.51760.00340.22590.0603-0.30260.2231-0.6819-0.38140.2318-0.17850.177-0.04750.03740.2209-0.03310.126720.030723.4905-18.1544
95.5135-0.61081.4714.2445-1.70617.92370.12850.466-0.2426-0.3084-0.04670.11050.26430.0998-0.07720.206-0.0034-0.00930.1406-0.01520.059810.454519.7194-23.4201
101.1803-1.6622-0.55462.90970.17862.2854-0.0869-0.30920.45950.23120.0451-0.6781-0.0660.44160.02510.1658-0.0287-0.03880.1895-0.03250.230129.59836.186627.5053
115.324.1201-0.05585.7319-1.41733.4494-0.0123-0.32030.42340.2297-0.00430.2027-0.4099-0.38080.01710.23160.04680.00440.1334-0.02280.146516.849710.628524.1161
120.77760.5631-0.79143.19641.69372.7915-0.07990.09660.1472-0.2770.1395-0.1048-0.3268-0.1532-0.03410.16030.04270.01390.07940.04020.124219.30016.28078.4642
137.63833.31315.75091.55122.29126.0480.0391-0.17440.32810.069-0.21180.11150.0256-0.04660.14140.11850.01930.00320.06630.01210.103715.27922.240115.6109
144.2475-0.4191-3.49392.4228-1.0393.66480.1028-0.08680.1753-0.0161-0.1155-0.22110.10730.01360.01610.1009-0.0137-0.01520.11370.01090.082830.2188-1.882522.2389
152.0924-0.61541.06211.8892-0.66532.85470.10490.0921-0.4332-0.10790.07230.11610.1751-0.1818-0.17420.1114-0.00480.00930.0651-0.00640.129415.53-8.266417.4933
166.3957-0.67190.32773.10551.97753.5485-0.2040.2193-0.3111-0.20280.21120.12350.1787-0.16430.02250.1631-0.0552-0.00090.09230.02830.103516.0694-5.59573.2414
174.37180.63311.58952.15252.07982.6577-0.17260.33190.2471-0.37120.2214-0.27920.1040.1508-0.04290.1567-0.03060.050.15910.00140.131924.93150.4526-0.8496
183.03930.9125-0.08281.0765-0.09052.96590.01010.1012-0.19180.1120.0074-0.02460.2508-0.067-0.00470.10890.02470.0140.0571-0.00320.093318.2861-11.070411.1775
194.3859-0.74630.70714.8284-0.15273.173-0.0897-0.19360.0310.2854-0.07170.1998-0.1539-0.15970.15070.128-0.00180.01550.13970.00260.074815.3321-5.233430.4959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 31:54)A31 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 55:79)A55 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 80:109)A80 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 110:126)A110 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 127:146)A127 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 147:176)A147 - 176
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 177:201)A177 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 202:220)A202 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 221:233)A221 - 233
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 32:51)B32 - 51
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 52:65)B52 - 65
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 66:93)B66 - 93
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 94:109)B94 - 109
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 110:126)B110 - 126
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 127:146)B127 - 146
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 147:156)B147 - 156
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 157:176)B157 - 176
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 177:201)B177 - 201
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resseq 202:231)B202 - 231

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る