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- PDB-4j3e: The 1.9A crystal structure of humanized Xenopus Mdm2 with nutlin-3a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j3e
タイトルThe 1.9A crystal structure of humanized Xenopus Mdm2 with nutlin-3a
要素E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードLIGASE/ANTAGONIST / Mdm2 / protein-protein interaction / imidazoline / ligase-antagonist complex / E3 ubiquitin ligase / p53 / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process ...regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NUT / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Graves, B.J. / Lukacs, C.M. / Kammlott, R.U. / Crowther, R.
引用
ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013
タイトル: Discovery of RG7112: A Small-Molecule MDM2 Inhibitor in Clinical Development.
著者: Vu, B. / Wovkulich, P. / Pizzolato, G. / Lovey, A. / Ding, Q. / Jiang, N. / Liu, J.J. / Zhao, C. / Glenn, K. / Wen, Y. / Tovar, C. / Packman, K. / Vassilev, L. / Graves, B.
#1: ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2013
タイトル: MDM2 Small-Molecule Antagonist RG7112 Activates p53 Signaling and Regresses Human Tumors in Preclinical Cancer Models.
著者: Tovar, C. / Graves, B. / Packman, K. / Filipovic, Z. / Xia, B.H. / Tardell, C. / Garrido, R. / Lee, E. / Kolinsky, K. / To, K.H. / Linn, M. / Podlaski, F. / Wovkulich, P. / Vu, B. / Vassilev, L.T.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2.
著者: Vassilev, L.T. / Vu, B.T. / Graves, B. / Carvajal, D. / Podlaski, F. / Filipovic, Z. / Kong, N. / Kammlott, U. / Lukacs, C. / Klein, C. / Fotouhi, N. / Liu, E.A.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6403
ポリマ－9,9631
非ポリマー6782
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.887, 67.657, 67.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-423-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Xdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 9962.615 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 21-105) / 変異: I50L, P92H, L95I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: mdm2 / プラスミド: PUBS 520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P56273, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-NUT / 4-({(4S,5R)-4,5-bis(4-chlorophenyl)-2-[4-methoxy-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl}carbonyl)piperazin-2-one / Nutlin 3a / ヌトリン3a


分子量: 581.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30Cl2N4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM ADA, pH 6, 50% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 5% PEG200, 5 mM DTT RESERVOIR MIXED IN EQUAL VOLUME WITH THE PROTEIN AT 10 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 7488 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 46.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.91-1.982.90.06429.8185.9
4.11-503.90.0353.8189.8
3.27-4.1140.03454.2194.7
2.85-3.2740.03653196.2
2.59-2.8540.03950.4197.2
2.41-2.5940.04550.6197.4
2.26-2.4140.05147.8197.8
2.15-2.2640.05645.7197.9
2.06-2.153.90.05942.3198.6
1.98-2.063.60.0637.9198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNX2005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→24.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1199476.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 384 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 7488 95.6 %-
all-7488 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.8571 Å2 / ksol: 0.355977 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数698 0 45 128 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.22.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.91-20.238480.17785
2-2.10.243540.192901
2.1-2.230.293420.206904
2.23-2.410.226480.196894
2.41-2.650.233480.189910
2.65-3.030.293460.206900
3.03-3.820.224480.187906
3.82-500.214506.10.196985904
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paraprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4RO4435385.prxRO4435385.tpx

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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