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万見
- PDB-2ltn: DESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ltn
タイトルDESIGN, EXPRESSION, AND CRYSTALLIZATION OF RECOMBINANT LECTIN FROM THE GARDEN PEA (PISUM SATIVUM)
要素
  • PEA LECTIN, ALPHA CHAIN
  • PEA LECTIN, BETA CHAIN
キーワードLECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Suddath, F.L. / Phillips, S.R. / Einspahr, H.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Design, expression, and crystallization of recombinant lectin from the garden pea (Pisum sativum).
著者: Prasthofer, T. / Phillips, S.R. / Suddath, F.L. / Engler, J.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: The Crystal Structure of Pea Lectin at 3.0-Angstroms Resolution
著者: Einspahr, H. / Parks, E.H. / Suguna, K. / Subramanian, E. / Suddath, F.L.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1985
タイトル: The Location of Manganese and Calcium Ion Cofactors in Pea Lectin Crystals by Use of Anomalous Dispersion and Tuneable Synchrotron X-Radiation
著者: Einspahr, H. / Suguna, K. / Suddath, F.L. / Ellis, G. / Helliwell, J.R. / Papiz, M.Z.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: The Crystal Structure of Pea Lectin at 6-Angstroms Resolution
著者: Meehanjunior, E.J. / Mcduffie, J. / Einspahr, H. / Bugg, C.E. / Suddath, F.L.
履歴
登録1990年6月26日処理サイト: BNL
改定 1.01990年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEA LECTIN, ALPHA CHAIN
B: PEA LECTIN, BETA CHAIN
C: PEA LECTIN, ALPHA CHAIN
D: PEA LECTIN, BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3848
ポリマ－51,1944
非ポリマー1904
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: PEA LECTIN, ALPHA CHAIN
D: PEA LECTIN, BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6924
ポリマ－25,5972
非ポリマー952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
3
A: PEA LECTIN, ALPHA CHAIN
B: PEA LECTIN, BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6924
ポリマ－25,5972
非ポリマー952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.730, 61.160, 136.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: THE PEPTIDE BOND BETWEEN ALA A 80 AND ASP A 81 AND THE PEPTIDE BOND BETWEEN ALA C 80 AND ASP C 81 ARE BOTH IN THE CIS CONFORMATION.

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要素

#1: タンパク質 PEA LECTIN, ALPHA CHAIN


分子量: 20001.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02867
#2: タンパク質 PEA LECTIN, BETA CHAIN


分子量: 5596.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P02867
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
22 %(w/v)PEG33501drop
320 mMsodium cacodylate1drop
420 mMsodium cacodylate1reservoir
540 %(w/v)PEG33501reservoir

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データ収集

反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.177 / 最高解像度: 1.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3568 0 4 294 3866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0270.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1660.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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