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Yorodumi- PDB-5aa2: Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5aa2 | |||||||||
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Title | Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex with NAM-pentapeptide. | |||||||||
Components |
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Keywords | LYASE / LYTIC TRANSGLYCOSILASE / CELL WALL RECYCLING / PSEUDOMONAS AERUGINOSA | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Dominguez-Gil, T. / Acebron, I. / Hermoso, J.A. | |||||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2016 Title: Activation by Allostery in Cell-Wall Remodeling by a Modular Membrane-Bound Lytic Transglycosylase from Pseudomonas aeruginosa. Authors: Dominguez-Gil, T. / Lee, M. / Acebron-Avalos, I. / Mahasenan, K.V. / Hesek, D. / Dik, D.A. / Byun, B. / Lastochkin, E. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5aa2.cif.gz | 682.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5aa2.ent.gz | 563 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5aa2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5a5xSC 5aa1C 5aa3C 5aa4C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE ... , 3 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 56260.512 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 8-490 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: BWHPSA013 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) References: UniProt: Q9HXN1, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on polysaccharides #2: Protein | | Mass: 56238.547 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 8-490 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: BWHPSA013 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) References: UniProt: Q9HXN1, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on polysaccharides #3: Protein | | Mass: 56256.520 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 8-490 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: BWHPSA013 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) References: UniProt: Q9HXN1, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on polysaccharides |
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-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules E
#4: Protein/peptide | Mass: 789.784 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: BWHPSA013 |
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-Non-polymers , 2 types, 73 molecules
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | N-ACETYLMURAMIC ACID L-ALA-D-GLU-M-DAP-D-ALA-D-ALA (PEP): NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR THE ...N-ACETYLMURA |
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Sequence details | FIRST NINE AMINOACIDS |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.27 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97934 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Details: ELLIPTICALLY BENT MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) CHANNEL-CUT, CRYOCOOLED / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→48.25 Å / Num. obs: 59073 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 63.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 5A5X Resolution: 2.8→48.261 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.261 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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