PDB-4hxa: Crystal structure of 13D9 FAB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hxa

タイトル

Crystal structure of 13D9 FAB

要素

13D9 FAB HEAVY CHAIN
13D9 FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / FAB / CARBOHYDRATE / COMPLEMENTARITY DETERMINING REGIONS

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Johal, A.R. / Jarrell, H.C. / Khieu, N.H. / Letts, J.A. / Landry, R.C. / Jachymek, W. / Yang, Q. / Jennings, H.J. / Brisson, J.R. / Evans, S.V.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013
タイトル: The antigen-binding site of an N-propionylated polysialic acid-specific antibody protective against group B meningococci is consistent with extended epitopes.
著者: Johal, A.R. / Jarrell, H.C. / Letts, J.A. / Khieu, N.H. / Landry, R.C. / Jachymek, W. / Yang, Q. / Jennings, H.J. / Brisson, J.R. / Evans, S.V.

履歴

登録	2012年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hxa.cif.gz	105 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hxa.ent.gz	79.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hxa_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hxa_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	4hxa_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	4hxa_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hxbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bfo-4 1mrc-d 3l7f-1 1uyw-2 1bfo-3 5mu0-1 3i75-d 3inu-2 2pcp-1 3dro-d 3g6j-4 6tco-2 4kkb-3 5mv3-8 1aj7-d 4ncc-2 1rz8-2 6z3k-3 5ihz-3 5yup-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: 13D9 FAB LIGHT CHAIN

H: 13D9 FAB HEAVY CHAIN

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.750, 100.280, 132.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	13D9 FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23280.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体	13D9 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 23963.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 10000, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月19日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS
放射	モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→20 Å / Num. obs: 31114 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 4.67 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.39 % / R_merge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: FAB FROM YST9.1

解像度: 2.06→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 4.884 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	1556	5 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	0.217	31104	88.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	0	361	3676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.985	1.949	4691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.613	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.963	23.806	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.082	15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.174	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.166	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.228	1.5	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.954	2	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.89	3	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.004	4.5	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.06→2.11 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	106	-
R_work	0.257	2226	-
obs	-	-	92.03 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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