PDB-4gyv: Crystal structure of the DH domain of FARP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gyv

タイトル

Crystal structure of the DH domain of FARP2

要素

FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / FARP2 / DH / GEF / guanine nucleotide exchange factor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of integrin activation / hair cycle process / RAC1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / podosome assembly / neuron remodeling / Rac protein signal transduction / semaphorin-plexin signaling pathway / cytoskeletal protein binding / osteoclast differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

He, X. / Zhang, X.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Autoinhibition of the Guanine Nucleotide Exchange Factor FARP2.
著者: He, X. / Kuo, Y.C. / Rosche, T.J. / Zhang, X.

履歴

登録	2012年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gyv.cif.gz	797.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gyv.ent.gz	674.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gyv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gyv_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gyv_full_validation.pdf.gz	492.6 KB	表示
XML形式データ	4gyv_validation.xml.gz	70 KB	表示
CIF形式データ	4gyv_validation.cif.gz	91.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gzuC 4h6yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2tod-d 1124 4ldd-1 6w5r-d 2ooe-1 6v3f-d 4zg4-d 6w5t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (11) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

B: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

C: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

D: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

E: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

F: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

G: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

H: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

I: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

232 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

F: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

G: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

A: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

F: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

G: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

C: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

D: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

E: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

H: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

I: FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.193, 209.991, 325.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 2 / FERM domain including RhoGEF / FIR 分子量: 25790.172 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Farp2, Kiaa0793 プラスミド: modified pET28a with a preScission protease site 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q91VS8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES, 1.5 M LiSO4, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979345 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月9日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979345 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 91702 / Num. obs: 91636 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 2.154 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	10.1	0.796	9061	0.943	1	100
3-3.12	10.1	0.538	9107	0.951	1	100
3.12-3.27	10.1	0.324	9090	0.984	1	100
3.27-3.44	10.1	0.196	9074	1.017	1	100
3.44-3.65	10.1	0.123	9126	1.128	1	100
3.65-3.94	10.1	0.085	9126	1.295	1	100
3.94-4.33	10	0.067	9176	1.624	1	100
4.33-4.96	10	0.064	9160	2.775	1	100
4.96-6.24	9.8	0.081	9256	4.665	1	100
6.24-50	9.3	0.053	9460	6.436	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→48.575 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8553 / SU ML: 0.32 / 位相誤差: 21.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2212	1988	2.24 %	random
R_work	0.1778	-	-	-
obs	0.1787	88708	96.57 %	-
all	-	91702	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 230.34 Å² / B_iso mean: 90.4346 Å² / B_iso min: 31.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15716	0	0	17	15733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	16066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.174	21804
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2789
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.278	5881

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9-2.9724	0.2831	126	0.2382	5542	5668	88
2.9724-3.0528	0.2636	129	0.2392	5881	6010	92
3.0528-3.1426	0.2475	136	0.2363	5972	6108	94
3.1426-3.244	0.303	136	0.227	6115	6251	96
3.244-3.3599	0.285	144	0.2067	6188	6332	97
3.3599-3.4944	0.2684	148	0.2021	6140	6288	97
3.4944-3.6534	0.2398	144	0.1773	6230	6374	97
3.6534-3.8459	0.1763	143	0.1624	6197	6340	98
3.8459-4.0868	0.2396	146	0.1627	6296	6442	98
4.0868-4.4021	0.2279	144	0.1601	6340	6484	99
4.4021-4.8447	0.2003	148	0.1428	6366	6514	99
4.8447-5.5449	0.2178	147	0.1598	6395	6542	99
5.5449-6.9827	0.2668	144	0.2102	6466	6610	100
6.9827-48.5822	0.1658	153	0.1667	6592	6745	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.457	-0.4681	-1.2511	2.5002	0.6864	4.3951	0.2046	-0.4468	-0.1035	0.1928	0.0147	-0.1078	0.2855	0.077	-0.1498	0.4006	-0.0447	-0.0233	0.3118	0.088	0.4832	-58.8797	-123.2258	256.4449
2	3.4631	-1.1102	-1.2808	3.5687	0.7461	4.3238	0.1812	0.1977	-0.0279	-0.5024	0.0118	0.202	0.0208	-0.2748	-0.1471	0.4076	-0.0513	-0.0884	0.3372	-0.0164	0.4953	-47.1314	-60.0698	285.3395
3	2.6551	-0.3965	0.1992	4.5299	1.6767	4.6803	-0.0691	-0.3036	-0.1651	0.3265	0.2947	0.1332	0.2406	-0.1135	-0.1616	0.3263	0.0004	0.0695	0.4036	0.0621	0.5187	-45.2564	-63.2897	310.5396
4	2.5426	-0.3051	1.4616	2.6787	-0.4147	3.6439	-0.042	-0.1127	-0.0866	0.5031	-0.2075	-0.0005	-0.341	-0.1306	0.1761	0.4779	-0.1225	-0.0245	0.7944	-0.215	0.5216	-16.5752	-64.3609	334.1389
5	2.473	-1.1278	1.2124	3.5992	-2.2055	6.2423	0.2413	0.1788	-0.2685	-0.6055	-0.5224	0.1409	1.7091	-0.1052	0.2997	0.8848	-0.219	0.0875	0.6771	-0.1934	0.6413	-12.196	-88.2533	329.9325
6	2.4541	0.3744	0.8464	2.3352	1.0684	3.6008	-0.3311	-0.2447	-0.0656	0.348	0.0634	-0.0036	-0.1266	-0.3203	0.1878	0.8488	-0.0861	0.1741	0.427	-0.1329	0.5271	-43.4225	-99.1013	279.9932
7	4.2612	0.143	2.4921	2.203	0.1371	6.517	-0.1851	0.7719	-0.2282	0.0173	-0.0774	-0.1749	1.0346	1.4799	0.2771	0.911	0.2169	0.2105	0.627	-0.0094	0.6222	-20.5011	-107.0867	275.9036
8	2.3898	-0.3393	0.0505	2.6377	-1.5954	4.6652	-0.0602	0.5111	-0.0297	-0.1009	-0.1801	0.1079	0.3102	0.2648	0.24	0.6634	-0.2345	0.2087	0.6919	-0.0744	0.5896	-33.7787	-34.653	261.7301
9	2.7883	-1.1383	1.4006	3.5733	-2.4423	6.8454	-0.5507	-0.1396	0.0549	0.8159	0.2371	0.2021	-0.9071	-1.7326	0.2944	0.5868	-0.0086	0.1295	1.0418	-0.2075	0.6464	-52.2349	-18.8359	265.9081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A	A	532 - 747
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B	B	532 - 747
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C	C	532 - 747
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D	D	532 - 747
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E	E	532 - 746
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F	F	532 - 747
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G	G	532 - 746
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H	H	532 - 747
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN I	I	532 - 746

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