PDB-5aa2: Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aa2

タイトル

Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex with NAM-pentapeptide.

要素

(MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE ...) x 3
N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA

キーワード

LYASE / LYTIC TRANSGLYCOSILASE / CELL WALL RECYCLING / PSEUDOMONAS AERUGINOSA

機能・相同性

機能・相同性情報

: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dominguez-Gil, T. / Acebron, I. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Activation by Allostery in Cell-Wall Remodeling by a Modular Membrane-Bound Lytic Transglycosylase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Dominguez-Gil, T. / Lee, M. / Acebron-Avalos, I. / Mahasenan, K.V. / Hesek, D. / Dik, D.A. / Byun, B. / Lastochkin, E. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2015年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aa2.cif.gz	682.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aa2.ent.gz	563 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aa2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a5xSC 5aa1C 5aa3C 5aa4C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5aa3-1 5a5x-1 5aa3-6 6xb3-5 5aa3-12 5aa1-4 5aa1-2 3tzz-2 5aa1-3 5aa3-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

C: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

D: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

E: N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA

ヘテロ分子

226 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

E: N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.585, 135.652, 137.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE ... , 3種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F / MUREIN LYASE F 分子量: 56260.512 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 8-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: BWHPSA013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HXN1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: タンパク質	MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F / MUREIN LYASE F 分子量: 56238.547 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: BWHPSA013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HXN1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#3: タンパク質	MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F / MUREIN LYASE F 分子量: 56256.520 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: BWHPSA013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HXN1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#4: タンパク質・ペプチド	N-ACETYLGLUCOSAMINE-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA 分子量: 789.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: BWHPSA013

-
非ポリマー , 2種, 73分子

#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA (PEP): NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR THE ...N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA (PEP): NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR THE N-ACETYLMURAMIC MOIETY AND WAS NOT INCLUDED IN THE MODEL.
配列の詳細	FIRST NINE AMINOACIDS FROM ERW72512 CORRESPONDS TO THE SIGNAL PEPTIDE AND ARE NOT INCLUDED IN OUR CONSTRUCT.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.27 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: ELLIPTICALLY BENT MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT, CRYOCOOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.25 Å / Num. obs: 59073 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 63.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A5X

5a5x

解像度: 2.8→48.261 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	3151	5.3 %
R_work	0.1672	-	-
obs	0.1709	59065	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13397	0	2	71	13470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	18535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.582	5162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1955
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8418	0.3225	156	0.2749	2463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8418-2.8862	0.3687	132	0.2799	2388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8862-2.9335	0.3363	131	0.2702	2392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9335-2.9841	0.3902	119	0.2685	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9841-3.0383	0.3336	132	0.2363	2388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0383-3.0968	0.3419	126	0.2283	2443	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0968-3.16	0.3425	140	0.2157	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.2287	0.2993	143	0.2241	2418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2287-3.3038	0.276	150	0.21	2397	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3038-3.3864	0.3252	131	0.2189	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3864-3.4779	0.2595	156	0.2065	2418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4779-3.5802	0.2686	129	0.1917	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5802-3.6957	0.2943	122	0.1823	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6957-3.8278	0.2749	143	0.1666	2420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8278-3.9809	0.2171	130	0.1514	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9809-4.162	0.2317	141	0.1421	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
4.162-4.3813	0.1962	147	0.1312	2453	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3813-4.6556	0.1599	125	0.1195	2416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6556-5.0147	0.198	187	0.1206	2416	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0147-5.5187	0.1703	125	0.1319	2432	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5187-6.3158	0.2103	144	0.1444	2425	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3158-7.9515	0.1756	116	0.157	2470	X-RAY DIFFRACTION	99
7.9515-48.2683	0.1852	126	0.1453	2500	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0379	0.2765	0.193	1.676	-1.0021	2.5211	0.001	-0.3083	-0.0413	0.1565	-0.1414	-0.2242	-0.2175	0.0749	0.1057	0.2993	-0.0217	-0.0104	0.2883	0.0036	0.3192	7.9504	-10.6689	73.7225
2	1.4361	0.187	0.9614	0.2442	-0.2561	2.2842	-0.1006	-0.0948	0.1769	0.3199	-0.0472	-0.1762	0.4615	-0.5337	-0.1713	0.4883	0.0344	-0.0292	0.3762	-0.1247	0.5425	5.6934	14.9501	61.8764
3	1.1757	0.3643	0.0138	1.4855	-0.4162	0.9325	-0.1734	0.0813	0.1385	-0.1939	0.0747	-0.1373	0.1089	0.0733	0.0845	0.227	-0.0066	0.0168	0.3048	0.003	0.3008	9.0106	7.6768	47.3741
4	1.698	-0.9815	-0.1173	2.5488	-0.2725	1.5427	0.0295	-0.1025	0.2717	-0.1413	0.0476	-0.2579	-0.5022	-0.0844	-0.069	0.5782	0.0027	-0.0034	0.2983	-0.0178	0.3181	30.9273	50.4401	18.7776
5	2.1157	-1.2945	0.3574	2.1878	0.8397	1.0866	-0.2169	-0.7255	0.2908	0.1168	0.0732	-0.552	-0.1278	-0.1125	0.1047	0.3177	0.041	-0.0274	0.3968	-0.0568	0.4418	46.1349	27.8401	47.2971
6	1.4107	-0.3533	0.4065	1.4357	-0.1399	1.7148	-0.0878	-0.1636	0.1843	-0.0943	0.0411	-0.0923	0.1203	-0.1798	0.0339	0.2697	-0.0241	0.0089	0.3228	0.0051	0.3432	34.4744	26.8983	36.41
7	2.0039	0.9098	-0.2774	3.2659	-1.1188	1.4974	-0.1165	0.1336	-0.2735	-0.3588	0.0958	-0.0813	0.2126	-0.0658	-0.0041	0.3245	0.0183	-0.0209	0.2496	-0.0355	0.275	-18.2847	-33.1882	56.5226
8	1.4118	0.4744	-0.61	1.5659	-0.35	2.5747	-0.2238	0.2017	0.008	-0.4505	0.1206	0.0226	0.0259	-0.3449	0.0787	0.4308	0.0361	-0.0379	0.2863	0.0226	0.3204	-29.0169	-9.6969	38.8214
9	1.7583	-0.9251	0.0952	1.5636	-0.4077	1.9099	0.1636	0.3736	0.2002	-0.4214	-0.1188	-0.103	-0.0641	-0.4534	-0.0595	0.7238	0.0659	0.0056	0.5113	-0.0187	0.3508	36.1682	27.4424	-11.1981
10	1.1781	-0.4294	0.0901	2.068	0.2424	2.4878	-0.035	-0.0247	0.0212	-0.3836	0.0164	-0.2698	0.3305	-0.015	0.0291	0.525	-0.0275	0.0323	0.3087	0.0408	0.3272	54.0236	7.6454	4.1619
11	0.4292	-0.0072	0.1545	0.4046	0.0968	0.068	0.0011	0.6399	-0.3537	-0.0533	0.3233	-0.6208	-0.2666	0.285	0.0243	0.9247	0.2857	0.2587	1.0395	0.0497	1.4172	16.172	15.8407	21.0716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 241 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 242 THROUGH 278 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 279 THROUGH 446 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 30 THROUGH 252 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 253 THROUGH 304 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 305 THROUGH 445 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID 28 THROUGH 263 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 264 THROUGH 445 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'D' AND (RESID 30 THROUGH 240 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'D' AND (RESID 241 THROUGH 445 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 3 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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