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- PDB-3tzz: Crystal structure of a fragment containing the acyltransferase do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tzz
タイトルCrystal structure of a fragment containing the acyltransferase domain of Pks13 from Mycobacterium tuberculosis in the carboxypalmitoylated form at 2.5 A
要素
  • 12-mer peptide
  • Polyketide synthase PKS13
キーワードTRANSFERASE / Acyltransferase / Long fatty acid chain transferase / Acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide synthase complex / fatty acid elongation, saturated fatty acid / mycolate cell wall layer assembly / mycolic acid biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall ...polyketide synthase complex / fatty acid elongation, saturated fatty acid / mycolate cell wall layer assembly / mycolic acid biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : ...: / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tetradecylpropanedioic acid / Polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Bergeret, F. / Pedelacq, J.D. / Mourey, L. / Bon, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Biochemical and structural study of the atypical acyltransferase domain from the mycobacterial polyketide synthase pks13
著者: Bergeret, F. / Gavalda, S. / Chalut, C. / Malaga, W. / Quemard, A. / Pedelacq, J.D. / Daffe, M. / Guilhot, C. / Mourey, L. / Bon, C.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase PKS13
B: Polyketide synthase PKS13
C: 12-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,08715
ポリマ－107,5293
非ポリマー1,55812
水1,76598
1
A: Polyketide synthase PKS13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8767
ポリマ－53,0871
非ポリマー7896
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polyketide synthase PKS13
C: 12-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2118
ポリマ－54,4422
非ポリマー7696
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.331, 106.331, 261.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE HETERODIMER FORMED BETWEEN THE UNKNOWN PEPTIDE AND THE ACYLTRANSFERASE DOMAIN OF PKS13 HAS NO KNOWN FUNCTIONAL RELEVANCE FOR THE TIME BEING

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polyketide synthase PKS13 / Polyketide synthase


分子量: 53086.805 Da / 分子数: 2 / 断片: Acyltransferase domain, UNP residues 576-1062 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3800c / プラスミド: pWM71, pET28aII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS
参照: UniProt: O53579, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド 12-mer peptide / Co-crystallized peptide


分子量: 1355.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The author presume that this peptide comes from the Escherichia coli strain that was used to produce the recombinant protein.
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#3: 化合物 ChemComp-XPM / tetradecylpropanedioic acid


分子量: 300.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 1.7M ammonium sulfate, 15% glycerol, 1.7% PEG-400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→49.4 Å / Num. obs: 49362 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 63.3 Å2 / Rsym value: 0.072
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HG4

2hg4


解像度: 2.49→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 9.971 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27848 2524 5.1 %RANDOM
Rwork0.22834 ---
obs0.23088 46742 92.61 %-
all-46780 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.759 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20 Å2-0 Å2
2--1.38 Å20 Å2
3----2.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6961 0 100 98 7159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197206
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3271.979784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6975935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03124.056286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.559151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.011537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.495→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 148 -
Rwork0.376 3076 -
obs--90.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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