+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3opf | ||||||
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Title | Crystal structure of TTHA0988 in space group P212121 | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein TTHA0988 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / KipI / KipA / cyclophilin / allophanate hydrolase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Jacques, D.A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Trewhella, J. / Guss, J.M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2011 Title: The structure of TTHA0988 from Thermus thermophilus, a KipI-KipA homologue incorrectly annotated as an allophanate hydrolase Authors: Jacques, D.A. / Langley, D.B. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Trewhella, J. / Guss, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3opf.cif.gz | 572.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3opf.ent.gz | 472.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3opf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3opf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3opf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3oepC 3oreSC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53157.391 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: TTHA0988 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 / References: UniProt: Q5SJM0 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.17 % / Mosaicity: 0.185 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.17M ammonium sulfate, 0.085M sodium cacodylate, 25.5% PEG 8000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44B2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2004 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal (Si111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. all: 111600 / Num. obs: 111600 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 11.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 51.14 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ORE Resolution: 1.95→33.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2333 / WRfactor Rwork: 0.1972 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8511 / SU B: 8.034 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.1914 / SU Rfree: 0.1657 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.166 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.03 Å2 / Biso mean: 38.991 Å2 / Biso min: 12.55 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→33.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.951→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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