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- PDB-4gmt: Crystal structure of heterosubtypic Fab S139/1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gmt
タイトルCrystal structure of heterosubtypic Fab S139/1
要素
  • Fab S139/1 heavy chain
  • Fab S139/1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / fragment antigen binding / Immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lee, P.S. / Ekiert, D.C. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2012
タイトル: Heterosubtypic antibody recognition of the influenza virus hemagglutinin receptor binding site enhanced by avidity.
著者: Lee, P.S. / Yoshida, R. / Ekiert, D.C. / Sakai, N. / Suzuki, Y. / Takada, A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2012年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab S139/1 light chain
H: Fab S139/1 heavy chain
M: Fab S139/1 light chain
I: Fab S139/1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4518
ポリマ-96,6134
非ポリマー8384
79344
1
L: Fab S139/1 light chain
H: Fab S139/1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8274
ポリマ-48,3062
非ポリマー5202
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
2
M: Fab S139/1 light chain
I: Fab S139/1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6244
ポリマ-48,3062
非ポリマー3172
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.840, 106.840, 185.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 LMHI

#1: 抗体 Fab S139/1 light chain


分子量: 23773.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / : S139/1 / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five
#2: 抗体 Fab S139/1 heavy chain


分子量: 24533.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / : S139/1 / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five

-
, 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 46分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.497
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 76062 / Num. obs: 76062 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.72 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3OZ9 AND 1MEX
解像度: 2.05→46.292 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 4006 5.28 %GENERATED BY PHENIX.REFINE
Rwork0.1578 ---
obs0.1595 75878 99.66 %-
all-76062 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.922 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0472 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.0472 Å2-0 Å2
3----4.0944 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6594 0 52 44 6690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.199290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3032427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711047
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.08570.35582020.2943552X-RAY DIFFRACTION94
2.0857-2.12360.28322010.28363557X-RAY DIFFRACTION94
2.1236-2.16440.33522010.2793566X-RAY DIFFRACTION94
2.1644-2.20860.27872010.27973595X-RAY DIFFRACTION95
2.2086-2.25660.25991920.26513561X-RAY DIFFRACTION95
2.2566-2.30910.29991970.25953563X-RAY DIFFRACTION95
2.3091-2.36680.32071970.26213577X-RAY DIFFRACTION95
2.3668-2.43080.3052060.25883626X-RAY DIFFRACTION95
2.4308-2.50230.29871980.24923572X-RAY DIFFRACTION95
2.5023-2.5830.25981980.23663575X-RAY DIFFRACTION95
2.583-2.67530.29051980.21263627X-RAY DIFFRACTION95
2.6753-2.78240.25411990.20483562X-RAY DIFFRACTION95
2.7824-2.90890.2342010.19023590X-RAY DIFFRACTION95
2.9089-3.06220.20171960.17523624X-RAY DIFFRACTION95
3.0622-3.25390.25452040.16693605X-RAY DIFFRACTION95
3.2539-3.50480.2331970.15113601X-RAY DIFFRACTION95
3.5048-3.8570.17692030.12073606X-RAY DIFFRACTION94
3.857-4.4140.15072010.09753598X-RAY DIFFRACTION94
4.414-5.55680.13452010.08413616X-RAY DIFFRACTION94
5.5568-32.75840.17312060.11693660X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0262-0.02240.00770.0678-0.04680.03710.07380.09990.09980.0328-0.08670.0387-0.00870.17310.00390.1153-0.13240.00270.50330.01340.2794-15.318-11.114437.1404
20.03950.0088-0.01360.0038-0.00240.0047-0.0166-0.01010.0267-0.06020.0657-0.0340.0288-0.049400.27230.0899-0.02610.5442-0.02780.2876-2.2777-17.6422.9191
30.02420.04260.02920.20430.03930.04570.08050.13320.01590.0585-0.0048-0.0050.04470.01060.02780.0561-0.0766-0.01550.5677-0.03690.2438-32.9139-20.109125.1652
40.01720.0004-0.00660.0158-0.02050.0198-0.076-0.0042-0.1087-0.0151-0.0591-0.07370.1207-0.1592-0.00090.18710.00030.01920.4531-0.0790.3718-6.3843-33.19193.9683
50.13960.0575-0.04550.0463-0.02670.02630.0106-0.04290.1291-0.0785-0.0096-0.03250.16490.19140.01960.3170.1888-0.00010.44920.01660.280435.3585-23.447164.0285
60.05260.0018-0.0070.01980.00170.0022-0.0199-0.00430.01550.09430.06370.03480.0611-0.00040.01340.33720.1541-0.03740.18320.0170.281536.5914-38.068930.3077
70.02650.00180.01910.00140.00650.04080.047-0.02760.0499-0.0371-0.03490.01260.0557-0.04810.00120.17320.11480.00780.38290.03070.250118.8124-12.837652.3112
80.0079-0.0043-0.01530.0128-0.00110.022-0.00890.023-0.07010.03210.03560.09120.0893-0.063900.30040.0453-0.0280.26580.01940.465320.9967-42.159330.3475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:118 or chain H and resid 301:302H1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:118 or chain H and resid 301:302H301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 119:213H119 - 213
4X-RAY DIFFRACTION3chain L and resid 1:109L1 - 109
5X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 110:213L110 - 213
6X-RAY DIFFRACTION5chain I and resid 1:118 or chain I and resid 301:301I1 - 118
7X-RAY DIFFRACTION5chain I and resid 1:118 or chain I and resid 301:301I301
8X-RAY DIFFRACTION6chain I and resid 119:213I119 - 213
9X-RAY DIFFRACTION7chain M and resid 1:109M1 - 109
10X-RAY DIFFRACTION8chain M and resid 110:213M110 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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