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- PDB-4kn1: Human folate receptor beta (FOLR2) in complex with the antifolate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kn1
タイトルHuman folate receptor beta (FOLR2) in complex with the antifolate aminopterin
要素Folate receptor betaFolate receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Folate Receptor Beta / FOLR2 / folate receptor / Folic acid (葉酸) / folates / 5-methyltetrahydrofolate (5-メチルテトラヒドロ葉酸) / antifolates / folate-conjugates / GPI-anchored protein on eukaryotic membrane / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / 細胞接着 / 炎症 ...folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Metabolism of folate and pterines / folic acid binding / signaling receptor activity / 細胞接着 / 炎症 / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminopterin / : / Folate receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Wibowo, A.S. / Dann III, C.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of human folate receptors reveal biological trafficking states and diversity in folate and antifolate recognition.
著者: Wibowo, A.S. / Singh, M. / Reeder, K.M. / Carter, J.J. / Kovach, A.R. / Meng, W. / Ratnam, M. / Zhang, F. / Dann, C.E.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Folate receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1947
ポリマ－24,0221
非ポリマー1,1726
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.075, 97.075, 98.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

21A-458-

HOH

31A-483-

HOH

41A-507-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Folate receptor beta / Folate receptor / FR-beta / Folate receptor 2 / Folate receptor / fetal/placental / Placental folate-binding protein / FBP


分子量: 24021.988 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLR2 / プラスミド: pSGHV0 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14207
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 116分子

#3: 化合物 ChemComp-04J / Aminopterin / N-(4-{[(2,4-diaminopteridin-6-yl)methyl]amino}benzoyl)-L-glutamic acid / アミノプテリン / Aminopterin


分子量: 440.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N8O5 / コメント: 化学療法薬, 抗腫瘍剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% (w/v) PEG 3350, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.2802 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日
詳細: The NOIR-1 detector was built by E. Westbrook; 180 cm lens focused CCD
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 12567 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Χ2: 0.779 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3410.20.5985980.479197.4
2.34-2.3810.60.5476080.522197.6
2.38-2.4310.60.5856090.483197.6
2.43-2.4810.90.5646070.498197.1
2.48-2.5310.90.5126000.521198
2.53-2.5910.90.426150.551197.9
2.59-2.6610.80.3996070.601198.2
2.66-2.7310.80.3376100.684198.2
2.73-2.8110.90.3276140.701198.2
2.81-2.910.80.2956310.727198.3
2.9-310.80.2456140.832197.9
3-3.1210.80.2096150.998198.9
3.12-3.2610.70.1616281.039199.1
3.26-3.4410.70.1476321.066198.3
3.44-3.6510.60.1326311.008199.4
3.65-3.9310.60.1246420.857198.8
3.93-4.3310.40.1156480.996198.9
4.33-4.9510.20.1166500.947199.1
4.95-6.2410.10.0936701.007199.4
6.24-509.30.0787381.001198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KMZ

4kmz


解像度: 2.301→48.538 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.824 / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1002 7.99 %
Rwork0.1875 --
obs0.1914 12543 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.032 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.88 Å2 / Biso mean: 36.1146 Å2 / Biso min: 16.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6381 Å20 Å20 Å2
2---4.6381 Å2-0 Å2
3---9.2762 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→48.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 75 111 1834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8452431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.469638
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3005-2.42180.26511370.20271587172497
2.4218-2.57350.30311380.23811595173398
2.5735-2.77220.30471410.22951610175198
2.7722-3.05120.28841410.2341622176399
3.0512-3.49260.25721430.18521645178899
3.4926-4.39980.21851460.15491678182499
4.3998-48.54830.17651560.17391804196099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57550.41241.07643.3223-2.66815.99880.13310.1439-0.4758-0.19830.0482-0.31030.66310.1967-0.10040.26210.0605-0.05120.251-0.05010.28229.959-47.1728-11.4302
24.7233-0.9845-0.43448.23943.21242.7070.1697-0.122-0.790.4876-0.13880.75051.0161-1.0289-0.00450.2989-0.0629-0.03450.30590.04760.3333-3.7951-42.7493-2.5838
32.0579-0.58670.6242.9021.5493.5481-0.0064-0.2024-0.22050.2625-0.06330.01270.2013-0.01170.07140.2212-0.0476-0.03260.18760.07510.2354.7435-36.13863.1886
41.46031.91631.01654.5303-1.06436.8028-0.00470.014-0.1968-0.36460.0185-0.18890.2790.619-0.00110.15790.0427-0.01910.1733-0.02750.182915.3676-38.8343-9.7347
54.54350.35820.08884.16230.22047.51610.0208-0.07410.3034-0.2612-0.1272-0.0672-0.35610.03920.2010.18480.0288-0.02170.1869-0.0150.31163.7218-21.612-5.4972
65.7631-1.11251.79265.1013-0.23596.12670.0753-0.01950.05980.0873-0.044-0.4044-0.0770.25860.010.1607-0.0038-0.01910.1428-0.0190.158616.6686-28.41016.8827
70.72120.0290.27511.77240.64711.34310.1149-0.01180.08280.1574-0.06590.00930.08970.0497-0.05220.2337-0.0641-0.02190.22080.01080.272913.5956-23.9581-2.3691
82.5364-0.9838-2.91543.90210.13278.56530.05390.38270.13440.09030.12260.55440.1395-0.7733-0.14060.20780.0487-0.02710.3725-0.01070.3174-1.7699-33.0939-13.9047
97.54890.2854-5.60525.76450.61266.42780.03390.5113-0.0854-0.47230.0992-0.43220.1247-0.1428-0.07310.2730.0543-0.13330.2582-0.03610.20916.8522-37.2419-22.1679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 24:42)A24 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 43:54)A43 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 55:103)A55 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 104:129)A104 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 130:140)A130 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 141:160)A141 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 161:198)A161 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 199:214)A199 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 215:228)A215 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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