PDB-4jdv: Crystal structure of germ-line precursor of NIH45-46 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jdv

タイトル

Crystal structure of germ-line precursor of NIH45-46 Fab

要素

Fab heavy chain
Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IG FOLD / ANTI HIV ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Diskin, R. / Scharf, L. / Bjorkman, P.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for HIV-1 gp120 recognition by a germ-line version of a broadly neutralizing antibody.
著者: Scharf, L. / West, A.P. / Gao, H. / Lee, T. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J. / Diskin, R.

履歴

登録	2013年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月8日	Group: Database references
改定 1.2	2021年6月2日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jdv.cif.gz	355 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jdv.ent.gz	288.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jdv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jdtC 3u7wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c1o-2 4bh7-d 3mnv-1 3pp3-1 4nrz-2 4c83-2 4xce-3 4ydv-2 5dd1-d 5t0y-1 4kmt-d 5vga-d 6vl9-1 5dd3-d 4xbg-1 4xgz-10 6v4q-d 4wht-7 3tcl-2 4nki-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab heavy chain

B: Fab light chain

H: Fab heavy chain

L: Fab light chain

ヘテロ分子

97.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Fab heavy chain

B: Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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2

H: Fab heavy chain

L: Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.960, 70.140, 225.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 25186.221 Da / 分子数: 2 / 断片: NIH45-46 Germ-line HEAVY CHAIN, IG GAMMA-1 CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab light chain 分子量: 23019.514 Da / 分子数: 2 / 断片: NIH45-46 Germ-line Light CHAIN, IG Kappa / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 921分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3350, ammonium sulfate, Bis-Tris , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月10日
放射	モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4878→39.6828 Å / Num. obs: 140662 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / R_merge(I) obs: 0.142
反射シェル	解像度: 1.65→1.78 Å / R_merge(I) obs: 1.01 / % possible all: 99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	39.68 Å
Translation	2.8 Å	39.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.0	位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U7W

3u7w

解像度: 1.65→37.888 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.8742 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2034	1826	1.71 %	RANDOM
R_work	0.1738	-	-	-
obs	0.1744	106921	99.38 %	-
all	-	107588	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.88 Å² / B_iso mean: 25.5521 Å² / B_iso min: 7.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→37.888 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6606	0	80	911	7597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6862
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.184	9306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1181
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.785	2478

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6946	0.259	138	0.2176	8010	8148	99
1.6946-1.7445	0.2514	139	0.2077	7940	8079	99
1.7445-1.8008	0.2371	138	0.1974	7978	8116	99
1.8008-1.8651	0.2345	139	0.1901	8002	8141	100
1.8651-1.9398	0.2517	139	0.1851	8003	8142	100
1.9398-2.0281	0.2548	139	0.1828	8002	8141	100
2.0281-2.135	0.1825	140	0.1791	8035	8175	99
2.135-2.2688	0.2082	140	0.1748	8073	8213	100
2.2688-2.4439	0.1949	141	0.1736	8110	8251	100
2.4439-2.6898	0.2144	141	0.174	8115	8256	100
2.6898-3.0789	0.1969	142	0.1722	8131	8273	99
3.0789-3.8784	0.1869	143	0.1524	8242	8385	100
3.8784-37.8982	0.1786	147	0.1707	8454	8601	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.909	-0.0011	0.2097	0.9337	-0.2182	1.9303	0.016	-0.0429	-0.0886	-0.0335	-0.0141	0.0485	0.1352	-0.0191	0.0145	0.0999	0.0067	-0.0023	0.1198	0.0041	0.1436	20.0634	12.1811	32.2555
2	0.8514	-0.1228	0.3471	0.914	-0.0677	0.9051	0.0356	0.0066	0.0378	-0.0431	-0.0123	-0.0645	-0.1195	-0.0648	-0.0228	0.1305	0.0078	-0.0071	0.1165	0.0069	0.1474	19.8903	22.3451	25.2908
3	0.8457	-0.1083	0.3745	0.211	-0.2834	0.8977	0.0225	0.0172	0.0084	-0.0423	0.0071	-0.0022	-0.0606	-0.023	-0.0284	0.0834	0.0022	0.0088	0.068	0.0013	0.0823	15.9807	20.1269	25.555
4	0.0909	-0.1142	0.2618	0.7511	-0.1734	1.2926	0.1996	-0.2734	-0.1874	0.2764	-0.2401	-0.0181	0.0509	0.0617	0.0793	0.1571	0.0091	0.0168	0.3275	0.0389	0.1931	1.9217	3.0233	54.263
5	1.4237	0.897	0.2312	1.0479	-0.2929	1.1158	0.0558	-0.1846	-0.1261	-0.0829	-0.1336	-0.0221	0.1487	0.1267	0.0959	0.1446	0.0241	0.0096	0.2286	-0.0031	0.1888	-1.9061	1.6224	47.5258
6	5.7906	1.8896	-2.9099	2.0682	-1.5888	3.057	-0.0354	-0.6138	-0.2266	0.0631	-0.1301	0.0749	0.3906	0.1594	0.0162	0.2793	0.0229	0.0015	0.3442	0.0835	0.3498	-4.0569	-7.2164	55.4692
7	1.4466	0.3315	0.1186	1.5947	0.1995	1.8296	0.0446	-0.1824	0.2458	0.125	0.0264	0.1533	-0.1463	-0.1469	-0.0706	0.1551	0.0265	0.0032	0.152	0.0062	0.195	-8.0407	27.3468	27.9621
8	1.7015	-0.3276	-0.0362	1.3647	-0.1244	1.5672	0.0304	-0.0136	0.3146	-0.0924	0.0039	-0.0332	-0.3568	0.0138	-0.0181	0.2199	0.005	-0.0002	0.1669	0.0142	0.2194	1.0826	31.8156	21.4588
9	1.1974	0.5809	-0.9745	2.6542	-2.4248	2.5581	0.1143	-0.0426	-0.5045	-0.2185	0.1233	0.2308	0.4881	-0.031	-0.0715	0.1785	0.0089	-0.0054	0.1868	0.0271	0.1892	1.9549	15.3764	24.4611
10	2.1029	1.0066	-0.2523	0.9386	-0.7343	1.5672	-0.0327	0.2568	-0.0469	-0.1099	0.0157	-0.0419	-0.1533	-0.1481	-0.0262	0.1612	0.0076	-0.0155	0.2101	0.0297	0.2038	-2.4116	26.1339	14.928
11	2.8829	0.8395	-0.2258	0.6717	-0.2696	0.955	-0.0244	0.0248	-0.0307	-0.0423	0.0659	0.0402	-0.0715	-0.0709	-0.0276	0.1478	0.0105	0.0016	0.1365	0.0137	0.1525	-1.2209	23.6384	24.3304
12	2.8126	1.8172	-2.5898	1.1258	-1.7248	2.3095	0.0542	0.2031	0.2577	0.0208	0.1134	0.0689	-0.074	-0.2852	-0.0604	0.1276	0.0101	-0.0113	0.2116	0.0377	0.1649	-15.449	18.2141	34.1529
13	1.0733	-0.1776	0.2442	0.9306	-0.3444	2.1641	-0.0228	-0.0482	0.024	0.0027	-0.069	-0.067	0.04	0.2621	0.0832	0.1299	-0.0049	-0.007	0.2066	0.0117	0.1522	-8.8134	10.5887	54.6745
14	0.4283	-0.2877	-0.785	0.1761	0.22	1.8303	0.0358	-0.0056	0.1454	-0.0459	0.0015	0.0384	-0.2196	0.1864	0.0052	0.1967	-0.0403	-0.0086	0.1938	-0.0134	0.1818	-6.7196	19.1069	59.8685
15	0.6225	0.0621	-0.0462	0.5255	-0.5535	2.4072	-0.0522	-0.0399	0.064	0.0357	-0.0421	-0.0036	-0.0436	0.286	0.075	0.1286	-0.0056	-0.0093	0.1721	-0.0032	0.1508	-8.3988	12.0616	54.6593
16	1.3158	-0.0609	0.0171	0.7018	-0.1604	2.2997	-0.0593	0.0007	0.1351	0.0628	-0.0354	-0.0261	-0.0893	-0.2673	-0.0061	0.1415	0.0112	-0.0069	0.1718	-0.0151	0.1509	-18.3888	13.6305	56.9393
17	0.5392	-0.2319	-0.5276	1.3932	-0.5038	1.4705	0.0658	0.0415	-0.0627	-0.1682	-0.1109	-0.1139	0.133	0.1579	0.0127	0.1856	0.0339	-0.0052	0.1342	0.0105	0.169	-22.2521	-30.1258	32.1685
18	1.1426	-0.4398	-0.63	1.4151	-0.3169	1.3011	0.0667	0.0011	0.0197	-0.0997	-0.0672	-0.1144	0.0726	0.1283	-0.0126	0.1797	0.0183	-0.0079	0.1302	0.0198	0.1561	-23.7037	-26.199	33.2554
19	1.364	0.437	-0.3123	0.5529	0.1137	0.7185	-0.1306	-0.4322	0.0879	0.3945	0.0569	-0.0682	0.2967	0.4556	0.089	0.4126	0.1398	0.062	0.319	-0.0257	0.2917	-4.4495	-15.9158	5.7429
20	1.3676	-1.1163	-0.9724	0.9843	0.1922	1.6797	-0.2432	-0.358	0.0855	0.288	0.2083	-0.2564	0.4613	0.542	0.0562	0.3162	0.1356	-0.0281	0.3335	-0.0212	0.2496	-5.4687	-10.7054	11.8719
21	1.2104	0.0004	-0.4379	2.7634	0.8628	1.7735	-0.1811	-0.1372	0.2291	0.4024	0.5033	-0.479	0.2299	0.5849	-0.091	0.2711	0.1044	-0.066	0.3726	-0.1036	0.3745	-0.1298	-5.8641	10.796
22	0.9998	-0.2776	0.5851	8.0681	-2.865	1.7354	-0.1092	0.3951	-0.3217	0.357	0.105	-0.9441	0.5857	0.9422	0.0187	0.3897	0.1922	-0.0214	0.5319	-0.1623	0.5326	5.487	-11.9545	8.1067
23	0.7942	0.5877	0.1031	0.8751	-0.0579	1.1798	-0.0171	0.0404	-0.0642	-0.1987	0.1352	0.1084	0.124	-0.1119	-0.1041	0.1899	-0.0114	-0.034	0.1399	0.0258	0.1794	-32.2286	-4.2482	27.7717
24	1.4872	1.054	-0.5258	1.7428	-0.4667	0.3369	-0.0873	0.1031	0.1005	-0.2062	0.1088	0.0552	0.0604	-0.1634	0.0072	0.1676	-0.0155	-0.0148	0.1456	0.0084	0.1496	-36.5372	-11.4751	33.9932
25	2.9081	0.3685	-1.9584	1.3513	-0.7064	1.6368	0.0864	-0.3347	0.5673	0.0993	0.1906	-0.5706	0.2497	0.6327	-0.0258	0.1446	-0.0114	0.0349	0.1708	-0.0014	0.2819	-19.847	-11.8754	33.7313
26	0.6235	0.2371	-0.2006	1.7894	-0.0389	0.9479	0.0299	-0.0441	0.0475	0.0258	-0.0327	0.0105	-0.022	-0.06	-0.0029	0.1403	0.0019	-0.0076	0.1317	0.0111	0.1502	-30.0612	-8.022	36.7568
27	0.9118	0.9867	-0.8809	1.6234	-0.9423	0.7229	-0.02	0.0551	-0.01	-0.0409	0.0348	-0.0458	0.0373	-0.0515	-0.0328	0.1644	0.006	0.0144	0.1418	0.0122	0.1614	-22.0208	4.5862	21.9832
28	1.6586	-0.9279	-0.1556	4.0381	1.1016	1.8021	0.0798	0.2094	0.1711	-0.131	0.1685	-0.8789	0.2487	0.5328	0.0058	0.2675	0.0782	0.043	0.2963	-0.018	0.2321	-5.4408	-6.6523	-1.9365
29	0.5263	-0.2013	-0.77	1.4351	1.5759	3.3412	0.0131	0.0186	0.0098	-0.012	0.073	-0.0129	0.2321	-0.0133	-0.0177	0.196	0.0051	0.004	0.1474	0.0049	0.1574	-17.5164	-1.2585	5.9997
30	0.2532	-0.26	0.5861	0.4584	-0.8478	2.6095	0.09	-0.028	-0.1012	-0.0929	0.1573	0.287	0.2422	-0.3298	-0.0879	0.2499	-0.0343	-0.0207	0.2047	0.0303	0.2127	-20.7466	-7.3126	-1.871
31	1.803	-0.2611	-0.0633	4.1522	1.1186	3.184	-0.2525	-0.3858	0.0955	0.3795	0.4416	-0.5031	0.4263	0.5938	-0.0798	0.192	0.0569	-0.0012	0.2259	-0.026	0.1846	-14.1864	1.4011	20.7903
32	1.0954	-0.3183	-0.1377	1.1683	0.1616	1.7124	0.0734	0.3231	-0.1094	-0.2112	-0.1145	-0.0523	0.3408	-0.1653	0.04	0.2861	0.0369	-0.0057	0.2445	-0.0123	0.1693	-14.1522	-7.1348	-5.9117
33	1.2086	0.0298	-0.0132	1.329	0.0544	2.0778	0.1151	0.2423	-0.1293	-0.3617	-0.235	0.0927	-0.6203	-0.016	-0.0623	0.2214	0.0302	-0.0095	0.189	0.0299	0.1759	-16.6554	5.028	-0.9004

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 75 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 115 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 138 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 139 through 207 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 208 through 224 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 18 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 19 through 38 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 48 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 75 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 76 through 97 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 98 through 109 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 110 through 146 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 147 through 159 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 160 through 193 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 194 through 209 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 2 through 75 )	H
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 76 through 115 )	H
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 116 through 139 )	H
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 140 through 179 )	H
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 180 through 207 )	H
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 208 through 217 )	H
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'L' and (resid 1 through 18 )	L
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'L' and (resid 19 through 38 )	L
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'L' and (resid 39 through 48 )	L
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'L' and (resid 49 through 97 )	L
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'L' and (resid 98 through 109 )	L
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'L' and (resid 110 through 124 )	L
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'L' and (resid 125 through 146 )	L
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'L' and (resid 147 through 159 )	L
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'L' and (resid 160 through 170 )	L
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'L' and (resid 171 through 193 )	L
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'L' and (resid 194 through 209 )	L

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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