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万見
- PDB-4e9o: Vaccinia D8L ectodomain structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e9o
タイトルVaccinia D8L ectodomain structure
要素IMV membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN / CAH alpha fold / Vp7 motif / beta sheet / cell surface chondroitin binding / viral entry / chondroitin sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonate dehydratase activity / virion membrane / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Cell surface-binding protein OPG105
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Matho, M.H. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Vaccinia Virus Envelope Protein D8 and Its Recognition by the Antibody LA5.
著者: Matho, M.H. / Maybeno, M. / Benhnia, M.R. / Becker, D. / Meng, X. / Xiang, Y. / Crotty, S. / Peters, B. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2012年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: IMV membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,84413
ポリマ－31,3211
非ポリマー1,52312
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.281, 71.281, 44.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 IMV membrane protein / D8L antigen


分子量: 31321.184 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 1-261) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: Acambis clone 2000 / 遺伝子: VACAC2_124, VACCL3_124, VAC_DPP17_124 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus BL21 / 参照: UniProt: Q1M1K6
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M sodium iodide, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.100002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.100002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→25.9 Å / Num. all: 40635 / Num. obs: 40635 / % possible obs: 99.3675 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 1.42→1.45 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2880 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ETQ

4etq


解像度: 1.42→25.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.241 / SU ML: 0.044 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18987 1313 3.1 %RANDOM
Rwork0.17381 ---
obs0.17434 40635 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→25.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1867 0 12 206 2085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9522786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0465263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21625.15597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77715353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.823154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7851.51214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39921994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0983816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2414.5776
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 98 -
Rwork0.249 2971 -
obs-2880 99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19530.8854-0.97922.6957-0.89040.99360.21660.11790.51020.13020.00220.1973-0.2171-0.1023-0.21880.10280.02580.02380.0470.01640.073119.576411.1615-3.7079
22.3366-0.36370.11421.3407-0.51971.75460.04120.11520.0541-0.03680.01950.0149-0.0642-0.0586-0.06070.01430.00670.01410.00310.00770.022219.90796.0518-2.2989
31.21380.0194-0.2551.3471-0.15251.41210.03070.0079-0.01430.0074-0.0019-0.05250.033-0.0004-0.02880.00370.001-0.0120.0275-0.00960.016424.27222.66330.394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X3 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2X41 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3X133 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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