PDB-4jg1: Structure of phosphoserine/threonine (pSTAb) scaffold bound to pT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jg1

タイトル

Structure of phosphoserine/threonine (pSTAb) scaffold bound to pThr peptide

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
Phosphopeptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immmunoglobulin domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PROPANOIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.

引用

ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2013
タイトル: Nature-inspired design of motif-specific antibody scaffolds.
著者: Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.

履歴

登録	2013年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jg1.cif.gz	281.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jg1.ent.gz	230.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jg1_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jg1_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	4jg1_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	4jg1_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jfxC 4jfyC 4jfzC 4jg0C 2gcyS 3n9gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mqr-d 2zjs-2 4m7j-d 5u4r-2 3ifn-d 4uil-d 1bog-d 1cbv-d 3ifo-2 6vbo-d 1jfq-d 2r0w-d 4dgv-d 6vjt-d 5drw-d 6vl8-4 2ojz-2 1kel-d 6me1-1 3ifp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

P: Phosphopeptide

ヘテロ分子

49.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.807, 95.591, 119.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23303.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 24790.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#3: タンパク質・ペプチド	Phosphopeptide 分子量: 1415.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG1500, 0.1M PCB, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月5日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 72575 / Num. obs: 72575 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.075 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.61	2.9	0.508	6419	1.063	1	88.1
1.61-1.67	3.7	0.407	6963	1.086	1	95.2
1.67-1.75	5.2	0.326	7208	1.085	1	98.2
1.75-1.84	5.9	0.222	7242	1.087	1	99
1.84-1.95	6	0.144	7302	1.087	1	99.4
1.95-2.1	6	0.096	7344	1.057	1	99.6
2.1-2.32	6.2	0.072	7371	1.049	1	99.8
2.32-2.65	6.4	0.06	7412	1.099	1	99.9
2.65-3.34	6.6	0.058	7504	1.093	1	100
3.34-50	6.7	0.036	7810	1.046	1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ELVES		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entries 3N9G, 2GCY

3n9g

2gcy

解像度: 1.55→41.143 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / FOM work R set: 0.9044 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1738	3659	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1507	-	-	-
obs	0.1518	72503	97.84 %	-
all	-	72503	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.37 Å² / B_iso mean: 21.011 Å² / B_iso min: 8.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.143 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3391	0	5	621	4017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3744
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.353	5162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	601
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.174	1430

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5486-1.569	0.2485	124	0.2402	2120	2244	80
1.569-1.5904	0.256	109	0.224	2411	2520	90
1.5904-1.6132	0.2604	126	0.2126	2502	2628	93
1.6132-1.6373	0.2271	140	0.1957	2473	2613	94
1.6373-1.6628	0.2229	127	0.1924	2624	2751	97
1.6628-1.6901	0.1956	128	0.1862	2636	2764	98
1.6901-1.7192	0.2021	147	0.1737	2588	2735	98
1.7192-1.7505	0.2043	124	0.1711	2705	2829	99
1.7505-1.7842	0.223	126	0.1574	2633	2759	99
1.7842-1.8206	0.176	151	0.1581	2656	2807	99
1.8206-1.8602	0.1817	162	0.148	2612	2774	99
1.8602-1.9035	0.1496	142	0.1501	2716	2858	100
1.9035-1.9511	0.1689	148	0.1393	2626	2774	99
1.9511-2.0038	0.1592	148	0.1374	2678	2826	99
2.0038-2.0628	0.1736	132	0.1366	2699	2831	100
2.0628-2.1293	0.1526	133	0.142	2698	2831	100
2.1293-2.2054	0.1643	150	0.1357	2680	2830	100
2.2054-2.2937	0.1604	183	0.1413	2671	2854	100
2.2937-2.3981	0.1692	127	0.143	2724	2851	100
2.3981-2.5245	0.1758	147	0.1435	2695	2842	100
2.5245-2.6827	0.1799	146	0.1481	2708	2854	100
2.6827-2.8898	0.1754	155	0.15	2743	2898	100
2.8898-3.1805	0.1678	153	0.1552	2745	2898	100
3.1805-3.6405	0.1771	139	0.1428	2768	2907	100
3.6405-4.5856	0.1529	140	0.1257	2795	2935	100
4.5856-41.1578	0.1552	152	0.1595	2938	3090	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8151	0.29	-0.4613	0.9666	-0.8244	1.3679	-0.039	-0.0576	-0.0281	-0.0355	-0.0087	-0.0336	0.0782	0.1583	-0	0.112	0.0048	0.0045	0.135	-0.0051	0.1258	27.203	31.8892	48.0527
2	0.3362	0.1564	0.6059	-0.025	0.2961	1.6749	0.0111	-0.0129	-0.0002	0.03	-0.0023	-0.0305	0.0091	0.0899	0	0.122	0.0008	0.0015	0.108	-0.0096	0.1335	19.3207	34.9597	13.3892
3	0.6778	0.5951	0.0157	1.655	0.6123	0.9614	-0.011	-0.019	0.0132	-0.0639	0.0517	-0.0485	-0.0604	0.0087	0.0002	0.1225	0.0063	-0.0095	0.1183	0.0046	0.1287	14.2551	40.2611	51.7879
4	0.8747	0.4953	-0.4243	0.9481	-0.2992	2.0954	0.0278	-0.0256	-0.0239	-0.0089	-0.0109	0.054	0.0972	-0.1058	-0	0.1062	-0.0021	-0.0007	0.1233	-0.0108	0.1234	0.1777	26.068	22.2984
5	0.8304	0.0163	-0.3941	0.5309	0.0551	0.1962	0.1183	0.7663	0.0941	-0.4398	-0.0721	0.2011	-0.1821	-0.7617	0.0191	0.1961	0.0144	-0.0151	0.2332	0.027	0.1555	5.0902	34.5624	-1.4716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain H and resseq 125:238)	H	125 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain H and resseq 1:124)	H	1 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain L and resseq 109:214)	L	109 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain L and resseq 1:108)	L	1 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain P and resseq 1:9)	P	1 - 9

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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