PDB-4j5i: Crystal structure of an alpha-ketoglutarate-dependent taurine dio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j5i

タイトル

Crystal structure of an alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase from Mycobacterium smegmatis

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TauD / iron-dependent / molecular oxygen

機能・相同性

機能・相同性情報

taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2013年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j5i.cif.gz	777.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j5i.ent.gz	644 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4j5i_validation.pdf.gz	494.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j5i_full_validation.pdf.gz	501.3 KB	表示
XML形式データ	4j5i_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	4j5i_validation.cif.gz	99 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jSC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pzh-d 3swt-3 6j33-2 3a6o-d 7kax-1 5zqk-1 1wzl-d 1x6m-d 1jib-d 6kr2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MysmA.01188.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

C: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

D: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

E: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

F: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

G: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

H: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

ヘテロ分子

269 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

C: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

D: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

F: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

G: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

H: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.010, 166.680, 99.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	3 - 292	7 - 296
2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	3 - 292	7 - 296
1	2	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	3 - 292	7 - 296
2	2	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	3 - 292	7 - 296
1	3	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	3 - 283	7 - 287
2	3	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	3 - 283	7 - 287
1	4	GLN	GLN	PRO	PRO	A	A	3 - 291	7 - 295
2	4	GLN	GLN	PRO	PRO	E	E	3 - 291	7 - 295
1	5	GLN	GLN	PRO	PRO	A	A	3 - 291	7 - 295
2	5	GLN	GLN	PRO	PRO	F	F	3 - 291	7 - 295
1	6	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	3 - 292	7 - 296
2	6	GLN	GLN	VAL	VAL	G	G	3 - 292	7 - 296
1	7	GLN	GLN	PRO	PRO	A	A	3 - 291	7 - 295
2	7	GLN	GLN	PRO	PRO	H	H	3 - 291	7 - 295
1	8	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	2 - 293	6 - 297
2	8	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	2 - 293	6 - 297
1	9	GLN	GLN	GLY	GLY	B	B	3 - 284	7 - 288
2	9	GLN	GLN	GLY	GLY	D	D	3 - 284	7 - 288
1	10	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	2 - 293	6 - 297
2	10	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	2 - 293	6 - 297
1	11	GLN	GLN	ASP	ASP	B	B	3 - 293	7 - 297
2	11	GLN	GLN	ASP	ASP	F	F	3 - 293	7 - 297
1	12	GLN	GLN	VAL	VAL	B	B	3 - 292	7 - 296
2	12	GLN	GLN	VAL	VAL	G	G	3 - 292	7 - 296
1	13	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	2 - 293	6 - 297
2	13	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	2 - 293	6 - 297
1	14	GLN	GLN	GLY	GLY	C	C	3 - 284	7 - 288
2	14	GLN	GLN	GLY	GLY	D	D	3 - 284	7 - 288
1	15	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	2 - 293	6 - 297
2	15	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	2 - 293	6 - 297
1	16	GLN	GLN	ASP	ASP	C	C	3 - 293	7 - 297
2	16	GLN	GLN	ASP	ASP	F	F	3 - 293	7 - 297
1	17	GLN	GLN	VAL	VAL	C	C	3 - 292	7 - 296
2	17	GLN	GLN	VAL	VAL	G	G	3 - 292	7 - 296
1	18	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	2 - 293	6 - 297
2	18	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	2 - 293	6 - 297
1	19	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	3 - 283	7 - 287
2	19	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	3 - 283	7 - 287
1	20	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	3 - 283	7 - 287
2	20	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	3 - 283	7 - 287
1	21	GLN	GLN	GLY	GLY	D	D	3 - 284	7 - 288
2	21	GLN	GLN	GLY	GLY	G	G	3 - 284	7 - 288
1	22	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	3 - 283	7 - 287
2	22	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	3 - 283	7 - 287
1	23	GLN	GLN	VAL	VAL	E	E	3 - 292	7 - 296
2	23	GLN	GLN	VAL	VAL	F	F	3 - 292	7 - 296
1	24	GLN	GLN	VAL	VAL	E	E	3 - 292	7 - 296
2	24	GLN	GLN	VAL	VAL	G	G	3 - 292	7 - 296
1	25	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	2 - 293	6 - 297
2	25	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	2 - 293	6 - 297
1	26	GLN	GLN	VAL	VAL	F	F	3 - 292	7 - 296
2	26	GLN	GLN	VAL	VAL	G	G	3 - 292	7 - 296
1	27	GLN	GLN	VAL	VAL	F	F	3 - 292	7 - 296
2	27	GLN	GLN	VAL	VAL	H	H	3 - 292	7 - 296
1	28	GLN	GLN	VAL	VAL	G	G	3 - 292	7 - 296
2	28	GLN	GLN	VAL	VAL	H	H	3 - 292	7 - 296

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase 分子量: 33543.336 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / 遺伝子: MSMEG_3870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QZ23, taurine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MysmA.01188.a.A1 PS00650 at 20 mg/mL against Morpheus condition A2, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 30 mM MgCl, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, crystal tracking ID 233128a2, ...詳細: MysmA.01188.a.A1 PS00650 at 20 mg/mL against Morpheus condition A2, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 30 mM MgCl, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, crystal tracking ID 233128a2, unique puck ID oqa0-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MysmA.01188.a.A1 PS00650 at 20 mg/mL against Morpheus condition A2, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 30 mM MgCl, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, crystal tracking ID 233128a2, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月8日 / 詳細: VariMax

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 77167 / Num. obs: 76380 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.271 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.33

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.67	0.393	3.68	20566	5648	1	99.1
2.67-2.74	0.36	4.02	20265	5516	1	99.1
2.74-2.82	0.289	4.87	19704	5342	1	99.6
2.82-2.91	0.269	5.15	19346	5227	1	99.5
2.91-3	0.22	5.99	18674	5045	1	99.5
3-3.11	0.189	6.98	17920	4900	1	99.3
3.11-3.22	0.159	8.08	17308	4737	1	99.3
3.22-3.36	0.134	9.35	16484	4510	1	99.4
3.36-3.51	0.116	10.81	15286	4324	1	98.8
3.51-3.68	0.097	12.8	14568	4166	1	99
3.68-3.88	0.086	14.14	13521	3937	1	98.9
3.88-4.11	0.076	14.9	12362	3700	1	98.5
4.11-4.39	0.061	18.01	11316	3488	1	98.3
4.39-4.75	0.058	18.63	10648	3270	1	98.4
4.75-5.2	0.066	16.71	10144	2993	1	98.5
5.2-5.81	0.081	13.94	9657	2726	1	99.5
5.81-6.71	0.079	14.46	8569	2423	1	99.2
6.71-8.22	0.065	16.58	6955	2019	1	98.5
8.22-11.63	0.045	22.82	5123	1574	1	97.3
11.63-50	0.04	25.61	2665	835	1	93

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	49.35 Å
Translation	3 Å	49.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3R1J

3r1j

解像度: 2.6→49.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / WR_factor R_free: 0.2086 / WR_factor R_work: 0.1887 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8605 / SU B: 19.33 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.8414 / SU R_free: 0.2953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.841 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2345	3833	5 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.2122	76379	98.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.78 Å² / B_iso mean: 26.9535 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.52 Å²	-0 Å²	0.52 Å²
2-	-	-1.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15795	0	13	509	16317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	16188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	15010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.937	22153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.095	3	34218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.06	5	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.11	22.912	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.654	15	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.366	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	18546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.971	1.902	8204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.971	1.902	8203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.643	2.842	10217

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14527	0.06
1	2	B	14527	0.06
2	1	A	14770	0.05
2	2	C	14770	0.05
3	1	A	14197	0.06
3	2	D	14197	0.06
4	1	A	14716	0.06
4	2	E	14716	0.06
5	1	A	14619	0.06
5	2	F	14619	0.06
6	1	A	14928	0.05
6	2	G	14928	0.05
7	1	A	14472	0.06
7	2	H	14472	0.06
8	1	B	15897	0.06
8	2	C	15897	0.06
9	1	B	14193	0.05
9	2	D	14193	0.05
10	1	B	14583	0.06
10	2	E	14583	0.06
11	1	B	14573	0.06
11	2	F	14573	0.06
12	1	B	15667	0.06
12	2	G	15667	0.06
13	1	B	14639	0.06
13	2	H	14639	0.06
14	1	C	14112	0.06
14	2	D	14112	0.06
15	1	C	14881	0.05
15	2	E	14881	0.05
16	1	C	14503	0.07
16	2	F	14503	0.07
17	1	C	15767	0.06
17	2	G	15767	0.06
18	1	C	14565	0.06
18	2	H	14565	0.06
19	1	D	14146	0.06
19	2	E	14146	0.06
20	1	D	14512	0.05
20	2	F	14512	0.05
21	1	D	14201	0.06
21	2	G	14201	0.06
22	1	D	14263	0.06
22	2	H	14263	0.06
23	1	E	14640	0.06
23	2	F	14640	0.06
24	1	E	14849	0.06
24	2	G	14849	0.06
25	1	E	14688	0.06
25	2	H	14688	0.06
26	1	F	14550	0.06
26	2	G	14550	0.06
27	1	F	14746	0.06
27	2	H	14746	0.06
28	1	G	14518	0.06
28	2	H	14518	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	245	-
R_work	0.293	5391	-
all	-	5636	-
obs	-	-	99.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3499	0.5321	-0.0248	1.811	0.2757	0.2469	0.0539	-0.0027	0.0647	0.0968	-0.0398	0.1822	0.0317	0.0162	-0.0141	0.0934	-0.0173	0.0285	0.0272	-0.0074	0.0411	104.7263	44.3753	113.9221
2	0.3232	-0.1923	0.0638	1.1597	-0.0815	0.2307	0.0207	0.0125	-0.0122	-0.1095	-0.0338	0.0374	-0.0042	0.0084	0.0131	0.0677	0.0028	-0.0147	0.052	0.0124	0.0318	101.2046	2.5723	87.8578
3	0.0908	0.2786	0.0926	1.7281	0.0404	0.1637	-0.0031	-0.0087	-0.0545	-0.0606	0.0065	-0.3514	-0.0014	-0.0123	-0.0034	0.013	-0.0066	0.0326	0.0593	-0.009	0.1231	132.8106	38.1123	97.6397
4	0.5556	0.6767	0.0038	1.4853	0.0714	0.349	-0.0482	-0.0727	-0.0412	0.2058	0.007	-0.1076	0.0183	0.0802	0.0413	0.11	0.0415	-0.0209	0.0692	0.0169	0.0179	115.3444	-3.9384	116.3858
5	0.2111	-0.1689	-0.0274	1.8967	-0.1887	0.2591	0.0629	0.0344	-0.0169	0.1668	-0.109	-0.1699	-0.046	0.0399	0.0461	0.0642	-0.019	-0.0556	0.0448	0.0316	0.0619	163.3507	33.7767	163.857
6	0.4992	0.1549	-0.0695	1.2783	0.2023	0.3497	-0.0401	0.0499	-0.0128	0.1406	0.0145	0.0354	0.015	-0.0047	0.0256	0.0497	0.0119	0.0242	0.0641	-0.0149	0.0301	138.8752	-7.9441	160.2255
7	0.1851	0.1488	-0.2167	2.0395	0.3092	0.4105	0.0089	0.0314	0.0639	-0.1294	-0	0.3942	-0.0357	-0.0052	-0.0088	0.0201	0.0108	-0.0441	0.0541	0.0122	0.1546	134.6137	39.9533	148.5767
8	0.0841	0.061	-0.0658	1.746	0.2118	0.2501	-0.0198	0.0081	-0.0044	-0.2648	-0.014	-0.0799	-0.0166	0.0245	0.0338	0.107	-0.0172	0.0399	0.0786	-0.0093	0.0266	153.8379	-1.7927	131.5865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 292
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 293
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 293
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 293
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	401
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	401
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 292
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	401
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 293
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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