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Yorodumi- PDB-5aa3: Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in the pres... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5aa3 | ||||||
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Title | Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in the presence of tetrasaccharide and tetrapeptide | ||||||
Components | MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / LYTIC TRANSGLYCOSILASE / CELL WALL RECYCLING / PSEUDOMONAS AERUGINOSA | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Dominguez-Gil, T. / Acebron, I. / Hermoso, J.A. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2016 Title: Activation by Allostery in Cell-Wall Remodeling by a Modular Membrane-Bound Lytic Transglycosylase from Pseudomonas aeruginosa. Authors: Dominguez-Gil, T. / Lee, M. / Acebron-Avalos, I. / Mahasenan, K.V. / Hesek, D. / Dik, D.A. / Byun, B. / Lastochkin, E. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5aa3.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5aa3.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5aa3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5aa3_validation.pdf.gz | 598.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5aa3_full_validation.pdf.gz | 739.3 KB | Display | |
Data in XML | 5aa3_validation.xml.gz | 179.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5aa3_validation.cif.gz | 240.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aa3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5a5xSC 5aa1C 5aa2C 5aa4C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56240.523 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: BWHPSA013 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q9HXN1 #2: Chemical | ChemComp-GLU / | Sequence details | FIRST NINE AMINOACIDS | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 78.9 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Details: ELLIPTICALLY BENT MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) CHANNEL-CUT, CRYOCOOLED / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→48.48 Å / Num. obs: 120807 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 74.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 4.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.25 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 5A5X Resolution: 3.2→14.994 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.96 / Phase error: 45.07 / Stereochemistry target values: ML Details: DISORDERED REGIONS WERE NOT INCLUDED IN THE MODEL. CHAIN A 1-42, 460-490 CHAIN K 1-42, 460-490 CHAIN L 1-42, 462-490 CHAIN B 1-41, 459-490,CHAIN C 1-41, 460-490 CHAIN D 1-42, 458-490 CHAIN E ...Details: DISORDERED REGIONS WERE NOT INCLUDED IN THE MODEL. CHAIN A 1-42, 460-490 CHAIN K 1-42, 460-490 CHAIN L 1-42, 462-490 CHAIN B 1-41, 459-490,CHAIN C 1-41, 460-490 CHAIN D 1-42, 458-490 CHAIN E 1-42, 461-490 CHAIN F 1-42, 459-490, CHAIN G 1-42, 459-490 CHAIN H 1-42, 458-490 CHAIN I 1-40, 459- 490 CHAIN J 1-42, 459-490
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→14.994 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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