PDB-4gzu: Crystal structure of the DH-PH-PH domain of FARP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gzu

タイトル

Crystal structure of the DH-PH-PH domain of FARP2

要素

FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / FARP2 / DHPH / GEF / guanine nucleotide exchange factor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of integrin activation / hair cycle process / RAC1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / podosome assembly / neuron remodeling / Rac protein signal transduction / semaphorin-plexin signaling pathway / cytoskeletal protein binding / osteoclast differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

He, X. / Zhang, X.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Autoinhibition of the Guanine Nucleotide Exchange Factor FARP2.
著者: He, X. / Kuo, Y.C. / Rosche, T.J. / Zhang, X.

履歴

登録	2012年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gzu.cif.gz	357.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gzu.ent.gz	291.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gzu_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gzu_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	4gzu_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	4gzu_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gyvSC 4h6yC 1fhwS 2d9yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3utv-2 3dp8-1 3opf-1 3rjo-d 3gew-2 4yr2-d 6lzs-1 3uhl-d 3e3k-1 5aa2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (11) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

B: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.394, 85.248, 103.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.760, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2 / FERM domain including RhoGEF / FIR 分子量: 58070.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Farp2, Kiaa0793 プラスミド: modified pET28a with a preScission protease site 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q91VS8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES NCBI NUCLEOTIDE ID BC009153, IN WHICH RESIDUE 821 IS A LEUCINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM MMT, 0.2 M LiSO4, 20% PEG3350, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97935 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 23394 / Num. obs: 23322 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Χ²: 1.752 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.26	4.1	0.75	1175	1.331	1	99.9
3.26-3.31	4.1	0.545	1163	1.284	1	100
3.31-3.38	4.1	0.461	1147	1.329	1	100
3.38-3.45	4.1	0.406	1144	1.396	1	100
3.45-3.52	4.2	0.33	1192	1.494	1	100
3.52-3.6	4.2	0.291	1149	1.338	1	100
3.6-3.69	4.1	0.261	1157	1.566	1	100
3.69-3.79	4.2	0.249	1161	1.475	1	99.7
3.79-3.91	4.2	0.197	1182	1.567	1	99.8
3.91-4.03	4.1	0.155	1131	1.633	1	99.6
4.03-4.18	4.1	0.147	1164	1.738	1	99.7
4.18-4.34	4.1	0.116	1146	1.872	1	99.5
4.34-4.54	4.1	0.102	1180	2.073	1	99.7
4.54-4.78	4.1	0.088	1173	2.088	1	99.3
4.78-5.08	4.1	0.088	1149	2.256	1	99.6
5.08-5.47	4.1	0.092	1163	2.289	1	99.8
5.47-6.02	4.1	0.093	1182	2.22	1	99.9
6.02-6.89	4	0.076	1175	2.15	1	99.7
6.89-8.67	3.9	0.05	1189	2.04	1	99.9
8.67-50	3.8	0.035	1200	1.983	1	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 4GYV, 1FHW, and 2D9Y

4gyv

1fhw

2d9y

解像度: 3.2→45.343 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7596 / SU ML: 0.84 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2779	1118	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2322	-	-	-
obs	0.2346	22223	92.44 %	-
all	-	23394	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.683 Å² / k_sol: 0.306 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 215.05 Å² / B_iso mean: 103.3605 Å² / B_iso min: 5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.3819 Å²	0 Å²	-20.9781 Å²
2-	-	3.691 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.343 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6705	0	0	19	6724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6858
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	9311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1073
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.524	2363

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.2-3.3158	0.3642	98	0.2906	1884	1982	67
3.3158-3.4906	0.3183	139	0.2755	2544	2683	90
3.4906-3.7092	0.3436	143	0.2533	2684	2827	95
3.7092-3.9954	0.29	142	0.228	2708	2850	95
3.9954-4.3972	0.2753	145	0.1994	2746	2891	97
4.3972-5.0327	0.2267	147	0.178	2799	2946	98
5.0327-6.338	0.2488	150	0.2457	2853	3003	99
6.338-45.3477	0.2786	154	0.2468	2887	3041	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9585	-1.5829	-0.6498	2.8898	-0.121	3.5218	-0.0844	0.2309	-0.1574	0.3642	0.1096	-0.3908	0.9236	0.5295	-0.0517	0.811	0.2275	-0.0829	0.5897	0.0199	0.5784	32.6882	-30.0706	20.3832
2	4.8529	0.8253	1.0655	6.9175	-0.1031	5.0876	-0.206	0.5094	0.2605	-0.0624	-0.0606	0.1277	0.0273	0.5464	0.1804	0.4259	0.141	-0.0189	0.5606	0.0644	0.4141	13.5277	-9.9512	-1.3901
3	1.7495	0.4613	-0.7513	2.4262	-0.3196	3.5919	-0.0754	0.453	0.2589	0.1145	-0.0293	-0.2584	0.1658	1.0681	0.1387	0.5438	-0.0205	0.049	1.1117	0.1788	0.7125	40.2093	-12.7949	10.6698
4	1.6106	-0.5968	-0.3732	3.3129	2.5888	4.311	-0.0016	-0.0923	0.435	-1.2534	-0.3511	0.2995	-1.3546	-0.832	0.1969	1.6858	0.4172	-0.3843	0.704	-0.1252	0.7116	-7.1586	37.4994	-36.7582
5	2.7029	0.0476	-1.515	5.3205	0.9404	5.8064	0.1301	0.0312	-0.0875	-0.1822	-0.3616	-0.1878	0.0134	0.5906	0.23	0.6098	-0.0173	-0.1684	0.5406	0.1555	0.5654	6.1224	17.3627	-12.3792
6	3.1211	0.9633	0.0727	2.1186	-0.0886	8.7482	-0.0494	0.4946	-0.2866	-0.7403	-0.3592	-0.1901	-0.0721	0.8773	0.3394	1.0152	0.2414	0.0171	0.8351	-0.0091	0.6863	3.7831	20.4863	-41.8568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 535:746	A	535 - 1026
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 747:868	A	535 - 1026
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 907:1026	A	535 - 1026
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESID 537:746	B	537 - 1025
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESID 747:868	B	537 - 1025
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESID 907:1025	B	537 - 1025

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関連情報:EMDBヘッダ

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