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Yorodumi- PDB-3qwf: Crystal structure of the 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qwf | ||||||
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Title | Crystal structure of the 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase from Cochliobolus lunatus | ||||||
Components | 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / SDR STEROID / FUNGI / COCHLIOBOLUS LUNATUS / Rossmann Fold / Cytosol | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cochliobolus lunatus (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I. / Stojan, J. / Lanisnik-Rizner, T. / Kristan, K. / Brunskole, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2012 Title: Structural Studies on a Fungal 17Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Authors: Cassetta, A. / Krastanova, I. / Kristan, K. / Brunskole Svegelj, M. / Lamba, D. / Lanisnik Rizner, T. / Stojan, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qwf.cif.gz | 814.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qwf.ent.gz | 681.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qwf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qwf_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3qwf_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | 3qwf_validation.xml.gz | 89.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3qwf_validation.cif.gz | 123.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3qwiC 3is3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28936.545 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cochliobolus lunatus (fungus) / Strain: M118 / Gene: 17HSDcl / Plasmid: PGEX / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM107 References: UniProt: O93874, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-NAP / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.41 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 20% (W/V) PEG 6000, 25% (V/V) GLYCEROL, 0.1M TRIS, 5MM NADPH SODIUM SALT, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.939 / Wavelength: 0.939 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2008 / Details: RH COATED, SILICON TOROIDAL FOCUSING MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI (111) CHANNEL CUT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.939 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→53.4 Å / Num. all: 170185 / Num. obs: 170185 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.98 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 94.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 3IS3 Resolution: 1.88→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 7.318 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.124 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.284 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→37.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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