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- PDB-4kn0: Human folate receptor beta (FOLR2) in complex with the antifolate... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kn0 | |||||||||
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Title | Human folate receptor beta (FOLR2) in complex with the antifolate methotrexate | |||||||||
![]() | Folate receptor beta | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Folate Receptor Beta / FOLR2 / folate receptor / Folic acid / folates / 5-methyltetrahydrofolate / antifolates / folate-conjugates / GPI-anchored protein on eukaryotic membrane / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
Function / homology | ![]() folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / cell adhesion / inflammatory response ...folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wibowo, A.S. / Dann III, C.E. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structures of human folate receptors reveal biological trafficking states and diversity in folate and antifolate recognition. Authors: Wibowo, A.S. / Singh, M. / Reeder, K.M. / Carter, J.J. / Kovach, A.R. / Meng, W. / Ratnam, M. / Zhang, F. / Dann, C.E. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 107.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 81 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4km6C ![]() 4km7C ![]() 4kmxC ![]() 4kmyC ![]() 4kmzSC ![]() 4kn1C ![]() 4kn2C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 3 molecules A
#1: Protein | Mass: 24021.988 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 24-228 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 4 types, 232 molecules ![](data/chem/img/MTX.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-MTX / | ||
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#4: Chemical | ChemComp-K / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% (w/v) PEG 3350, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Jan 30, 2011 Details: The NOIR-1 detector was built by E. Westbrook; 180 cm lens focused CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0008 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 16898 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 0.812 / Net I/σ(I): 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4KMZ Resolution: 2.1→48.801 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8508 / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.52 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.19 Å2 / Biso mean: 25.237 Å2 / Biso min: 10.84 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.801 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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