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- PDB-4hrm: Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hrm
タイトルStructural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2
要素
  • Designed Ankyrin Repeat Protein 9_26
  • Domain I of receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードTRANSFERASE/DE NOVO PROTEIN / TRANSFERASE-DE NOVO PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / neuromuscular junction development / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / oligodendrocyte differentiation / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / Schwann cell development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / coreceptor activity / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / myelination / positive regulation of MAP kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / basal plasma membrane / positive regulation of translation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / placental growth factor receptor activity / wound healing / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / stem cell factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuromuscular junction / cellular response to growth factor stimulus / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ruffle membrane / Downregulation of ERBB2 signaling / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / presynaptic membrane / heart development / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / basolateral plasma membrane / early endosome / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Ankyrin repeat-containing domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Ankyrin repeat-containing domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Alpha Horseshoe / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jost, C. / Schilling, J. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2.
著者: Jost, C. / Schilling, J. / Tamaskovic, R. / Schwill, M. / Honegger, A. / Plueckthun, A.
履歴
登録2012年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Domain I of receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
A: Domain I of receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
B: Designed Ankyrin Repeat Protein 9_26
D: Designed Ankyrin Repeat Protein 9_26


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7134
ポリマ－81,7134
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.500, 60.700, 107.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Domain I of receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / ...Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / p185erbB2


分子量: 22208.281 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal extracellular domain I, UNP RESIDUES 24-219
変異: N46D, N102D, N165D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, MLN19, NEU, NGL / プラスミド: pFL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04626, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Designed Ankyrin Repeat Protein 9_26


分子量: 18648.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic (人工物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate citrate, 20% PEG 8000, pH 4.2, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3.2 Å / Num. obs: 12785 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.37
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.2-3.280.2980.2085.9429729699530.25198.3
3.28-3.370.3050.1946.2928359349200.23698.5
3.37-3.470.2450.1587.4526939118900.19297.7
3.47-3.580.2050.138.6125968948770.15998.1
3.58-3.70.1790.1238.9523678508270.15397.3
3.7-3.820.1370.08911.1121658308020.11196.6
3.82-3.970.1230.07511.9220658117690.09494.8
3.97-4.130.120.07513.2719717627270.09495.4
4.13-4.310.10.06315.4121197427190.07896.9
4.31-4.530.0750.05417.8320857086920.06697.7
4.53-4.770.0650.05318.5820727006700.06495.7
4.77-5.060.0630.0518.5419386486340.06197.8
5.06-5.410.0930.06216.417826035870.07697.3
5.41-5.840.0950.07314.6516725575480.08998.4
5.84-6.40.0930.06316.9115135215070.07797.3
6.4-7.160.0750.05117.5912914754660.06398.1
7.16-8.260.0440.03523.5210944244110.04496.9
8.26-10.120.0250.02536.9811023613550.03198.3
10.12-14.310.0220.02141.678842832760.02597.5
14.310.020.02342.684681681550.02892.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å43.12 Å
Translation3.2 Å43.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N8Z, 2XEE

1n8z

2xee


解像度: 3.2→43.117 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7071 / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 35.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3385 621 4.86 %
Rwork0.3139 12151 -
obs0.3151 12772 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.55 Å2 / Biso mean: 48.6592 Å2 / Biso min: 4.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3517 0 0 0 3517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7654831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5971038
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2001-3.5220.41191530.33373019317298
3.522-4.03130.36581560.31122995315197
4.0313-5.07770.30631520.29583023317597
5.0777-43.12090.30871600.32283114327498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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